LXL04_005340 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005340

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 160909892-160912342 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1323 bp · LXL04_005340|LXL04_005340|OH1004|cDNA

ATGAAAATTTTGGTGTGTTTTCTGTTCAATTTGATTTTGAATCTTCAAATTACCACCATTGACGCCAGACCCAGCAAGTTAATACTCCTTTCTGATATCCATATTCATGAATTATCACCTGCGTCTGCTCCCATATCTTCAATGGCGGATTTCCCTCCCGGAGCTCATATGGATATCCCAACCCACCAAAATTCAAACAAGAAGCTTGTTATAGGACTCGTTGCTGGGTCTTGTCTCATAGGAGTCATCTTATTGCCGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1323 bp · LXL04_005340|LXL04_005340|OH1004|CDS

ATGAAAATTTTGGTGTGTTTTCTGTTCAATTTGATTTTGAATCTTCAAATTACCACCATTGACGCCAGACCCAGCAAGTTAATACTCCTTTCTGATATCCATATTCATGAATTATCACCTGCGTCTGCTCCCATATCTTCAATGGCGGATTTCCCTCCCGGAGCTCATATGGATATCCCAACCCACCAAAATTCAAACAAGAAGCTTGTTATAGGACTCGTTGCTGGGTCTTGTCTCATAGGAGTCATCTTATTGCCGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

440 aa · LXL04_005340|LXL04_005340|OH1004|PROTEIN

MKILVCFLFNLILNLQITTIDARPSKLILLSDIHIHELSPASAPISSMADFPPGAHMDIPTHQNSNKKLVIGLVAGSCLIGVILLPLTCLWICRRKKLYKSTKINTRRLDSLKGLPLSSFIGRTNTTFNGDKTSVTVMDYKLLQSATNNFHESEIIGQGGFGCVYKAQLNDNLLVAVKKLDNKSQNSVKEFQTEVDILSRIQHPNIITLSGYCIHEETKLLVYELMQNGSLESQLHGPSCGSNLTWHCRMKIALDIARGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005340`
TK1151 ID	TkA01G063870
OH-1004 ID	LXL04_005340
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005340

位置 Chr01:160909892-160912342 (+)

描述 Similar to At1g80640: Probable receptor-like protein kinase At1g80640

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80640`	可能的受体样蛋白激酶At1g80640。	暂无已核实直接文献
`At2g20300`	在原胚层分化为芽表皮和角质层期间需要。	Novel receptor-like kinase ALE2 controls shoot development by specifying epidermis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1242/dev.003533
`At1g07870`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At5g02800`	参与正向调控油菜素甾醇（BR）信号转导和植物生长的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。	暂无已核实直接文献
`At3g20530`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005340 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010068 protoderm histogenesis 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0090558 plant epidermis development 生物过程

GO:1900459 positive regulation of brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:1905393 plant organ formation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07870

ath:AT1G80640

ath:AT2G20300

ath:AT3G20530

ath:AT5G02800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.797

排名 1 · LXL04_005340 · OH-1004

内质网0.111

排名 2 · LXL04_005340 · OH-1004

细胞质0.092

排名 3 · LXL04_005340 · OH-1004

细胞核0.058

排名 4 · LXL04_005340 · OH-1004

溶酶体／液泡0.042

排名 5 · LXL04_005340 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase150-368 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr153-383 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005340	`PF00069.32`	Pkinase	150	368	1.2e-49	169.8
LXL04_005340	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	153	383	7.2e-49	167.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0V7T5`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At1g80640	53.149%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RWW0`	拟南芥	Receptor-like serine/threonine-protein kinase ALE2	46.181%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQQ8`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL5	41.720%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0WRY5`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL7	44.898%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JEQ2`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL23	44.521%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情