LXL04_006284 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006284

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 6167854-6169011 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

972 bp · LXL04_006284|LXL04_006284|OH1004|cDNA

ATGGGGCGGCCTCCATGTTGTGATAAACTTGGTGTCAAGAAAGGTCCATGGACTCCTGAAGAAGATATCATGCTTGTTTCTTATGTTCAACAACATGGTCCTGGGAATTGGCGCCAAGTCCCTACTAACACTGgACTTAGAAGATGCAGCAAGAGTTGTAGGTTGAGATGGACGAATTATTTAAGGCCGGGAATAAGAAGGGGGGATTTCACCGATGATGAAGAGAAAATGATAATTCAACTTCAAGCTCTTTTGGGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · LXL04_006284|LXL04_006284|OH1004|CDS

ATGGGGCGGCCTCCATGTTGTGATAAACTTGGTGTCAAGAAAGGTCCATGGACTCCTGAAGAAGATATCATGCTTGTTTCTTATGTTCAACAACATGGTCCTGGGAATTGGCGCCAAGTCCCTACTAACACTGGACTTAGAAGATGCAGCAAGAGTTGTAGGTTGAGATGGACGAATTATTTAAGGCCGGGAATAAGAAGGGGGGATTTCACCGATGATGAAGAGAAAATGATAATTCAACTTCAAGCTCTTTTGGGTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

323 aa · LXL04_006284|LXL04_006284|OH1004|PROTEIN

MGRPPCCDKLGVKKGPWTPEEDIMLVSYVQQHGPGNWRQVPTNTGLRRCSKSCRLRWTNYLRPGIRRGDFTDDEEKMIIQLQALLGNKWAAIASYLPERTDNDIKNYWNTHLKKKLKKPEMGSDNINVNNKDRFSSSTSSSSSSHCVSRGQWEKRLQTDIHMAKQALNDALSIDQKPVFVPQTTKSSSQTPAYPSSTDNIAKLLKGFMKNSAVYTKTCSDSSVHESSGEVNASESKIDLSEAFESLFGFDQSFGSSPNNS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006284`
TK1151 ID	TkA03G025710
OH-1004 ID	LXL04_006284
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006284

位置 Chr02:6167854-6169011 (+)

描述 Similar to MYB30: Transcription factor MYB30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28910`	特异性结合DNA序列5′-AACAAAC-3′的转录因子。	A novel myb oncogene homologue in Arabidopsis thaliana related to hypersensitive cell death.1999 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1999.00578.x A R2R3-MYB gene, AtMYB30, acts as a positive regulator of the hypersensitive cell death program in plants in response to pathogen attack.2002 · DOI: 10.1073/pnas.152047199 An essential role for salicylic acid in AtMYB30-mediated control of the hypersensitive cell death program in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.05.027 A MYB transcription factor regulates very-long-chain fatty acid biosynthesis for activation of the hypersensitive cell death response in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.054858 Arabidopsis MYB30 is a direct target of BES1 and cooperates with BES1 to regulate brassinosteroid-induced gene expression.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03778.x AtsPLA2-alpha nuclear relocalization by the Arabidopsis transcription factor AtMYB30 leads to repression of the plant defense response.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1009056107 Sumoylation of transcription factor MYB30 by the small ubiquitin-like modifier E3 ligase SIZ1 mediates abscisic acid response in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1202630109 Elevated levels of MYB30 in the phloem accelerate flowering in Arabidopsis through the regulation of FLOWERING LOCUS T.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0089799
`At3g47600`	转录激活剂参与干旱胁迫下角质层蜡生物合成的激活。	Cuticular wax biosynthesis is up-regulated by the MYB94 transcription factor in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcu142 MYB94 and MYB96 Additively Activate Cuticular Wax Biosynthesis in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw147
`At5g62470`	转录激活剂参与干旱胁迫下角质层蜡生物合成的激活。	The MYB96 transcription factor mediates abscisic acid signaling during drought stress response in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.144220 MYB96-mediated abscisic acid signals induce pathogen resistance response by promoting salicylic acid biosynthesis in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03183.x The MYB96 transcription factor regulates cuticular wax biosynthesis under drought conditions in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083485 Lipid transfer protein 3 as a target of MYB96 mediates freezing and drought stress in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert040 The Arabidopsis MYB96 transcription factor plays a role in seed dormancy.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0283-4 The Arabidopsis MYB96 Transcription Factor Is a Positive Regulator of ABSCISIC ACID-INSENSITIVE4 in the Control of Seed Germination.2015 · DOI: 10.1104/pp.15.00162 The MYB96-HHP module integrates cold and abscisic acid signaling to activate the CBF-COR pathway in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12866 MYB96 shapes the circadian gating of ABA signaling in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/srep17754 MYB94 and MYB96 Additively Activate Cuticular Wax Biosynthesis in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1093/pcp/pcw147 MYB96 recruits the HDA15 protein to suppress negative regulators of ABA signaling in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-09417-1

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006284 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28910

ath:AT3G47600

ath:AT5G62470

vvi:100233072

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.883

排名 1 · LXL04_006284 · OH-1004

细胞质0.242

排名 2 · LXL04_006284 · OH-1004

线粒体0.027

排名 3 · LXL04_006284 · OH-1004

细胞膜0.021

排名 4 · LXL04_006284 · OH-1004

内质网0.010

排名 5 · LXL04_006284 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249.38Myb_DNA-binding14-61 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_617-77 aa

PF00249.38Myb_DNA-binding67-112 aa

PF13921.13Myb_DNA-bind_670-118 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006284	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	14	61	5e-35	120.1
LXL04_006284	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	17	77	2.1e-21	76.6
LXL04_006284	`PF00249.38`	Myb_DNA-binding	67	112	5e-35	120.1
LXL04_006284	`PF13921.13`	Myb_DNA-bind_6	70	118	2.1e-21	76.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SCU7`	拟南芥	Transcription factor MYB30	50.729%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SN78`	拟南芥	Transcription factor MYB94	50.720%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q24JK1`	拟南芥	Transcription factor MYB96	49.856%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情