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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005453
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 164360765-164375008 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

5284 bp · LXL04_005453|LXL04_005453|OH1004|cDNA

ATGACAGTATTAGAAATTTGTCGACATCAAGCAATGGTAGGAAGATGGCGGCATAATAATGAAGTGGAGCTGATTTCTAAACATGATAACAACATCATGGCATCAAAGATAGGCAAAGTAACAGCAAATGGTCACAGATTTATTCTCAATTCAAAGAAGAAGGCATTCACTCAATCCAAAACCCAAATAGTCAACAACAGGTCTTTGACTTTAAAGCCCACATTTCAAAAACTTGGAAAAAGAAAAAGGTCAAACAAATG...

CDS

下载 CDS FASTA

5271 bp · LXL04_005453|LXL04_005453|OH1004|CDS

ATGACAGTATTAGAAATTTGTCGACATCAAGCAATGGTAGGAAGATGGCGGCATAATAATGAAGTGGAGCTGATTTCTAAACATGATAACAACATCATGGCATCAAAGATAGGCAAAGTAACAGCAAATGGTCACAGATTTATTCTCAATTCAAAGAAGAAGGCATTCACTCAATCCAAAACCCAAATAGTCAACAACAGGTCTTTGACTTTAAAGCCCACATTTCAAAAACTTGGAAAAAGAAAAAGGTCAAACAAATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1756 aa · LXL04_005453|LXL04_005453|OH1004|PROTEIN

MTVLEICRHQAMVGRWRHNNEVELISKHDNNIMASKIGKVTANGHRFILNSKKKAFTQSKTQIVNNRSLTLKPTFQKLGKRKRSNKCSSCSRTTTTLLKNYSNFIKSGPPQRLLFSQDGQWVDFPQEVVDLVKDDFCSKKAAIEVKVNGAHFMLQIVYMIQIDLKTGAQKPIAWIDDKGTCVFPEINATCHGSHDDVDLGESSLTPEIKLHLEIEVNGVNSNSNNKFDECMGESIVKRIKFDQESQSQRKVVNDEIAPQK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005453
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005453
位置Chr01:164360765-164375008 (+)
描述Similar to SKL2: Probable inactive shikimate kinase like 2, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g35500 可能的失活莽草酸激酶样蛋白 2，叶绿体型。 暂无已核实直接文献
At1g33520 对病原体具有先天和诱导抗性所必需的。
MOS2, a protein containing G-patch and KOW motifs, is essential for innate immunity in Arabidopsis thaliana.2005 · DOI: 10.1016/j.cub.2005.09.038
At1g32230 失活的 ADP-核糖基转移酶，与 SRO1 一起发挥作用，调节氧化应激、激素和发育反应。
CEO1, a new protein from Arabidopsis thaliana, protects yeast against oxidative damage.2000 · DOI: 10.1016/s0014-5793(00)02016-0
Ozone-sensitive arabidopsis rcd1 mutant reveals opposite roles for ethylene and jasmonate signaling pathways in regulating superoxide-dependent cell death.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.10.1849
A methyl viologen-resistant mutant of Arabidopsis, which is allelic to ozone-sensitive rcd1, is tolerant to supplemental ultraviolet-B irradiation.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.033480
Arabidopsis RADICAL-INDUCED CELL DEATH1 belongs to the WWE protein-protein interaction domain protein family and modulates abscisic acid, ethylene, and methyl jasmonate responses.2004 · DOI: 10.1105/tpc.021832
Ozone-induced programmed cell death in the Arabidopsis radical-induced cell death1 mutant.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.055681
Overexpression of the RADICAL-INDUCED CELL DEATH1 (RCD1) gene of Arabidopsis causes weak rcd1 phenotype with compromised oxidative-stress responses.2006 · DOI: 10.1271/bbb.50673
Unequally redundant RCD1 and SRO1 mediate stress and developmental responses and interact with transcription factors.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03951.x
The paralogous genes RADICAL-INDUCED CELL DEATH1 and SIMILAR TO RCD ONE1 have partially redundant functions during Arabidopsis development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142786
RCD1 and SRO1 are necessary to maintain meristematic fate in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq363
At2g35510 可能失活的 ADP-核糖基转移酶，与 RCD1 一起发挥作用，调节氧化应激、激素和发育反应。
Unequally redundant RCD1 and SRO1 mediate stress and developmental responses and interact with transcription factors.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03951.x
The paralogous genes RADICAL-INDUCED CELL DEATH1 and SIMILAR TO RCD ONE1 have partially redundant functions during Arabidopsis development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142786
RCD1 and SRO1 are necessary to maintain meristematic fate in Arabidopsis thaliana.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq363
At1g23550 可能为非活性 ADP-核糖基转移酶，可能参与应激和发育反应。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005453 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000303 response to superoxide 生物过程
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程
GO:0006809 nitric oxide biosynthetic process 生物过程
GO:0006950 response to stress 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009073 aromatic amino acid family biosynthetic process 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009723 response to ethylene 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G32230
ath:AT1G33520
ath:AT2G35500
ath:AT2G35510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.655
排名 1 · LXL04_005453 · OH-1004
细胞质0.302
排名 2 · LXL04_005453 · OH-1004
细胞膜0.078
排名 3 · LXL04_005453 · OH-1004
内质网0.057
排名 4 · LXL04_005453 · OH-1004
质体0.048
排名 5 · LXL04_005453 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23467.2WWE_5104-183 aa
PF12174.14RST485-549 aa
PF12656.13G-patch_21139-1196 aa
PF25088.2GPKOW_C1280-1387 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005453PF23467.2WWE_51041836.9e-32110.6
LXL04_005453PF12174.14RST4855498.7e-2174.3
LXL04_005453PF12656.13G-patch_2113911962.4e-1866.6
LXL04_005453PF25088.2GPKOW_C128013879.1e-37126.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O82290拟南芥Probable inactive shikimate kinase like 2, chloroplastic61.059%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9C801拟南芥Protein MOS244.731%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q8RY59拟南芥Inactive poly [ADP-ribose] polymerase RCD136.111%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
O82289拟南芥Probable inactive poly [ADP-ribose] polymerase SRO132.286%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ZUD9拟南芥Probable inactive poly [ADP-ribose] polymerase SRO230.822%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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