LXL04_007486 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007486

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 50283925-50287115 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1080 bp · LXL04_007486|LXL04_007486|OH1004|cDNA

ATGAATTCATCATCCACTCAGTATCTCAACTCAAAGAGGATGGATGTATATGAGCCGATGCACCAATTTAGCATGTGGGGAGATTTCAAAGGCAACATCTATCAAGACACATCTGCCACCATGATTATAGAGATGGATACAAAGCTAGACAACCAGTCAGAGGATGCTTCACACACAACAATCGGACCTTCACATCACTTCGATCAAGAAGCAAGTAAACCAGGTGATAAGGTTCTAAGAAGACTTGCACAAAATCGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1080 bp · LXL04_007486|LXL04_007486|OH1004|CDS

ATGAATTCATCATCCACTCAGTATCTCAACTCAAAGAGGATGGATGTATATGAGCCGATGCACCAATTTAGCATGTGGGGAGATTTCAAAGGCAACATCTATCAAGACACATCTGCCACCATGATTATAGAGATGGATACAAAGCTAGACAACCAGTCAGAGGATGCTTCACACACAACAATCGGACCTTCACATCACTTCGATCAAGAAGCAAGTAAACCAGGTGATAAGGTTCTAAGAAGACTTGCACAAAATCGCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

359 aa · LXL04_007486|LXL04_007486|OH1004|PROTEIN

MNSSSTQYLNSKRMDVYEPMHQFSMWGDFKGNIYQDTSATMIIEMDTKLDNQSEDASHTTIGPSHHFDQEASKPGDKVLRRLAQNREAARKSRLRKKAYVQQLEASRSKLLHLEQELEQTRAQAALLSGGVNASHPGLPRAASSGIAAFEMEYEQWVEEQNKKTNALKTALNAPLPDTEIDILVKDTLNHYANLFNIKATAAKIDVCYLISGMWKTSTERLFLWIGGFRPSELLKVLVPQLELLDQQSHDLGNLIQACQQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007486`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007486

位置 Chr02:50283925-50287115 (+)

描述 Similar to TGA1A: TGACG-sequence-specific DNA-binding protein TGA-1A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10030`	特异性结合 DNA 序列 5'-TGACG-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献
`At5g65210`	特异性结合 DNA 序列 5'-TGACG-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献
`At1g77920`	特异性结合 DNA 序列 5'-TGACG-3' 的转录激活剂。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0637000`	参与防御反应的转录调控因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007486 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77920

ath:AT5G10030

ath:AT5G65210

dosa:Os04g0637000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.668

排名 1 · LXL04_007486 · OH-1004

细胞质0.357

排名 2 · LXL04_007486 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 3 · LXL04_007486 · OH-1004

线粒体0.039

排名 4 · LXL04_007486 · OH-1004

内质网0.037

排名 5 · LXL04_007486 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00170.27bZIP_176-112 aa

PF14144.12DOG1165-238 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007486	`PF00170.27`	bZIP_1	76	112	3.2e-09	37.5
LXL04_007486	`PF14144.12`	DOG1	165	238	1.3e-25	90.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39162`	拟南芥	Transcription factor TGA4	57.808%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q39237`	拟南芥	Transcription factor TGA1	56.640%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93ZE2`	拟南芥	Transcription factor TGA7	49.468%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A0A0P0WFC8`	水稻	Transcription factor TGAL6	49.862%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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