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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_005080
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 154299258-154301660 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2403 bp · LXL04_005080|LXL04_005080|OH1004|cDNA

ATGGCAGCGGCTGCAGCCTGCCGGCAGAGAACTTCCATAACCAGCACAACCTTCTACCTACAAATTTTCGAGAATTCAATTAAATCAAGTTCATTGGCTGATGCCAAGACAATTCATCAGCATTTCCTCAAGAACAATCTCAATTACAGCTCCATTGTTCTGGACAAACTCACCCGCGTCTACATCTCTTTTCACCAACTCCAGCTTGCCCACCGAGTCTTCGATCGAATTCCTTACCCAGAAAGAAAGGACAACGTATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2403 bp · LXL04_005080|LXL04_005080|OH1004|CDS

ATGGCAGCGGCTGCAGCCTGCCGGCAGAGAACTTCCATAACCAGCACAACCTTCTACCTACAAATTTTCGAGAATTCAATTAAATCAAGTTCATTGGCTGATGCCAAGACAATTCATCAGCATTTCCTCAAGAACAATCTCAATTACAGCTCCATTGTTCTGGACAAACTCACCCGCGTCTACATCTCTTTTCACCAACTCCAGCTTGCCCACCGAGTCTTCGATCGAATTCCTTACCCAGAAAGAAAGGACAACGTATT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

800 aa · LXL04_005080|LXL04_005080|OH1004|PROTEIN

MAAAAACRQRTSITSTTFYLQIFENSIKSSSLADAKTIHQHFLKNNLNYSSIVLDKLTRVYISFHQLQLAHRVFDRIPYPERKDNVLLWNQLIRAYAWEGPFDHATNLYNEMIQSGVTPNKYTYPFALKACSSIQDIELGKLIHDRVKSEVLDNDVYICTALVDFYSKCGLLDDARQVFDKMSNRDIVAWNAMIAGSSLHGMYHKTIKLVQEMQEVGLSPNSSTIVAILPAIGEANELIQGKTVHGFCIRRIYDNSVVVG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_005080
TK1151 IDTkA01G088410
OH-1004 IDLXL04_005080
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)64.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.680 / OH-1004 84.375
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_005080
位置Chr01:154299258-154301660 (+)
描述Similar to PCMP-E91: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g16610
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g16610 含五肽重复序列的蛋白质 At3g16610。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
At4g30700 含五重复肽序列的蛋白At4g30700。 暂无已核实直接文献
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0048366 leaf development 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT3G16610
ath:AT4G18750
ath:AT4G30700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.625
排名 1 · LXL04_005080 · OH-1004
质体0.226
排名 2 · LXL04_005080 · OH-1004
细胞核0.044
排名 3 · LXL04_005080 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_005080 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_005080 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_285-131 aa
PF01535.27PPR89-117 aa
PF13041.13PPR_2185-227 aa
PF13041.13PPR_2287-336 aa
PF13041.13PPR_2388-435 aa
PF13812.13PPR_3389-426 aa
PF12854.14PPR_1389-417 aa
PF01535.27PPR391-421 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_005080PF13041.13PPR_2851313.5e-67223.0
LXL04_005080PF01535.27PPR891177.9e-59192.6
LXL04_005080PF13041.13PPR_21852273.5e-67223.0
LXL04_005080PF13041.13PPR_22873363.5e-67223.0
LXL04_005080PF13041.13PPR_23884353.5e-67223.0
LXL04_005080PF13812.13PPR_33894268.2e-2897.0
LXL04_005080PF12854.14PPR_13894172.2e-2795.2
LXL04_005080PF01535.27PPR3914217.9e-59192.6
LXL04_005080PF01535.27PPR4634897.9e-59192.6
LXL04_005080PF13041.13PPR_24905373.5e-67223.0
LXL04_005080PF01535.27PPR4925227.9e-59192.6
LXL04_005080PF20431.5E_motif6076691e-1145.6
LXL04_005080PF14432.13DYW_deaminase7088001.3e-36125.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LUS3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1661048.628%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic38.551%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic35.907%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SUH6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3070034.956%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LFL5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686036.121%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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