LXL04_005607 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005607

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 169148327-169151631 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2982 bp · LXL04_005607|LXL04_005607|OH1004|cDNA

ATGACATTAATGCCACCGCCACCGTCACTACCGAAACTCCTACACATATTCATCTCCTTCATTTTCATCGCAGCGGTAAAGTTTTCCGGTGGGAGCTCACAACATTTTTTGACTTCCGAGCGAACAACATTGCTAAACCTCAAGCAACGGTGGGGCAATCCGCCATTATTGAGGAACTGGAACGCCTCTACATCGCCGTGCAACTGGCCGGAAATTCTCTGCAACGCCAACGGGTCTGTTATTATTCTTGACCTTATGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2982 bp · LXL04_005607|LXL04_005607|OH1004|CDS

ATGACATTAATGCCACCGCCACCGTCACTACCGAAACTCCTACACATATTCATCTCCTTCATTTTCATCGCAGCGGTAAAGTTTTCCGGTGGGAGCTCACAACATTTTTTGACTTCCGAGCGAACAACATTGCTAAACCTCAAGCAACGGTGGGGCAATCCGCCATTATTGAGGAACTGGAACGCCTCTACATCGCCGTGCAACTGGCCGGAAATTCTCTGCAACGCCAACGGGTCTGTTATTATTCTTGACCTTATGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

993 aa · LXL04_005607|LXL04_005607|OH1004|PROTEIN

MTLMPPPPSLPKLLHIFISFIFIAAVKFSGGSSQHFLTSERTTLLNLKQRWGNPPLLRNWNASTSPCNWPEILCNANGSVIILDLMSKGVAGPIPPFICDLHNLENLLLYNNYITGEFPTVLYNCSKLTEIDIAYNLFVGRLPDDMDRLSGIEMIELGGNNFTGDIPPAIGNLSALLSLRLYYNLFNGSIPSQIGNLSNLLTFSLSYNKLAATGIPPEFGKLSELKNLWMEDCNLIGEMPESLGNLSSLEWLALNFNNLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005607`
TK1151 ID	TkA01G028230
OH-1004 ID	LXL04_005607
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	56.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 23.347 / OH-1004 11.480 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005607

位置 Chr01:169148327-169151631 (-)

描述 Similar to HSL1: Receptor-like protein kinase HSL1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28440`	类受体蛋白激酶 HSL1。	暂无已核实直接文献
`At4g28490`	具有双重特异性激酶活性作用于丝氨酸/苏氨酸和酪氨酸底物的受体，控制花器官脱落。	暂无已核实直接文献
`At5g65710`	参与控制花器官脱落的受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At4g28650`	参与调控维管组织发育过程中原形成层的维持和极性。	A receptor heteromer mediates the male perception of female attractants in plants.2016 · DOI: 10.1038/nature16975

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005607 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010067 procambium histogenesis 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010102 lateral root morphogenesis 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0050829 defense response to Gram-negative bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28440

ath:AT4G28490

ath:AT4G28650

ath:AT5G65710

mtr:11439632

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.875

排名 1 · LXL04_005607 · OH-1004

内质网0.084

排名 2 · LXL04_005607 · OH-1004

细胞质0.058

排名 3 · LXL04_005607 · OH-1004

细胞核0.036

排名 4 · LXL04_005607 · OH-1004

溶酶体／液泡0.027

排名 5 · LXL04_005607 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_238-75 aa

PF13855.13LRR_8103-162 aa

PF23598.2LRR_14139-230 aa

PF23598.2LRR_14219-289 aa

PF23598.2LRR_14409-515 aa

PF13855.13LRR_8533-591 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr690-963 aa

PF00069.32Pkinase691-963 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005607	`PF08263.18`	LRRNT_2	38	75	3.2e-07	31.2
LXL04_005607	`PF13855.13`	LRR_8	103	162	3.2e-25	88.4
LXL04_005607	`PF23598.2`	LRR_14	139	230	1.1e-25	90.9
LXL04_005607	`PF23598.2`	LRR_14	219	289	1.1e-25	90.9
LXL04_005607	`PF23598.2`	LRR_14	409	515	1.1e-25	90.9
LXL04_005607	`PF13855.13`	LRR_8	533	591	3.2e-25	88.4
LXL04_005607	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	690	963	3.2e-39	135.5
LXL04_005607	`PF00069.32`	Pkinase	691	963	5.2e-45	154.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGP2`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HSL1	40.861%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P47735`	拟南芥	Receptor-like protein kinase 5	40.694%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`C0LGX3`	拟南芥	LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase HSL2	40.084%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0G7`	拟南芥	MDIS1-interacting receptor like kinase 1	35.729%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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