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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005382
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 162335286-162339950 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2679 bp · LXL04_005382|LXL04_005382|OH1004|cDNA

ATGAGACGCCTTTCTGCTCTTGCTTCTAGGGTTGAACAAATCCCAAATCAAATTACACACAAGTCACTAAATCAACCAAAGCTCGAATCCAGTTCTTCATCCCACCACCAAAACCCTCCAGTCACCACCACTAATTTCACCGCAAGAGGTAAGTTTTCTTCACTTAACTCTCAATCGAAAACCCCCACTCATAAACCCATTGATCATCACTACATTTCCCAGATTCTTTCAAGAAAAGACTGGTACTTGCTTCTAAACCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2679 bp · LXL04_005382|LXL04_005382|OH1004|CDS

ATGAGACGCCTTTCTGCTCTTGCTTCTAGGGTTGAACAAATCCCAAATCAAATTACACACAAGTCACTAAATCAACCAAAGCTCGAATCCAGTTCTTCATCCCACCACCAAAACCCTCCAGTCACCACCACTAATTTCACCGCAAGAGGTAAGTTTTCTTCACTTAACTCTCAATCGAAAACCCCCACTCATAAACCCATTGATCATCACTACATTTCCCAGATTCTTTCAAGAAAAGACTGGTACTTGCTTCTAAACCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

892 aa · LXL04_005382|LXL04_005382|OH1004|PROTEIN

MRRLSALASRVEQIPNQITHKSLNQPKLESSSSSHHQNPPVTTTNFTARGKFSSLNSQSKTPTHKPIDHHYISQILSRKDWYLLLNHDLKSKKLSLNPRIIVSVLQNQENPLHNLIFYLWVSNINPSFAKNQSIRGVLANTLYRKGPVLLSKELINLVRTSNCSITEDSLCILINSWGRLGLAKYCSQVFDQISYLGLTPSTRLYNAVIDALVKSNALDLAYLKFHQMKADRCDPDRFTYNFLIHGVCKIGVIDEASRLM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005382
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005382
位置Chr01:162335286-162339950 (-)
描述Similar to PPR40: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16890, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g16890 对线粒体复合体III的泛醌-细胞色素c氧化还原酶活性必需。
Arabidopsis PPR40 connects abiotic stress responses to mitochondrial electron transport.2008 · DOI: 10.1104/pp.107.111260
At5g39710 含五重复肽序列蛋白 At5g39710。 暂无已核实直接文献
At5g65560 含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。 暂无已核实直接文献
At1g74580 推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q76C99 降低与细胞质雄性不育(CMS)相关的线粒体基因ORF79的表达，该基因编码一种细胞毒性肽。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005382 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程
GO:0042775 mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G16890
ath:AT5G39710
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.720
排名 1 · LXL04_005382 · OH-1004
质体0.187
排名 2 · LXL04_005382 · OH-1004
细胞核0.059
排名 3 · LXL04_005382 · OH-1004
细胞质0.034
排名 4 · LXL04_005382 · OH-1004
细胞膜0.017
排名 5 · LXL04_005382 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N162-295 aa
PF13812.13PPR_3189-245 aa
PF13041.13PPR_2200-249 aa
PF17177.11PPR_long200-334 aa
PF12854.14PPR_1232-264 aa
PF13041.13PPR_2238-284 aa
PF01535.27PPR238-267 aa
PF23276.3TPR_24256-354 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005382PF29070.1MSC6_N1622952.8e-30106.4
LXL04_005382PF13812.13PPR_31892453.5e-49165.4
LXL04_005382PF13041.13PPR_22002495.2e-111363.4
LXL04_005382PF17177.11PPR_long2003345.9e-29101.7
LXL04_005382PF12854.14PPR_12322641.2e-92304.0
LXL04_005382PF13041.13PPR_22382845.2e-111363.4
LXL04_005382PF01535.27PPR2382671.7e-71232.3
LXL04_005382PF23276.3TPR_242563541.1e-33116.7
LXL04_005382PF13812.13PPR_32583143.5e-49165.4
LXL04_005382PF12854.14PPR_12672991.2e-92304.0
LXL04_005382PF01535.27PPR2733021.7e-71232.3
LXL04_005382PF13041.13PPR_22773185.2e-111363.4
LXL04_005382PF29070.1MSC6_N3645442.8e-30106.4
LXL04_005382PF13041.13PPR_24184635.2e-111363.4
LXL04_005382PF13812.13PPR_34444943.5e-49165.4
LXL04_005382PF12854.14PPR_14464771.2e-92304.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LSQ2拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16890, mitochondrial53.086%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9FIX3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3971028.675%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LSL9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6556026.727%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9CA58拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7458028.512%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q76C99水稻Protein Rf1, mitochondrial28.788%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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