LXL04_006639 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006639

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 20721786-20722355 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

570 bp · LXL04_006639|LXL04_006639|OH1004|cDNA

ATGTCTCGTCGTTTCAGGATGCTTGGCGGTCAAAATTCATCCACCACCGCCGTCTCCGAGCAACAGCAGGACCCCGACAATGTCGACTCCGACTTCGTTGTCATCCTCGCCGCCCTTCTGTGCGCCCTAATCTGCGTCCTCGGCCTCGTCGCAGTGGCTCGCTGCACCTGGCTCCGTCGGATCTCCGGCATAGTCATTATCGGCCGTACAGATCACTCTCCACCAGCCGCAGCGAACAAAGGCCTAAAGAAAAAAGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

570 bp · LXL04_006639|LXL04_006639|OH1004|CDS

ATGTCTCGTCGTTTCAGGATGCTTGGCGGTCAAAATTCATCCACCACCGCCGTCTCCGAGCAACAGCAGGACCCCGACAATGTCGACTCCGACTTCGTTGTCATCCTCGCCGCCCTTCTGTGCGCCCTAATCTGCGTCCTCGGCCTCGTCGCAGTGGCTCGCTGCACCTGGCTCCGTCGGATCTCCGGCATAGTCATTATCGGCCGTACAGATCACTCTCCACCAGCCGCAGCGAACAAAGGCCTAAAGAAAAAAGTGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

189 aa · LXL04_006639|LXL04_006639|OH1004|PROTEIN

MSRRFRMLGGQNSSTTAVSEQQQDPDNVDSDFVVILAALLCALICVLGLVAVARCTWLRRISGIVIIGRTDHSPPAAANKGLKKKVLKTLPKLTYSTETMAEKFSDCAICLTEFVAGDEIRVLPRCGHGFHVTCIDTWFGSHSSCPSCRQILVATPRCKKCGELPVTEFTGSLTASNTPTTASIDRFLP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006639`
TK1151 ID	TkA04G143200
OH-1004 ID	LXL04_006639
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 61.376 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006639

位置 Chr02:20721786-20722355 (+)

描述 Similar to ATL8: RING-H2 finger protein ATL8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76410`	RING-H2 指蛋白 ATL8。	暂无已核实直接文献
`At1g20823`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At4g35480`	E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。	Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
`At2g17450`	E3 泛素-蛋白连接酶，在体外具有 E3 泛素连接酶活性，并介导蛋白单泛素化。	Ligand-induced monoubiquitination of BIK1 regulates plant immunity.2020 · DOI: 10.1038/s41586-020-2210-3
`At1g49230`	RING-H2锌指蛋白ATL78。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006639 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010966 regulation of phosphate transport 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0070417 cellular response to cold 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G20823

ath:AT1G49230

ath:AT1G76410

ath:AT2G17450

ath:AT4G35480

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.440

排名 1 · LXL04_006639 · OH-1004

内质网0.228

排名 2 · LXL04_006639 · OH-1004

溶酶体／液泡0.193

排名 3 · LXL04_006639 · OH-1004

细胞质0.159

排名 4 · LXL04_006639 · OH-1004

细胞核0.115

排名 5 · LXL04_006639 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639.13zf-RING_2106-149 aa

PF17123.12zf-RING_11106-135 aa

PF14634.13zf-RING_5106-150 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2107-148 aa

PF00097.32zf-C3HC4107-148 aa

PF12678.14zf-rbx1121-149 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006639	`PF13639.13`	zf-RING_2	106	149	8.1e-15	55.5
LXL04_006639	`PF17123.12`	zf-RING_11	106	135	2.3e-12	47.1
LXL04_006639	`PF14634.13`	zf-RING_5	106	150	7.7e-06	26.5
LXL04_006639	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	107	148	1.3e-07	32.0
LXL04_006639	`PF00097.32`	zf-C3HC4	107	148	3.4e-06	27.5
LXL04_006639	`PF12678.14`	zf-rbx1	121	149	7.3e-07	30.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LC69`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL8	64.557%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LM69`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL80	62.577%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZT49`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL45	43.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O22755`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase ATL44	47.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NQG7`	拟南芥	RING-H2 finger protein ATL78	38.947%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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