LXL04_007448 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007448

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 48893937-48898193 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1914 bp · LXL04_007448|LXL04_007448|OH1004|cDNA

ATGAAGTCGATTGAAGATCAGGAGAAGGAGATGACAATTTCGGAGGCTGGTTCATCTGCTCTCAGCAAAATGAAGAATGAAACATATGGTAACTTGCAGACTGCTATTGGTGCAGACGCTATTGGTGCAGACGAGGCAGGTACAATGCCTGAGGCATTACACCTGCCGTTACAGGACGCTGCCATCTTCCGAGATCTCATCCCTTTCATTCACTACCGCATTGCATTTACTTCGATTCAAGTTGCCAAATATATCGCCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1914 bp · LXL04_007448|LXL04_007448|OH1004|CDS

ATGAAGTCGATTGAAGATCAGGAGAAGGAGATGACAATTTCGGAGGCTGGTTCATCTGCTCTCAGCAAAATGAAGAATGAAACATATGGTAACTTGCAGACTGCTATTGGTGCAGACGCTATTGGTGCAGACGAGGCAGGTACAATGCCTGAGGCATTACACCTGCCGTTACAGGACGCTGCCATCTTCCGAGATCTCATCCCTTTCATTCACTACCGCATTGCATTTACTTCGATTCAAGTTGCCAAATATATCGCCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

637 aa · LXL04_007448|LXL04_007448|OH1004|PROTEIN

MKSIEDQEKEMTISEAGSSALSKMKNETYGNLQTAIGADAIGADEAGTMPEALHLPLQDAAIFRDLIPFIHYRIAFTSIQVAKYIAMEVARAILVAVSMAVLVLLGECGLSAQTHVIYSSRMIHRYSDEMRALRVSREGHASNDWPEQKSLGYYRRIIKRDVERQTMNVGSQHQLLFPSAGSKTMSGGNDLGWLHYTYIAIGMPSVTFLVALDTGSDLLWLPCDCVQCAPLSVRYYGSQCSLVFGASIMQDNDQNEYNPS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007448`
TK1151 ID	TkA03G178140
OH-1004 ID	LXL04_007448
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.483 / OH-1004 60.440 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007448

位置 Chr02:48893937-48898193 (-)

描述 Similar to At5g10080: Aspartic proteinase-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g10080`	天冬氨酸蛋白酶样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At2g17760`	天冬氨酰蛋白酶。	暂无已核实直接文献
`At5g36260`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At1g65240`	显示天冬氨酸蛋白水解活性。	暂无已核实直接文献
`At1g49050`	参与 BAG6 的蛋白水解加工和植物基础免疫。	Aspartyl Protease-Mediated Cleavage of BAG6 Is Necessary for Autophagy and Fungal Resistance in Plants.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00626

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007448 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030163 protein catabolic process 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G49050

ath:AT1G65240

ath:AT2G17760

ath:AT5G10080

ath:AT5G36260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.538

排名 1 · LXL04_007448 · OH-1004

内质网0.150

排名 2 · LXL04_007448 · OH-1004

细胞质0.120

排名 3 · LXL04_007448 · OH-1004

细胞外0.118

排名 4 · LXL04_007448 · OH-1004

溶酶体／液泡0.112

排名 5 · LXL04_007448 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14543.12TAXi_N196-391 aa

PF00026.29Asp196-553 aa

PF14541.12TAXi_C428-554 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007448	`PF14543.12`	TAXi_N	196	391	2.7e-35	122.8
LXL04_007448	`PF00026.29`	Asp	196	553	3.1e-18	67.0
LXL04_007448	`PF14541.12`	TAXi_C	428	554	4.2e-17	63.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LX20`	拟南芥	Aspartic proteinase-like protein 1	52.569%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VYV9`	拟南芥	Aspartyl protease family protein 1	39.865%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q4V3D2`	拟南芥	Aspartic proteinase 36	28.535%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9S9K4`	拟南芥	Aspartic proteinase 39	26.753%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M9A8`	拟南芥	Aspartyl protease APCB1	26.118%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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