RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_007259
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 41767350-41768388 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

360 bp · LXL04_007259|LXL04_007259|OH1004|cDNA

ATGATTGATCCAGATGTGTGGGAGTTTGCGAATGAGGCATTCGTGAGGGGTCAAAGGCACGTGTTGAAGAACATCAAGAGAAGACGCGCTCCTTCTTCTCAGGGCTCCTCCGGTAGCCCTGAAACATTCGGATTAGATGAAGTCGGACAACTTCAAGCCATGGATTTAAGGTTACGTGGAACAGAGAAGAAGCAGCAGAAGATGATGAGTTTCTTGGCGAAAGCTATGCAGAATCCCGAAGATTTGACGGGAAACTGTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · LXL04_007259|LXL04_007259|OH1004|CDS

ATGATTGATCCAGATGTGTGGGAGTTTGCGAATGAGGCATTCGTGAGGGGTCAAAGGCACGTGTTGAAGAACATCAAGAGAAGACGCGCTCCTTCTTCTCAGGGCTCCTCCGGTAGCCCTGAAACATTCGGATTAGATGAAGTCGGACAACTTCAAGCCATGGATTTAAGGTTACGTGGAACAGAGAAGAAGCAGCAGAAGATGATGAGTTTCTTGGCGAAAGCTATGCAGAATCCCGAAGATTTGACGGGAAACTGTCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

119 aa · LXL04_007259|LXL04_007259|OH1004|PROTEIN

MIDPDVWEFANEAFVRGQRHVLKNIKRRRAPSSQGSSGSPETFGLDEVGQLQAMDLRLRGTEKKQQKMMSFLAKAMQNPEDLTGNCLTFIVISADDGDEGGWLWRECWRRWVSTVMLKG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_007259
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_007259
位置Chr02:41767350-41768388 (+)
描述Similar to HSFA2B: Heat stress transcription factor A-2b
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g26150 特异性结合 DNA 序列 5'-AGAAnnTTCT-3' 的转录激活剂，称为热休克启动子元件。
The heat stress transcription factor HsfA2 serves as a regulatory amplifier of a subset of genes in the heat stress response in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1007/s11103-005-5750-x
Arabidopsis heat shock transcription factor A2 as a key regulator in response to several types of environmental stress.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02889.x
A heat-inducible transcription factor, HsfA2, is required for extension of acquired thermotolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.091322
An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0178600 转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。 暂无已核实直接文献
Os03g0795900 在环境应激下表达的转录激活剂，特异性结合热休克启动子元件 的 DNA。
Expression of rice heat stress transcription factor OsHsfA2e enhances tolerance to environmental stresses in transgenic Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1007/s00425-007-0670-4
Os03g0161900 转录调控因子，特异性结合热休克启动子元素（HSE）的DNA。 暂无已核实直接文献
Os10g0419300 特异性结合热休克启动子元件 DNA 的转录激活剂。
Isolation and characterization of a cDNA encoding two novel heat-shock factor OsHSF6 and OsHSF12 in Oryza sativa L.2005 · DOI: 10.5483/bmbrep.2005.38.5.602
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_007259 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0001666 response to hypoxia 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0010286 heat acclimation 生物过程
GO:0034605 cellular response to heat 生物过程
GO:0034620 cellular response to unfolded protein 生物过程
GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G26150
dosa:Os03g0161900
dosa:Os03g0795900
dosa:Os07g0178600
dosa:Os10g0419300
osa:4331707
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.614
排名 1 · LXL04_007259 · OH-1004
细胞质0.335
排名 2 · LXL04_007259 · OH-1004
线粒体0.071
排名 3 · LXL04_007259 · OH-1004
细胞膜0.066
排名 4 · LXL04_007259 · OH-1004
内质网0.048
排名 5 · LXL04_007259 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O80982拟南芥Heat stress transcription factor A-240.179%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6VBB2水稻Heat stress transcription factor A-2b45.536%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q6F388水稻Heat stress transcription factor A-2e41.593%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q8H7Y6水稻Heat stress transcription factor A-2d42.857%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q338B0水稻Heat stress transcription factor A-2c39.823%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看