LXL04_005938 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005938

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 175929407-175931846 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1704 bp · LXL04_005938|LXL04_005938|OH1004|cDNA

ATGGGTGGCTTAGGAATTCTTTTCTCGTTGGTCGCGATAACTTCATTCATTCCTGTTTATGTTGTTGGTGGCACCACCAGGAGTTATGAGTTTAACATCCAACTGCAAAATGTTACACGGCTGTGTCACACAAGGAGCATGGTGACCGTGAACGGGAAATTTCCAGGTCCTCGAATCGTTGCTAGAGAGGGTGACCGTTTGCTTATCAAAGTCACAAACCATGTCTCCAATAACATAACAATCCATTGGCATGGTATCCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1704 bp · LXL04_005938|LXL04_005938|OH1004|CDS

ATGGGTGGCTTAGGAATTCTTTTCTCGTTGGTCGCGATAACTTCATTCATTCCTGTTTATGTTGTTGGTGGCACCACCAGGAGTTATGAGTTTAACATCCAACTGCAAAATGTTACACGGCTGTGTCACACAAGGAGCATGGTGACCGTGAACGGGAAATTTCCAGGTCCTCGAATCGTTGCTAGAGAGGGTGACCGTTTGCTTATCAAAGTCACAAACCATGTCTCCAATAACATAACAATCCATTGGCATGGTATCCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

567 aa · LXL04_005938|LXL04_005938|OH1004|PROTEIN

MGGLGILFSLVAITSFIPVYVVGGTTRSYEFNIQLQNVTRLCHTRSMVTVNGKFPGPRIVAREGDRLLIKVTNHVSNNITIHWHGIRQLRSGWADGPAYITQCPIQTGQSYVYNYTVVGQRGTLFWHAHISWLRASVYGPLIILPKLNVPYPFTKPYKEVPIIFGEWFNTDPEAIIAQATQTGGGPNVSDAYTFNGLPGPLYNCSAKDTFKLKVKNGKTYLLRLINAALNDELFFSIANHSLTVVEADAIYVKPFNTKTI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005938`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005938

位置 Chr01:175929407-175931846 (-)

描述 Similar to LAC17: Laccase-17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60020`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`At2g29130`	木质素降解和木质素衍生产物的解毒（通过相似性）。	Mutant identification and characterization of the laccase gene family in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erl022

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0842400`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`Os03g0273200`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献
`Os05g0458600`	木质素降解及木质素衍生产物的解毒。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005938 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009698 phenylpropanoid metabolic process 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0046274 lignin catabolic process 生物过程

GO:0080022 primary root development 生物过程

GO:0080112 seed growth 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0005507 copper ion binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0052716 hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29130

ath:AT5G60020

dosa:Os01g0842400

dosa:Os03g0273200

dosa:Os05g0458600

osa:4339003

osa:4339004

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.841

排名 1 · LXL04_005938 · OH-1004

细胞质0.058

排名 2 · LXL04_005938 · OH-1004

内质网0.041

排名 3 · LXL04_005938 · OH-1004

细胞膜0.039

排名 4 · LXL04_005938 · OH-1004

溶酶体／液泡0.026

排名 5 · LXL04_005938 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07732.22Cu-oxidase_333-146 aa

PF00394.29Cu-oxidase159-310 aa

PF07731.21Cu-oxidase_2426-549 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005938	`PF07732.22`	Cu-oxidase_3	33	146	2e-43	148.0
LXL04_005938	`PF00394.29`	Cu-oxidase	159	310	9.8e-44	149.9
LXL04_005938	`PF07731.21`	Cu-oxidase_2	426	549	2.1e-42	144.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJD5`	拟南芥	Laccase-17	77.518%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81081`	拟南芥	Laccase-2	71.533%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5N9X2`	水稻	Laccase-4	73.188%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10ND7`	水稻	Laccase-10	69.746%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P0DKK6`	水稻	Laccase-13	69.573%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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