LXL04_006504 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006504

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 12367858-12370308 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2451 bp · LXL04_006504|LXL04_006504|OH1004|cDNA

ATGTTCATCTTCAATTTACAACTCTTTTCTTTCTTGCTCCtctccacctccaccaccaccaccaccaccaccaacgCTCAACCTTACAAAGCCATTTACCACATCTTCCTAGATTGTGGTACATCCTCCACCACCTCCAGTTTTTCCCGGCAATGGGACGGAGATGAAGGTTCTGCCTTCCTGCCTTCCAACACAACCGTGTCCTTTCTATCCACCCCTGCCGTACAATATCCCCCACCGCCTCAAACCCTTTACACCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2451 bp · LXL04_006504|LXL04_006504|OH1004|CDS

ATGTTCATCTTCAATTTACAACTCTTTTCTTTCTTGCTCCTCTCCACCTCCACCACCACCACCACCACCACCAACGCTCAACCTTACAAAGCCATTTACCACATCTTCCTAGATTGTGGTACATCCTCCACCACCTCCAGTTTTTCCCGGCAATGGGACGGAGATGAAGGTTCTGCCTTCCTGCCTTCCAACACAACCGTGTCCTTTCTATCCACCCCTGCCGTACAATATCCCCCACCGCCTCAAACCCTTTACACCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

816 aa · LXL04_006504|LXL04_006504|OH1004|PROTEIN

MFIFNLQLFSFLLLSTSTTTTTTTNAQPYKAIYHIFLDCGTSSTTSSFSRQWDGDEGSAFLPSNTTVSFLSTPAVQYPPPPQTLYTTARISTTSSFTYNFPVSLGPKFLRLYFYPATYSDLNQNQSFFSVSSNGFSLMTNFSASITTYNLSQACVVKEFIIYVKDTQILNVTFTPSPNSYVFINGIEVVSMPENLYFRGENMKYVDGNFGPAIDNYTALENIYRINVGNGGYISGESDTGMYRSWDSDERYIFPINAMGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006504`
TK1151 ID	TkA03G043230
OH-1004 ID	LXL04_006504
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 83.211 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006504

位置 Chr02:12367858-12370308 (-)

描述 Similar to FER: Receptor-like protein kinase FERONIA

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g51550`	可能通过调节雌配子体助细胞中 MLO7 的极性定位，参与受精时对花粉管生长及雄配子递送的调控。	FERONIA receptor-like kinase regulates RHO GTPase signaling of root hair development.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1005366107
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At5g28680`	类受体蛋白激酶，通过在适当时间引导花粉管破裂来释放精细胞，从而控制花粉管行为。	暂无已核实直接文献
`At3g04690`	类受体蛋白激酶，通过在适当时间引导花粉管破裂来释放精细胞，从而控制花粉管行为。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006504 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010038 response to metal ion 生物过程

GO:0010118 stomatal movement 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0030308 negative regulation of cell growth 生物过程

GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04690

ath:AT3G51550

ath:AT5G28680

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.805

排名 1 · LXL04_006504 · OH-1004

内质网0.096

排名 2 · LXL04_006504 · OH-1004

细胞质0.082

排名 3 · LXL04_006504 · OH-1004

溶酶体／液泡0.054

排名 4 · LXL04_006504 · OH-1004

细胞核0.043

排名 5 · LXL04_006504 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11721.15Malectin36-168 aa

PF12819.14Malectin_like37-404 aa

PF11721.15Malectin269-363 aa

PF00069.32Pkinase512-725 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr515-728 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006504	`PF11721.15`	Malectin	36	168	1.2e-12	48.8
LXL04_006504	`PF12819.14`	Malectin_like	37	404	1.2e-28	101.1
LXL04_006504	`PF11721.15`	Malectin	269	363	1.2e-12	48.8
LXL04_006504	`PF00069.32`	Pkinase	512	725	1.6e-47	162.8
LXL04_006504	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	515	728	1.8e-50	172.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCZ4`	拟南芥	Receptor-like protein kinase FERONIA	48.455%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FID8`	拟南芥	Putative receptor-like protein kinase At5g39000	46.484%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FID9`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g38990	44.326%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E8W4`	拟南芥	Receptor-like protein kinase ANXUR2	43.788%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SR05`	拟南芥	Receptor-like protein kinase ANXUR1	43.128%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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