LXL04_006697 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006697

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 22487179-22487963 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

495 bp · LXL04_006697|LXL04_006697|OH1004|cDNA

ATGACTTTACTCGAAGAAGAAAGCTTGAAACTTACCGAAGTTCAAAGGCTCGAAGGTTATACTGATAGGGTATGGGGTCTAGCTTGGAATCCGGCTACCGGTGCTAACGGTGTACGTGCTATCCTCGCTTCTTGTAGTGGCAACAAGACTGTTCGAATCTGGCAACAACGTAGCCCTTCCTCTACATCCTTTGATTGCAACGCAGTATTAGAAGACAGACATACTCGAACAATTCGATCATGTTCCTGGTCACCTTCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · LXL04_006697|LXL04_006697|OH1004|CDS

ATGACTTTACTCGAAGAAGAAAGCTTGAAACTTACCGAAGTTCAAAGGCTCGAAGGTTATACTGATAGGGTATGGGGTCTAGCTTGGAATCCGGCTACCGGTGCTAACGGTGTACGTGCTATCCTCGCTTCTTGTAGTGGCAACAAGACTGTTCGAATCTGGCAACAACGTAGCCCTTCCTCTACATCCTTTGATTGCAACGCAGTATTAGAAGACAGACATACTCGAACAATTCGATCATGTTCCTGGTCACCTTCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

164 aa · LXL04_006697|LXL04_006697|OH1004|PROTEIN

MTLLEEESLKLTEVQRLEGYTDRVWGLAWNPATGANGVRAILASCSGNKTVRIWQQRSPSSTSFDCNAVLEDRHTRTIRSCSWSPSGKQLATASFDATTTIWEQNGTDFECVSTLEGHENEVKSCFMECIWEVLPGNEFYTLFLNEKTDLPSCLGHVRELTDRM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006697`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006697

位置 Chr02:22487179-22487963 (+)

描述 Similar to CIA1: Protein CIA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26060`	细胞质铁-硫（Fe-S）蛋白装配（CIA）机制的关键组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006697 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0097361 cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538

排名 1 · LXL04_006697 · OH-1004

细胞核0.442

排名 2 · LXL04_006697 · OH-1004

细胞膜0.088

排名 3 · LXL04_006697 · OH-1004

线粒体0.073

排名 4 · LXL04_006697 · OH-1004

内质网0.072

排名 5 · LXL04_006697 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25174.2Beta-prop_THOC310-62 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz12-124 aa

PF00400.39WD4013-54 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin23-113 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd34-125 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR540-126 aa

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR141-126 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd41-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006697	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	10	62	7.2e-17	62.0
LXL04_006697	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	12	124	1.4e-10	41.7
LXL04_006697	`PF00400.39`	WD40	13	54	8e-17	61.7
LXL04_006697	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	23	113	3.8e-06	27.0
LXL04_006697	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	34	125	1.2e-07	31.8
LXL04_006697	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	40	126	2.5e-16	60.5
LXL04_006697	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	41	126	3.7e-09	36.7
LXL04_006697	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	41	124	5e-06	26.7
LXL04_006697	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	65	114	1e-07	32.1
LXL04_006697	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	69	124	3.9e-14	53.4
LXL04_006697	`PF00400.39`	WD40	73	102	8e-17	61.7
LXL04_006697	`PF24814.2`	WD40_Prp19	73	125	3.1e-10	40.3
LXL04_006697	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	74	124	7.2e-17	62.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80990`	拟南芥	Protein CIA1	59.211%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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