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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008159
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 90253894-90256464 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1701 bp · LXL04_008159|LXL04_008159|OH1004|cDNA

ATGGGTTACTCAAACGCTGGAATTTACATGTGGGGGAGTATTATCTTAGTGCCTTCTCCAGAATTGGATGATTACATATGCCCTGTTGCTGAGTCTCTTGTCATAATGGCTTTCAAATCGAGGGAGGATCACAGGAAACAAATGGAACTGGAGGAAGCGCGTAAAGCTGGGCTGGCACCTGCAGAAGTGGATGAAGATGGAAAGGAAATCAATCCCCATATTCCTCAATACATGTCGTCTGCCCCTTGGTATCTGAATGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1701 bp · LXL04_008159|LXL04_008159|OH1004|CDS

ATGGGTTACTCAAACGCTGGAATTTACATGTGGGGGAGTATTATCTTAGTGCCTTCTCCAGAATTGGATGATTACATATGCCCTGTTGCTGAGTCTCTTGTCATAATGGCTTTCAAATCGAGGGAGGATCACAGGAAACAAATGGAACTGGAGGAAGCGCGTAAAGCTGGGCTGGCACCTGCAGAAGTGGATGAAGATGGAAAGGAAATCAATCCCCATATTCCTCAATACATGTCGTCTGCCCCTTGGTATCTGAATGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

566 aa · LXL04_008159|LXL04_008159|OH1004|PROTEIN

MGYSNAGIYMWGSIILVPSPELDDYICPVAESLVIMAFKSREDHRKQMELEEARKAGLAPAEVDEDGKEINPHIPQYMSSAPWYLNAERPSLKHQRKWKSDPNYTKSWYDRGAKIYQADKYRKGACENCGAMTHTTKTCMERPRKLGAKWTSKNIAPDEKIETFELDYDGKRDRWNGYDAASYAHVIERYEARDEARKKFLKDQQLKKLEEKGGGENADEGVSDDEDNEDALKIDEAKVDESKQMDFAKVEKRVRTTGGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008159
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008159
位置Chr02:90253894-90256464 (-)
描述Similar to Os08g0127700: Pre-mRNA-splicing factor SLU7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g65660 参与前mRNA剪接的第二步催化，当外显子I的自由羟基攻击3'-剪接位点以生成剪接mRNA和切除的套索内含子（通过相似性）。
The recessive epigenetic swellmap mutation affects the expression of two step II splicing factors required for the transcription of the cell proliferation gene STRUWWELPETER and for the timing of cell cycle arrest in the Arabidopsis leaf.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.032771
At4g37120 参与前mRNA剪接的第二步催化，当外显子I的自由羟基攻击3'-剪接位点以生成剪接mRNA和切除的套索内含子（通过相似性）。
The recessive epigenetic swellmap mutation affects the expression of two step II splicing factors required for the transcription of the cell proliferation gene STRUWWELPETER and for the timing of cell cycle arrest in the Arabidopsis leaf.2005 · DOI: 10.1105/tpc.105.032771
SWELLMAP 2, a phyB-Interacting Splicing Factor, Negatively Regulates Seedling Photomorphogenesis in Arabidopsis .2022 · DOI: 10.3389/fpls.2022.836519

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0127700 参与前 mRNA 剪接的第二个催化步骤，当外显子 I 的自由羟基攻击 3' 剪接位点生成剪接后的 mRNA 和切除的套索状内含子。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2YQU8 参与前 mRNA 剪接的第二个催化步骤，当外显子 I 的自由羟基攻击 3' 剪接位点生成剪接后的 mRNA 和切除的套索状内含子。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008159 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程
GO:0008380 RNA splicing 生物过程
GO:0009416 response to light stimulus 生物过程
GO:0009637 response to blue light 生物过程
GO:0010100 negative regulation of photomorphogenesis 生物过程
GO:0010114 response to red light 生物过程
GO:0010218 response to far red light 生物过程
GO:0010230 alternative respiration 生物过程
GO:0045292 mRNA cis splicing, via spliceosome 生物过程
GO:1900140 regulation of seedling development 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G65660
ath:AT4G37120
dosa:Os08g0127700
gga:416157
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.744
排名 1 · LXL04_008159 · OH-1004
细胞质0.287
排名 2 · LXL04_008159 · OH-1004
细胞膜0.030
排名 3 · LXL04_008159 · OH-1004
线粒体0.027
排名 4 · LXL04_008159 · OH-1004
内质网0.020
排名 5 · LXL04_008159 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30379.1SLU7_N120-145 aa
PF11708.14Slu7166-435 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008159PF30379.1SLU7_N1201451.7e-0937.7
LXL04_008159PF11708.14Slu71664351.3e-96324.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SHY8拟南芥Pre-mRNA-splicing factor SLU7-A80.189%Swiss-Prot强数据库同源证据
O23174拟南芥Pre-mRNA-splicing factor SLU7-B76.560%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6ZK48水稻Pre-mRNA-splicing factor SLU781.544%Swiss-Prot强数据库同源证据
A2YQU8水稻Pre-mRNA-splicing factor SLU781.544%Swiss-Prot强数据库同源证据

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