LXL04_006068 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_006068

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 1318554-1320608 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1188 bp · LXL04_006068|LXL04_006068|OH1004|cDNA

ATGTATCTTTCATCTGAGAAGCCTCGTTCCATCGACTTCTACAAAGAAGCCGCCGGCGGAGGCGATAGGAACATGTTAATTGAACCAGAACAGACACCACACaaccatcaccaccaccaccatcagcaacaacaacaacaacaacaactgaTGATTATGGCTGACAACAACAATAACACCAGTAGCGGCGAAGATCACGAACTCAGAGCGCCGAAGAAACGAGCCGAGACTTGGGTACAGGAAGAGACTCGGATCCTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1188 bp · LXL04_006068|LXL04_006068|OH1004|CDS

ATGTATCTTTCATCTGAGAAGCCTCGTTCCATCGACTTCTACAAAGAAGCCGCCGGCGGAGGCGATAGGAACATGTTAATTGAACCAGAACAGACACCACACAACCATCACCACCACCACCATCAGCAACAACAACAACAACAACAACTGATGATTATGGCTGACAACAACAATAACACCAGTAGCGGCGAAGATCACGAACTCAGAGCGCCGAAGAAACGAGCCGAGACTTGGGTACAGGAAGAGACTCGGATCCTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

395 aa · LXL04_006068|LXL04_006068|OH1004|PROTEIN

MYLSSEKPRSIDFYKEAAGGGDRNMLIEPEQTPHNHHHHHHQQQQQQQQLMIMADNNNNTSSGEDHELRAPKKRAETWVQEETRILISLRREVDRFFNTSKSNKHLWEQISSKMRDKGFDRSPTMCTDKWRNLLKEFKKVKHKNSKGSSGNTKMLYYKDLEELIRDRAKDGTYKPASPSSSKLDSFIQFSDKGLDDASIPFGPMEANVRSTVNLERPLDNDGDPLAITTAEAVAANGVPPWNWRDTPGNGGEGQSCYGRI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_006068`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_006068

位置 Chr02:1318554-1320608 (-)

描述 Similar to GT-1: Trihelix transcription factor GT-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g13450`	可能的转录因子，特异性结合核心DNA序列5'-GGTTAA-3'。	暂无已核实直接文献
`At3g25990`	可结合特定DNA序列的可能转录因子。	暂无已核实直接文献
`At2g38250`	可能的转录因子，可能在诱导 CAM4 对病原体和盐的反应中发挥作用。	Pathogen- and NaCl-induced expression of the SCaM-4 promoter is mediated in part by a GT-1 box that interacts with a GT-1-like transcription factor.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.041442
`At5g01380`	可能与核心 DNA 序列 5'-GTTAC-3' 特异性结合的转录因子。	Analysis of GT-3a identifies a distinct subgroup of trihelix DNA-binding transcription factors in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1016/s0014-5793(04)00222-4
`At1g76880`	转录抑制因子，通过直接结合 RSL4 启动子并抑制 RSL4 表达，从而负向调控根毛生长。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_006068 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程

GO:0048358 mucilage pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0048768 root hair cell tip growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0016592 mediator complex 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0000987 cis-regulatory region sequence-specific DNA binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G13450

ath:AT1G76880

ath:AT2G38250

ath:AT3G25990

ath:AT5G01380

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.971

排名 1 · LXL04_006068 · OH-1004

细胞质0.072

排名 2 · LXL04_006068 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 3 · LXL04_006068 · OH-1004

内质网0.023

排名 4 · LXL04_006068 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_006068 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13837.13Myb_DNA-bind_477-163 aa

PF26214.1Ubiquitin_GT-1259-319 aa

PF26214.1Ubiquitin_GT-1324-389 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_006068	`PF13837.13`	Myb_DNA-bind_4	77	163	1.9e-21	77.0
LXL04_006068	`PF26214.1`	Ubiquitin_GT-1	259	319	1.1e-37	128.4
LXL04_006068	`PF26214.1`	Ubiquitin_GT-1	324	389	1.1e-37	128.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX53`	拟南芥	Trihelix transcription factor GT-1	57.452%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LU92`	拟南芥	Trihelix transcription factor GT-4	61.538%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80450`	拟南芥	Trihelix transcription factor GT-3b	39.583%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SDW0`	拟南芥	Trihelix transcription factor GT-3a	32.773%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C6K3`	拟南芥	Trihelix transcription factor DF1	33.043%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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