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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_007517
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 51201371-51202572 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1140 bp · LXL04_007517|LXL04_007517|OH1004|cDNA

ATGTTAAATTGTTGCTTGATAAATGTGATAGTGTTGTTGATATACAAATCTTTGTTGGCATTCATATCTGCCATCTTGGTATCACTTGTTTGGGTTTTTATTACACATAAATTAAATAATGTGTTTGATACAAATTTTACAGGTGAGAAAGAAGGTCATAAGAAGATGACTAGCAGTTCAAAGTGTGTTAATATAATAGATGTGGATAAATATGAAGATGCAAAGTCTGATATTATAGATTTAGATAAAGATGAAGCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1140 bp · LXL04_007517|LXL04_007517|OH1004|CDS

ATGTTAAATTGTTGCTTGATAAATGTGATAGTGTTGTTGATATACAAATCTTTGTTGGCATTCATATCTGCCATCTTGGTATCACTTGTTTGGGTTTTTATTACACATAAATTAAATAATGTGTTTGATACAAATTTTACAGGTGAGAAAGAAGGTCATAAGAAGATGACTAGCAGTTCAAAGTGTGTTAATATAATAGATGTGGATAAATATGAAGATGCAAAGTCTGATATTATAGATTTAGATAAAGATGAAGCTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

379 aa · LXL04_007517|LXL04_007517|OH1004|PROTEIN

MLNCCLINVIVLLIYKSLLAFISAILVSLVWVFITHKLNNVFDTNFTGEKEGHKKMTSSSKCVNIIDVDKYEDAKSDIIDLDKDEAVDDFYMYDEDELLLISAEKYTQISERKASSTPHNSQKDNKLMVRSEGESFCGICMDTKSGSEMFSNPKVCGHLFCLDCIRQHVSVKIQENVAMVKCPDPTCKSLIGPEVCGSIVPKQVLERWEDALCESWILKKFYCPFKDCSAMLVDDSGKVVTSSECPNCNRLFCAQCKVAW...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_007517
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_007517
位置Chr02:51201371-51202572 (-)
描述Similar to ARI3: Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g26130 作为E3泛素蛋白连接酶，或作为E3复合体的一部分，接受特定E2泛素结合酶的泛素，并随后将其转移到底物上。
A forward genetic approach in Arabidopsis thaliana identifies a RING-type ubiquitin ligase as a novel determinant of seed longevity.2014 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2013.11.004
At3g27710 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。 暂无已核实直接文献
At2g31760 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。 暂无已核实直接文献
At2g31770 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。 暂无已核实直接文献
At2g31780 可能作为 E3 泛素蛋白连接酶作用，或者作为 E3 复合物的一部分，从特定的 E2 泛素连接酶接受泛素，然后将其转移到底物。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007517 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程
GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010431 seed maturation 生物过程
GO:0010476 gibberellin mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G26130
ath:AT2G31760
ath:AT2G31770
ath:AT2G31780
ath:AT3G27710
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.587
排名 1 · LXL04_007517 · OH-1004
细胞质0.354
排名 2 · LXL04_007517 · OH-1004
细胞膜0.106
排名 3 · LXL04_007517 · OH-1004
内质网0.070
排名 4 · LXL04_007517 · OH-1004
溶酶体／液泡0.032
排名 5 · LXL04_007517 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13445.13zf-RING_UBOX137-183 aa
PF01485.28IBR207-266 aa
PF01485.28IBR283-327 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_007517PF13445.13zf-RING_UBOX1371836.1e-0626.8
LXL04_007517PF01485.28IBR2072663.2e-1763.1
LXL04_007517PF01485.28IBR2833273.2e-1763.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4ITM1拟南芥E3 ubiquitin-protein ligase RSL135.052%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LVX0拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI329.493%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SKC4拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI1025.941%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SKC3拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI926.778%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SKC2拟南芥Probable E3 ubiquitin-protein ligase ARI1127.193%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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