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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005096
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 154440665-154444815 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2799 bp · LXL04_005096|LXL04_005096|OH1004|cDNA

ATGGTGAAGTCGTACCTCCGGTATGAGCCGGCGACGGCGTTCGGAGTGATTGCGTCAGTGGATACTAACATCACATACGACACCACCGGTAAACATCTACTAGCTCCGGCTCTTGAGAAGGTCGGCGTTTGGCATGTCCGTCAAGGCGTCTGTGCTAAAACGCTTACGCCTTCTACCCAAAACCGTGGCCCTTCTTTAGCTGTTACTTCCATTGCAGCCGTGCCTTCTTCTTCATCTCTGATAGCCAGTGGGCACGCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2799 bp · LXL04_005096|LXL04_005096|OH1004|CDS

ATGGTGAAGTCGTACCTCCGGTATGAGCCGGCGACGGCGTTCGGAGTGATTGCGTCAGTGGATACTAACATCACATACGACACCACCGGTAAACATCTACTAGCTCCGGCTCTTGAGAAGGTCGGCGTTTGGCATGTCCGTCAAGGCGTCTGTGCTAAAACGCTTACGCCTTCTACCCAAAACCGTGGCCCTTCTTTAGCTGTTACTTCCATTGCAGCCGTGCCTTCTTCTTCATCTCTGATAGCCAGTGGGCACGCCGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

932 aa · LXL04_005096|LXL04_005096|OH1004|PROTEIN

MVKSYLRYEPATAFGVIASVDTNITYDTTGKHLLAPALEKVGVWHVRQGVCAKTLTPSTQNRGPSLAVTSIAAVPSSSSLIASGHADGSIRIWDCERGTCETTLNGHKGATTILRFNKTGSILASGSKDNDIVIWDVIGEVGLYRLRGHRDQITDLAFLDSGKKLVSASKDKFLRVWDLDTQHCTQIIGGHHSEIWSIDVDPEQRYLVTGSADSELRFYTIKRENTDTDNKDTSIENKWEILKPFGEIQRQNKERVATLR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005096
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005096
位置Chr01:154440665-154444815 (-)
描述Similar to Wdr3: WD repeat-containing protein 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005096 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000447 endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000462 maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000472 endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0000480 endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) 生物过程
GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程
GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0030686 90S preribosome 细胞组分
GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ddi:DDB_G0282623
hsa:10885
mmu:269470
sce:YLR129W
spo:2540971
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.950
排名 1 · LXL04_005096 · OH-1004
细胞质0.117
排名 2 · LXL04_005096 · OH-1004
线粒体0.015
排名 3 · LXL04_005096 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 4 · LXL04_005096 · OH-1004
内质网0.007
排名 5 · LXL04_005096 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23869.2Beta-prop_WDR75_1st18-137 aa
PF24817.2WD40_WDHD1_1st22-187 aa
PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st23-229 aa
PF25174.2Beta-prop_THOC324-220 aa
PF25175.2Beta-prop_WDR525-105 aa
PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd27-136 aa
PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st30-219 aa
PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st31-221 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005096PF23869.2Beta-prop_WDR75_1st181371.2e-1764.9
LXL04_005096PF24817.2WD40_WDHD1_1st221872.3e-54185.3
LXL04_005096PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st232291.7e-94316.9
LXL04_005096PF25174.2Beta-prop_THOC3242202.1e-78263.8
LXL04_005096PF25175.2Beta-prop_WDR5251051.4e-88297.7
LXL04_005096PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd271368.8e-30104.5
LXL04_005096PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st302195.8e-34118.4
LXL04_005096PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st312211.1e-123410.5
LXL04_005096PF24807.2WD40_CDC20-Fz312257.6e-56190.3
LXL04_005096PF23409.2Beta-prop_EML401362.3e-30106.7
LXL04_005096PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd422203.7e-35122.0
LXL04_005096PF24814.2WD40_Prp19431361.3e-68231.8
LXL04_005096PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd441831.4e-39137.0
LXL04_005096PF23410.5Beta-prop_VPS8581134.7e-1143.0
LXL04_005096PF00400.39WD4062941.5e-76250.3
LXL04_005096PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd631781.5e-163543.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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