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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005274
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 159533294-159536621 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1212 bp · LXL04_005274|LXL04_005274|OH1004|cDNA

ATGCATATAAACGACCCTATGCTGATCCTATTTTCCACTCCAAAACAATTTTAtcccactctctttctctctctttctctccaaATGCACAGGGTTTCAATTATTGAGGCAGCCACCCTGCTGTCGGCGTTGCTACTGTGCGCCACCGTCCACACCGCCGTTGGAGTTTCCGACGGTTTGTTGTATAATGGAAATTTTGAACTTGGACCGAAGCCTACGGATTTGAAAGGCACGGAGGTGCTAAAGCACGATGCGATTCC...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · LXL04_005274|LXL04_005274|OH1004|CDS

ATGCATATAAACGACCCTATGCTGATCCTATTTTCCACTCCAAAACAATTTTATCCCACTCTCTTTCTCTCTCTTTCTCTCCAAATGCACAGGGTTTCAATTATTGAGGCAGCCACCCTGCTGTCGGCGTTGCTACTGTGCGCCACCGTCCACACCGCCGTTGGAGTTTCCGACGGTTTGTTGTATAATGGAAATTTTGAACTTGGACCGAAGCCTACGGATTTGAAAGGCACGGAGGTGCTAAAGCACGATGCGATTCC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

403 aa · LXL04_005274|LXL04_005274|OH1004|PROTEIN

MHINDPMLILFSTPKQFYPTLFLSLSLQMHRVSIIEAATLLSALLLCATVHTAVGVSDGLLYNGNFELGPKPTDLKGTEVLKHDAIPGWKLFGFVEYIKSGQKQGDMLLVVPEGAYAVRLGNEATIEQTINVTKGMYYSITFSAARTCAQEETLNVSVAPDFGVLPMQTLYSSSGWDSYAWAFQAEYSQVTIKLHNPGVEEDPACGPLIDSIAIKALYPPKPSKENILKNGGFEEGPYIFPNTTWGVLVPPNIEDDHSPL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005274
TK1151 IDTkA01G070720
OH-1004 IDLXL04_005274
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 93.052
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005274
位置Chr01:159533294-159536621 (+)
描述Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g11420 与 BIIDXI 一起，在多个发育过程中充当 PME3 活性的正调节剂，包括种子萌发和珠孔处的胚乳破裂，可能是通过调节细胞壁中的果胶状态来实现的。
BIIDXI, the At4g32460 DUF642 gene, is involved in pectin methyl esterase regulation during Arabidopsis thaliana seed germination and plant development.2014 · DOI: 10.1186/s12870-014-0338-8
At5g25460 参与种子萌发过程中种皮破裂的调控。
Analysis of two L-Galactono-1,4-lactone-responsive genes with complementary expression during the development of Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1093/pcp/pcs014
At4g32460 可能正向调控 PME3 活性，参与细胞壁果胶修饰及相关发育过程。
BIIDXI, the At4g32460 DUF642 gene, is involved in pectin methyl esterase regulation during Arabidopsis thaliana seed germination and plant development.2014 · DOI: 10.1186/s12870-014-0338-8
Cell Wall Localization of Two DUF642 Proteins, BIIDXI and TEEBE, during Meloidogyne incognita Early Inoculation.2017 · DOI: 10.5423/ppj.nt.05.2017.0101
At1g80240 含DUF642结构域的L-半乳糖酸-1,4-内酯应答基因1编码蛋白（L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 1）。 暂无已核实直接文献
At2g41800 通过调节细胞壁中的果胶状态来阻止下胚轴表皮细胞伸长。
Cell Wall Localization of Two DUF642 Proteins, BIIDXI and TEEBE, during Meloidogyne incognita Early Inoculation.2017 · DOI: 10.5423/ppj.nt.05.2017.0101

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005274 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0009630 gravitropism 生物过程
GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010015 root morphogenesis 生物过程
GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程
GO:0048598 embryonic morphogenesis 生物过程
GO:0048608 reproductive structure development 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G80240
ath:AT2G41800
ath:AT4G32460
ath:AT5G11420
ath:AT5G25460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.371
排名 1 · LXL04_005274 · OH-1004
细胞膜0.189
排名 2 · LXL04_005274 · OH-1004
溶酶体／液泡0.154
排名 3 · LXL04_005274 · OH-1004
内质网0.131
排名 4 · LXL04_005274 · OH-1004
细胞质0.123
排名 5 · LXL04_005274 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04862.19DUF64259-215 aa
PF04862.19DUF642227-393 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005274PF04862.19DUF642592154.8e-89296.8
LXL04_005274PF04862.19DUF6422273934.8e-89296.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LYE7拟南芥BIIDXI-like protein At5g1142078.371%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94F20拟南芥Protein DUF642 L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 273.171%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8LAR0拟南芥Protein BIIDXI72.472%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SSB7拟南芥Protein DUF642 L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 162.360%Swiss-Prot强数据库同源证据
O22940拟南芥Protein TEEBE52.941%Swiss-Prot强数据库同源证据

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