LXL04_007633 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007633

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 54861538-54862372 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

642 bp · LXL04_007633|LXL04_007633|OH1004|cDNA

ATGGTGGTTAAGGTATATGGTTCAATTAGAGCAGCTTGCCCACAGAGAGTACTGGCTTGCCTTTTGGAGCTCGATGTCGACTTTGAACTTATAAACATTGATCTCAGCTCCAACGAGCATAAACAACCCAAGTTTTTACTCAAACAGCCTTTTGGACAAATCCCTGTTGTTGAGGATGGGGATTTTCGGCTTTTTGAATCGAGAGCCATCATAAGATATTATGCAACAAACTACGCTGATAGAAATCCAGAAATCTATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

642 bp · LXL04_007633|LXL04_007633|OH1004|CDS

ATGGTGGTTAAGGTATATGGTTCAATTAGAGCAGCTTGCCCACAGAGAGTACTGGCTTGCCTTTTGGAGCTCGATGTCGACTTTGAACTTATAAACATTGATCTCAGCTCCAACGAGCATAAACAACCCAAGTTTTTACTCAAACAGCCTTTTGGACAAATCCCTGTTGTTGAGGATGGGGATTTTCGGCTTTTTGAATCGAGAGCCATCATAAGATATTATGCAACAAACTACGCTGATAGAAATCCAGAAATCTATGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

213 aa · LXL04_007633|LXL04_007633|OH1004|PROTEIN

MVVKVYGSIRAACPQRVLACLLELDVDFELINIDLSSNEHKQPKFLLKQPFGQIPVVEDGDFRLFESRAIIRYYATNYADRNPEIYGTTLEEKALVDQWLEVEAHHFNDMIYTIVLQKLIIPEMGGKTDLTLVQNCEKKLEQVFEVYEQQLSKNRYLAGDCFTLADLSHLPGIRYLMNEAGLGHMVTQKKNVNSWWSDISSRPAWKKLMLLMN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007633`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007633

位置 Chr02:54861538-54862372 (-)

描述 Similar to GSTF11: Glutathione S-transferase F11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g03190`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g17220`	参与液泡中花青素和原花青素的运输和/或积累。	TRANSPARENT TESTA 19 is involved in the accumulation of both anthocyanins and proanthocyanidins in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01943.x The Arabidopsis tt19-4 mutant differentially accumulates proanthocyanidin and anthocyanin through a 3' amino acid substitution in glutathione S-transferase.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2010.02249.x
`At2g30860`	在体外，对 1-氯-2,4-二硝基苯和异硫氰酸苄酯具有谷胱甘肽 S-转移酶活性，对氢过氧化异丙苯和亚油酸-13-氢过氧化物具有谷胱甘肽过氧化物酶活性。	Probing the diversity of the Arabidopsis glutathione S-transferase gene family.2002 · DOI: 10.1023/a:1015557300450 Characterization of two Arabidopsis thaliana glutathione S-transferases.2006 · DOI: 10.1007/s00299-006-0146-1
`At2g30870`	在体外，对 1-氯-2,4-二硝基苯和异硫氰酸苄酯具有谷胱甘肽 S-转移酶活性。	Probing the diversity of the Arabidopsis glutathione S-transferase gene family.2002 · DOI: 10.1023/a:1015557300450
`At3g62760`	可能参与将还原型谷胱甘肽结合到大量外源性和内源性疏水性电亲分子上，并在对某些除草剂的解毒中起作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007633 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006749 glutathione metabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009407 toxin catabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0046283 anthocyanin-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:1900384 regulation of flavonol biosynthetic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30860

ath:AT2G30870

ath:AT3G03190

ath:AT3G62760

ath:AT5G17220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.760

排名 1 · LXL04_007633 · OH-1004

细胞核0.226

排名 2 · LXL04_007633 · OH-1004

线粒体0.089

排名 3 · LXL04_007633 · OH-1004

过氧化物酶体0.085

排名 4 · LXL04_007633 · OH-1004

内质网0.051

排名 5 · LXL04_007633 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02798.27GST_N1-74 aa

PF13417.13GST_N_312-80 aa

PF13409.13GST_N_213-76 aa

PF00043.31GST_C108-203 aa

PF14497.12GST_C_3135-204 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007633	`PF02798.27`	GST_N	1	74	2.2e-16	60.6
LXL04_007633	`PF13417.13`	GST_N_3	12	80	1.2e-09	39.1
LXL04_007633	`PF13409.13`	GST_N_2	13	76	4.7e-10	40.6
LXL04_007633	`PF00043.31`	GST_C	108	203	1.6e-10	41.8
LXL04_007633	`PF14497.12`	GST_C_3	135	204	7.4e-06	26.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96324`	拟南芥	Glutathione S-transferase F11	55.450%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FE46`	拟南芥	Glutathione S-transferase F12	51.659%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80852`	拟南芥	Glutathione S-transferase F9	46.860%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P42761`	拟南芥	Glutathione S-transferase F10	44.712%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LZI9`	拟南芥	Glutathione S-transferase F13	41.121%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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