LXL04_004952 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004952

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 150782417-150786075 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1572 bp · LXL04_004952|LXL04_004952|OH1004|cDNA

ATGATTTCTGCTGATTGTCACGATTACGGTTTCTATGTACTTCACGATGGATTTGGGAATGCTGCTGTACAACGGAGAAGACATCATGCTGTTTCAGTGGCGAAAGAAAGAAGAGAAGCGATGTTCAGAACCAAGCGATTGTGTACGGAAGGATTTAGCAACGACATGGATGTTCATGTCGCCATCAATGGCGACATGATGATTGAAGAGGAGCCATCAGTTCTAGAAGCTCAAACGTCTTCTGCTGTCGAAGAACTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1572 bp · LXL04_004952|LXL04_004952|OH1004|CDS

ATGATTTCTGCTGATTGTCACGATTACGGTTTCTATGTACTTCACGATGGATTTGGGAATGCTGCTGTACAACGGAGAAGACATCATGCTGTTTCAGTGGCGAAAGAAAGAAGAGAAGCGATGTTCAGAACCAAGCGATTGTGTACGGAAGGATTTAGCAACGACATGGATGTTCATGTCGCCATCAATGGCGACATGATGATTGAAGAGGAGCCATCAGTTCTAGAAGCTCAAACGTCTTCTGCTGTCGAAGAACTCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

523 aa · LXL04_004952|LXL04_004952|OH1004|PROTEIN

MISADCHDYGFYVLHDGFGNAAVQRRRHHAVSVAKERREAMFRTKRLCTEGFSNDMDVHVAINGDMMIEEEPSVLEAQTSSAVEELKLAIASKGIDTVQKKVNALRELRRLLSRSDFPFVEIALKSGAIPLLSQCLSFGSQDEQLLEAAWCLTNIAAGKPEETKSLVPTLPLLIAHLGDKSSLSVGEQCAWALGNVGGESEELRDLLLSQGALIPLARMMLQDKGTTVITASWALSNLIKGPHSEAATELIKIDGVVDAI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004952`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004952

位置 Chr01:150782417-150786075 (-)

描述 Similar to IMPA9: Importin subunit alpha-9

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g03070`	结合常规核定位信号（NLS）基序，并介导蛋白穿过核膜的核内导入（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`At4g16143`	与传统的 NLS 基序结合并介导核蛋白跨核膜的输入。	SWO1 modulates cell wall integrity under salt stress by interacting with importin ɑ in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1007/s44154-021-00010-5

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0158000`	特异性直接结合含有简单或双组分核定位信号 (NLS) 基序的底物。	暂无已核实直接文献
`Os01g0253300`	功能于核蛋白输入。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004952 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006607 NLS-bearing protein import into nucleus 生物过程

GO:0006612 protein targeting to membrane 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0031144 proteasome localization 生物过程

GO:0051170 import into nucleus 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G16143

ath:AT5G03070

dosa:Os01g0158000

sce:YNL189W

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.530

排名 1 · LXL04_004952 · OH-1004

细胞核0.497

排名 2 · LXL04_004952 · OH-1004

细胞膜0.060

排名 3 · LXL04_004952 · OH-1004

高尔基体0.051

排名 4 · LXL04_004952 · OH-1004

内质网0.048

排名 5 · LXL04_004952 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30746.1TMCO699-503 aa

PF00514.30Arm123-157 aa

PF13513.13HEAT_EZ146-196 aa

PF16186.12Arm_3481-522 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004952	`PF30746.1`	TMCO6	99	503	2.5e-18	66.7
LXL04_004952	`PF00514.30`	Arm	123	157	4.2e-28	97.1
LXL04_004952	`PF13513.13`	HEAT_EZ	146	196	2.5e-09	38.1
LXL04_004952	`PF16186.12`	Arm_3	481	522	3.2e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KF65`	拟南芥	Importin subunit alpha-9	64.047%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JL11`	拟南芥	Importin subunit alpha-2	30.097%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FYP9`	水稻	Importin subunit alpha-2	56.660%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q71VM4`	水稻	Importin subunit alpha-1a	29.842%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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