LXL04_004546 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004546

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 139807081-139808251 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

540 bp · LXL04_004546|LXL04_004546|OH1004|cDNA

ATGAGGAAACAGGTCCAAAAACCTGAAACAATTCATACTATTTTTACCATGAATTTGATTATTATGGTTTTGTGTATTTCAGCTCTCAATCCTGATAAATGGTTAGTGTTTAAGCAGCAAGAGAAGGCTAAAGTCAATTTTCTTTTGATCCAAATCTTGAATTGGGACTCGGTGTTGCATCATGCCTCATCACCAGGCAAGTTTCTGAACACATTTATGAAATATCGCTTGCCACGGCTCCATTGGAAGAAGATGCTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

540 bp · LXL04_004546|LXL04_004546|OH1004|CDS

ATGAGGAAACAGGTCCAAAAACCTGAAACAATTCATACTATTTTTACCATGAATTTGATTATTATGGTTTTGTGTATTTCAGCTCTCAATCCTGATAAATGGTTAGTGTTTAAGCAGCAAGAGAAGGCTAAAGTCAATTTTCTTTTGATCCAAATCTTGAATTGGGACTCGGTGTTGCATCATGCCTCATCACCAGGCAAGTTTCTGAACACATTTATGAAATATCGCTTGCCACGGCTCCATTGGAAGAAGATGCTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

179 aa · LXL04_004546|LXL04_004546|OH1004|PROTEIN

MRKQVQKPETIHTIFTMNLIIMVLCISALNPDKWLVFKQQEKAKVNFLLIQILNWDSVLHHASSPGKFLNTFMKYRLPRLHWKKMLKEKQNMLFALFFKTKAGGCCGSKRENHLVKLLITLIPSVNSNAGGSGITPRLQVIEAIVKNPDDTTKVRVSLIYANVSPDDILLKKETRHACC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004546`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004546

位置 Chr01:139807081-139808251 (+)

描述 Similar to CBR2: NADH-cytochrome b5 reductase-like protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g20080`	脂肪酸的去氢和延长。	暂无已核实直接文献
`At5g17770`	还原酶将电子从 NADH 转移到细胞色素 b5。	A mutation in Arabidopsis cytochrome b5 reductase identified by high-throughput screening differentially affects hydroxylation and desaturation.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02925.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004546 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002926 tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation 生物过程

GO:0006696 ergosterol biosynthetic process 生物过程

GO:0017183 protein histidyl modification to diphthamide 生物过程

GO:0022900 electron transport chain 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分

GO:0005758 mitochondrial intermembrane space 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

aor:AO090003000873

ath:AT5G17770

ath:AT5G20080

ddi:DDB_G0285399

dha:DEHA2C07238g

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.423

排名 1 · LXL04_004546 · OH-1004

细胞核0.325

排名 2 · LXL04_004546 · OH-1004

线粒体0.209

排名 3 · LXL04_004546 · OH-1004

细胞膜0.105

排名 4 · LXL04_004546 · OH-1004

内质网0.098

排名 5 · LXL04_004546 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00175.27NAD_binding_1129-175 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004546	`PF00175.27`	NAD_binding_1	129	175	6.5e-08	33.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P83291`	拟南芥	NADH-cytochrome b5 reductase-like protein	36.207%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZNT1`	拟南芥	NADH--cytochrome b5 reductase 1	68.889%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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