LXL04_004648 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004648

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 142373431-142376685 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1878 bp · LXL04_004648|LXL04_004648|OH1004|cDNA

ATGGAGGAAGTTCAGAATGACGACAAAGATAACAATGGAAGCTCGGTGCCGGAGTCTGCTGCGGAGGAAGAGCCGATGGTGGGACCAGGCCCCGCGCCAGTCCGTCGCCCAAAGCGTCCCCTTCAATTCGAACAGGCTTATCTCGATTCCCTTCCATCTGCTAACATGTATGAAAAAAGTTACATGCATAGAGATGTGGTAACTCATGTTGCTGTTTCATCAGCTGATTTTTTCATAACAGGGAGTCAAGATGGACATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1878 bp · LXL04_004648|LXL04_004648|OH1004|CDS

ATGGAGGAAGTTCAGAATGACGACAAAGATAACAATGGAAGCTCGGTGCCGGAGTCTGCTGCGGAGGAAGAGCCGATGGTGGGACCAGGCCCCGCGCCAGTCCGTCGCCCAAAGCGTCCCCTTCAATTCGAACAGGCTTATCTCGATTCCCTTCCATCTGCTAACATGTATGAAAAAAGTTACATGCATAGAGATGTGGTAACTCATGTTGCTGTTTCATCAGCTGATTTTTTCATAACAGGGAGTCAAGATGGACATTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

625 aa · LXL04_004648|LXL04_004648|OH1004|PROTEIN

MEEVQNDDKDNNGSSVPESAAEEEPMVGPGPAPVRRPKRPLQFEQAYLDSLPSANMYEKSYMHRDVVTHVAVSSADFFITGSQDGHLKFWKKKGLGIEFAKHFRSHLGPIEGLAVSADGLLCCTISSDRSVKIYDVHNYDMMVMLRLPYTPGAVEWVYKQGAVKAKLAISDRNSSFVHIYDPRAGTNEPIISKQIHLNPVKVMKYNRALDTVVSGDTMGIIEYWDTTTLQFPENGVNFKVKSDTDLFAIVKCKTAISAIE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004648`
TK1151 ID	TkA01G128710
OH-1004 ID	LXL04_004648
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	91.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 75.000 / OH-1004 12.480 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004648

位置 Chr01:142373431-142376685 (+)

描述 Similar to CYP71: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g44600`	PPI酶加速蛋白的折叠（可能）。	A WD40 domain cyclophilin interacts with histone H3 and functions in gene repression and organogenesis in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.053579 Structural and functional analyses of the PPIase domain of Arabidopsis thaliana CYP71 reveal its catalytic activity toward histone H3.2021 · DOI: 10.1002/1873-3468.13965

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009933 meristem structural organization 生物过程

GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010338 leaf formation 生物过程

GO:0010358 leaf shaping 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0045814 negative regulation of gene expression, epigenetic 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G44600

bta:517560

hsa:23398

mmu:238831

pon:100174766

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.563

排名 1 · LXL04_004648 · OH-1004

细胞质0.405

排名 2 · LXL04_004648 · OH-1004

细胞膜0.081

排名 3 · LXL04_004648 · OH-1004

内质网0.038

排名 4 · LXL04_004648 · OH-1004

线粒体0.035

排名 5 · LXL04_004648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24814.2WD40_Prp1956-225 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st59-232 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz59-144 aa

PF23409.2Beta-prop_EML59-160 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd60-229 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd61-135 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR562-231 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st62-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004648	`PF24814.2`	WD40_Prp19	56	225	1.5e-11	44.6
LXL04_004648	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	59	232	2.4e-11	44.2
LXL04_004648	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	59	144	4.6e-10	40.0
LXL04_004648	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	59	160	1.3e-08	35.4
LXL04_004648	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	60	229	1.3e-08	35.1
LXL04_004648	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	61	135	9.7e-10	38.8
LXL04_004648	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	62	231	6.1e-18	65.8
LXL04_004648	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	62	136	1.8e-12	48.1
LXL04_004648	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	63	294	9.4e-15	55.1
LXL04_004648	`PF24805.2`	EIF3I	75	291	2.1e-07	31.1
LXL04_004648	`PF24796.2`	WDR55	102	228	6.7e-11	42.5
LXL04_004648	`PF00160.27`	Pro_isomerase	472	622	4e-57	193.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4D0`	拟南芥	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP71	85.833%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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