LXL04_005676 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005676

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 170783586-170785172 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1005 bp · LXL04_005676|LXL04_005676|OH1004|cDNA

ATGTCAGATACAGAATATGATATTGGTTTAGTTACGTTTGTGAAGTGCACTTCACAAAAGGAAAACCAAATGGGTTCTCAAACACCACTTGAACTTCCAACCATAGATTTTTCCAACATAAAAAACCTCAATCAAGGAACAACCGTATGGGATTCAACGAAAGCCCAAGTGCTAAAAACATTTCAAGATTACGGTTGTTTTGAAGCATATTTCGATGAGATTTCAGATGATCTTCGAAACTCTGTGTTCGCTTCATTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · LXL04_005676|LXL04_005676|OH1004|CDS

ATGTCAGATACAGAATATGATATTGGTTTAGTTACGTTTGTGAAGTGCACTTCACAAAAGGAAAACCAAATGGGTTCTCAAACACCACTTGAACTTCCAACCATAGATTTTTCCAACATAAAAAACCTCAATCAAGGAACAACCGTATGGGATTCAACGAAAGCCCAAGTGCTAAAAACATTTCAAGATTACGGTTGTTTTGAAGCATATTTCGATGAGATTTCAGATGATCTTCGAAACTCTGTGTTCGCTTCATTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

334 aa · LXL04_005676|LXL04_005676|OH1004|PROTEIN

MSDTEYDIGLVTFVKCTSQKENQMGSQTPLELPTIDFSNIKNLNQGTTVWDSTKAQVLKTFQDYGCFEAYFDEISDDLRNSVFASLKQLFDLPLETKLQNIPGKFFNGYIGQNKDVPLYESLGIEDTRSFTHLMWPHGNPEFCNSIQSYIEKLTQLDQTMRMMILGSLNLDKYLDEHMELTSYVLRVMSYRAPEKHESSLGLKAHADKNMMTILHQNEVGGLEVQNGDEERIKANVSPNCFVVMAGETFNIWTNGGLRAP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005676`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005676

位置 Chr01:170783586-170785172 (-)

描述 Similar to AOP1.2: Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1.2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q945B6`	可能的2-氧代戊二酸依赖性双加氧酶，可能参与硫代葡萄糖苷生物合成。	暂无已核实直接文献
`At4g03070`	可能的2-氧代戊二酸依赖性双加氧酶，可能参与硫代葡萄糖苷生物合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q944Z5`	可能的2-氧代戊二酸依赖性双加氧酶，可能参与硫代葡萄糖苷生物合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q944Z9`	参与硫代葡萄糖苷生物合成的2-氧代戊二酸依赖性双加氧酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005676 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019761 glucosinolate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0016706 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0051213 dioxygenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:ALG05135

ath:AT4G03070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.844

排名 1 · LXL04_005676 · OH-1004

细胞核0.321

排名 2 · LXL04_005676 · OH-1004

内质网0.056

排名 3 · LXL04_005676 · OH-1004

细胞膜0.038

排名 4 · LXL04_005676 · OH-1004

线粒体0.031

排名 5 · LXL04_005676 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14226.13DIOX_N32-112 aa

PF03171.272OG-FeII_Oxy187-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005676	`PF14226.13`	DIOX_N	32	112	1.9e-09	38.9
LXL04_005676	`PF03171.27`	2OG-FeII_Oxy	187	281	4.4e-21	75.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q945B6`	拟南芥	Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1.2	43.631%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZTA3`	拟南芥	Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1	43.175%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q944Z5`	拟南芥	Probable 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP1 (Fragment)	44.595%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q944Z9`	拟南芥	2-oxoglutarate-dependent dioxygenase AOP2	33.600%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情