LXL04_007334 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_007334

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 44607553-44622763 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

7587 bp · LXL04_007334|LXL04_007334|OH1004|cDNA

ATGGCGGCTCCTGCGCAATCCTATCGTTTTGGCGGTCCGGCCACCACAGCAGCTGCTGCCGGGAATATCGAAGCTCTTAACAGAGTCCTTTCCGACCTTTGTACTAGAGGCGCCCCAAAGGATGGTTCTGCTTTTGCTTTAAGAAAACATGTTGAAGAAGAAGCACGTGCTCTTAGTGGAGAAGCCTTTTCTCGTTTCATGGATCAATTATATGATCGAATCACTACTCTTCTAGAGAGCAATGATGTTGCTGACAATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

7587 bp · LXL04_007334|LXL04_007334|OH1004|CDS

ATGGCGGCTCCTGCGCAATCCTATCGTTTTGGCGGTCCGGCCACCACAGCAGCTGCTGCCGGGAATATCGAAGCTCTTAACAGAGTCCTTTCCGACCTTTGTACTAGAGGCGCCCCAAAGGATGGTTCTGCTTTTGCTTTAAGAAAACATGTTGAAGAAGAAGCACGTGCTCTTAGTGGAGAAGCCTTTTCTCGTTTCATGGATCAATTATATGATCGAATCACTACTCTTCTAGAGAGCAATGATGTTGCTGACAATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2528 aa · LXL04_007334|LXL04_007334|OH1004|PROTEIN

MAAPAQSYRFGGPATTAAAAGNIEALNRVLSDLCTRGAPKDGSAFALRKHVEEEARALSGEAFSRFMDQLYDRITTLLESNDVADNLGALRATDELIDLRLGESGTKVSKFSNYMRIVFDTKRDPEILILASKVLGHLARAGGAMTADEVECQVKNALKWLGGERVEYRRFAAVLILKEMAENASTVFNVHVPEFVDAIWVALRDPTLAVRERAVEALRACLRVIEKRETRWRVQWYYRMFEATQDGLGKNASVHSIHGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_007334`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_007334

位置 Chr02:44607553-44622763 (+)

描述 Similar to TOR: Serine/threonine-protein kinase TOR

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g50030`	必需的细胞生长调控因子，控制从早期胚胎到种子生成的发展。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0235300`	TORC1复合物的组成部分，该复合物是控制植物发育的必需细胞生长调节因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007334 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007584 response to nutrient 生物过程

GO:0009267 cellular response to starvation 生物过程

GO:0009303 rRNA transcription 生物过程

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G50030

ddi:DDB_G0281569

dosa:Os05g0235300

spo:2540473

spo:2540720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.478

排名 1 · LXL04_007334 · OH-1004

细胞核0.316

排名 2 · LXL04_007334 · OH-1004

高尔基体0.174

排名 3 · LXL04_007334 · OH-1004

溶酶体／液泡0.122

排名 4 · LXL04_007334 · OH-1004

细胞膜0.105

排名 5 · LXL04_007334 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13513.13HEAT_EZ170-219 aa

PF25574.2TPR_IMB1662-804 aa

PF11865.15mTOR_dom769-937 aa

PF23271.2HEAT_GCN11005-1146 aa

PF02259.30FAT1470-1834 aa

PF23593.2HEAT_ATR1848-1928 aa

PF08771.17FRB_dom1941-2043 aa

PF00454.34PI3_PI4_kinase2140-2388 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_007334	`PF13513.13`	HEAT_EZ	170	219	2.4e-13	50.9
LXL04_007334	`PF25574.2`	TPR_IMB1	662	804	5.3e-10	39.3
LXL04_007334	`PF11865.15`	mTOR_dom	769	937	3.1e-57	193.7
LXL04_007334	`PF23271.2`	HEAT_GCN1	1005	1146	1.3e-13	52.1
LXL04_007334	`PF02259.30`	FAT	1470	1834	1.1e-95	321.5
LXL04_007334	`PF23593.2`	HEAT_ATR	1848	1928	4.4e-11	43.3
LXL04_007334	`PF08771.17`	FRB_dom	1941	2043	1.2e-37	128.8
LXL04_007334	`PF00454.34`	PI3_PI4_kinase	2140	2388	4.7e-81	273.0
LXL04_007334	`PF02260.26`	FATC	2498	2528	5.6e-15	55.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FR53`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase TOR	78.771%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0DJS1`	水稻	Serine/threonine-protein kinase TOR	75.010%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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