基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_005546
当前版本: OH-1004
染色体: Chr01
坐标: 168072529-168073715
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA501 bp · LXL04_005546|LXL04_005546|OH1004|cDNA
ATGGGATTTCCAGTTGGATACACCGACCTCTTCCTCCCCAAACTCCTCCTCCACATCCTAACCGTTCTGGGTTTCATCCGAAAGCTCATTTCCTTCGTTTTCCGATTTGTTGGCCTCGGAGAGTTTCTCGAACCCGATTTCTCATCGGACCCGACCCGGAACGAACCGGTGATGCAGTTCCATTCCGTTTCTGCGGTCCTCATCCGTGAGCTTCTCCCGGTGGTGAAGTTCTCAGAGCTAGTGGATCCGCCGGAGAGTTG...
CDS
下载 CDS FASTA501 bp · LXL04_005546|LXL04_005546|OH1004|CDS
ATGGGATTTCCAGTTGGATACACCGACCTCTTCCTCCCCAAACTCCTCCTCCACATCCTAACCGTTCTGGGTTTCATCCGAAAGCTCATTTCCTTCGTTTTCCGATTTGTTGGCCTCGGAGAGTTTCTCGAACCCGATTTCTCATCGGACCCGACCCGGAACGAACCGGTGATGCAGTTCCATTCCGTTTCTGCGGTCCTCATCCGTGAGCTTCTCCCGGTGGTGAAGTTCTCAGAGCTAGTGGATCCGCCGGAGAGTTG...
166 aa · LXL04_005546|LXL04_005546|OH1004|PROTEIN
MGFPVGYTDLFLPKLLLHILTVLGFIRKLISFVFRFVGLGEFLEPDFSSDPTRNEPVMQFHSVSAVLIRELLPVVKFSELVDPPESCAVCLYEFDAGDEIRRLTNCRHIFHRCCLDRWMDHDQKTCPLCRTPFIPDDLQDSFNERLWAASGIADYYGDSSLKGHSS
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_005546 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_005546 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr01:168072529-168073715 (-) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to BRH1: Brassinosteroid-responsive RING protein 1 | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程 GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010200 response to chitin 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程 GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程 GO:1901371 regulation of leaf morphogenesis 生物过程 GO:1905421 regulation of plant organ morphogenesis 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G01150 ath:AT3G61460 ath:AT4G11360 ath:AT4G11370 spo:2541304 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
内质网0.307
细胞质0.248
高尔基体0.217
溶酶体／液泡0.198
细胞核0.188
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF13639.13zf-RING_286-130 aaPF17123.12zf-RING_1187-115 aaPF00097.32zf-C3HC487-129 aaPF13923.13zf-C3HC4_287-129 aaPF14634.13zf-RING_587-131 aaPF12678.14zf-rbx1101-130 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_005546 | PF13639.13 | zf-RING_2 | 86 | 130 | 4.4e-13 | 50.0 |
| LXL04_005546 | PF17123.12 | zf-RING_11 | 87 | 115 | 4.7e-07 | 30.1 |
| LXL04_005546 | PF00097.32 | zf-C3HC4 | 87 | 129 | 1.3e-06 | 28.9 |
| LXL04_005546 | PF13923.13 | zf-C3HC4_2 | 87 | 129 | 2.2e-06 | 28.1 |
| LXL04_005546 | PF14634.13 | zf-RING_5 | 87 | 131 | 7.2e-06 | 26.6 |
| LXL04_005546 | PF12678.14 | zf-rbx1 | 101 | 130 | 8.7e-07 | 29.8 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9XF92 | 拟南芥 | Brassinosteroid-responsive RING protein 1 | 61.818% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q9SUS5 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B | 39.375% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9SUS4 | 拟南芥 | Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHA1A | 37.267% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q9ZU51 | 拟南芥 | E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B | 43.103% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |