LXL04_005786 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005786

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 173415097-173418315 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2289 bp · LXL04_005786|LXL04_005786|OH1004|cDNA

TTTTATCCGTCTCTATTGCCCGCTAGGGTTTGTACAAGATCTCCCCCCTTTTCCTCTACGATTCGCCAACGGCAACTCCTCCTAAACCCCAAACCTTCTAAATCCATACTCCATCCAAATTGATTCCGAATCTTGAAGCTAACCATGGCATCTCGAGAAGGAGATCCTTCTTTAGGTTATCTAACTCGGAAGGAAACCGAGGTCAAGCTTCCTCGACCAACTAGGGTTAAGAACAAAACCCCAGCTCCAATTCAAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2157 bp · LXL04_005786|LXL04_005786|OH1004|CDS

TTGAAGCTAACCATGGCATCTCGAGAAGGAGATCCTTCTTTAGGTTATCTAACTCGGAAGGAAACCGAGGTCAAGCTTCCTCGACCAACTAGGGTTAAGAACAAAACCCCAGCTCCAATTCAAATCACAGCAGAACAGATTCTACGTGAAGCACGAGAACGTCAGGAAGCCGAAATCCGACCACCGAAGCAGAAAATCACCGACTCTTCAGAGCTCGCAGACTATCGTCTCCGCAAACGCAAAGAATTCGAAGACCTAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

718 aa · LXL04_005786|LXL04_005786|OH1004|PROTEIN

MKLTMASREGDPSLGYLTRKETEVKLPRPTRVKNKTPAPIQITAEQILREARERQEAEIRPPKQKITDSSELADYRLRKRKEFEDLIRRVRWNKSVWVKYAKWEESQKDFNRARSVWERALDVDYRDHTMWLKYADVEMKNKFINHARNVWDRAVTLLPRVDQLWYKYIHMEEMLGNVAGARQIFERWMGWEPDQQAWLSYIKFELRYNEIERARSIYERFVKCIPKVTAWIRFAKFEMKNGEITRSRNCYERAVDKLAD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005786`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_005786`
位置	Chr01:173415097-173418315 (+)
描述	Similar to CRNKL1: Crooked neck-like protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005786` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:1990416 cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus 生物过程 GO:1990830 cellular response to leukemia inhibitory factor 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分 GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG3193 dre:393920 hsa:51340 mmu:66877 rno:100910202 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.927

排名 1 · LXL04_005786 · OH-1004

细胞质0.142

排名 2 · LXL04_005786 · OH-1004

细胞膜0.022

排名 3 · LXL04_005786 · OH-1004

线粒体0.015

排名 4 · LXL04_005786 · OH-1004

高尔基体0.011

排名 5 · LXL04_005786 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23241.2HAT_PRP39_C79-188 aa

PF23240.2HAT_PRP39_N80-190 aa

PF23233.2HAT_Syf1_CNRKL1_N82-226 aa

PF05843.21Suf89-322 aa

PF23231.2HAT_Syf1_CNRKL1_C94-156 aa

PF13428.13TPR_1496-136 aa

PF23231.2HAT_Syf1_CNRKL1_C129-243 aa

PF29376.1PRP6_TPR131-297 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005786	`PF23241.2`	HAT_PRP39_C	79	188	3.8e-46	157.3
LXL04_005786	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	80	190	6.2e-41	141.0
LXL04_005786	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	82	226	5.4e-43	147.3
LXL04_005786	`PF05843.21`	Suf	89	322	2.2e-23	83.3
LXL04_005786	`PF23231.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	94	156	2.9e-40	138.9
LXL04_005786	`PF13428.13`	TPR_14	96	136	3.5e-31	105.2
LXL04_005786	`PF23231.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	129	243	2.9e-40	138.9
LXL04_005786	`PF29376.1`	PRP6_TPR	131	297	4.6e-38	131.8
LXL04_005786	`PF23231.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	159	325	2.9e-40	138.9
LXL04_005786	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	178	307	6.2e-41	141.0
LXL04_005786	`PF23241.2`	HAT_PRP39_C	195	297	3.8e-46	157.3
LXL04_005786	`PF29376.1`	PRP6_TPR	205	489	4.6e-38	131.8
LXL04_005786	`PF02184.23`	HAT	210	238	1.4e-27	96.1
LXL04_005786	`PF23240.2`	HAT_PRP39_N	327	454	6.2e-41	141.0
LXL04_005786	`PF29376.1`	PRP6_TPR	329	574	4.6e-38	131.8
LXL04_005786	`PF23233.2`	HAT_Syf1_CNRKL1_N	330	490	5.4e-43	147.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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