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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004538
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 139675338-139677182 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1845 bp · LXL04_004538|LXL04_004538|OH1004|cDNA

ATGGAGCGTAAAATGCTCAGGTTCTTGCAATCATGCAAAAACGTCAATCACTTGAAGCAAACCCATCTCCAGATACTCGTCAATGGCCTCAATGACAATAACTATCTACTTCAAAATCTCATCGCGTTTTCGTCTGACGTCATTTCACTTGATTATGCTTTCAGTGTGCTTCAAACTTCGAATTCTCCCGACGTTGTTGTTTATAATACAATGATCAAATCCTTCATCACCAATAAAAGCAATTGTACCCCATATAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1845 bp · LXL04_004538|LXL04_004538|OH1004|CDS

ATGGAGCGTAAAATGCTCAGGTTCTTGCAATCATGCAAAAACGTCAATCACTTGAAGCAAACCCATCTCCAGATACTCGTCAATGGCCTCAATGACAATAACTATCTACTTCAAAATCTCATCGCGTTTTCGTCTGACGTCATTTCACTTGATTATGCTTTCAGTGTGCTTCAAACTTCGAATTCTCCCGACGTTGTTGTTTATAATACAATGATCAAATCCTTCATCACCAATAAAAGCAATTGTACCCCATATAAAGC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

614 aa · LXL04_004538|LXL04_004538|OH1004|PROTEIN

MERKMLRFLQSCKNVNHLKQTHLQILVNGLNDNNYLLQNLIAFSSDVISLDYAFSVLQTSNSPDVVVYNTMIKSFITNKSNCTPYKALSVYKELRSRAFSVSPNSFTFTFLLKCFEVLDVGRMIHGEVLKMGLDSSSVFVQNTLLNFYAKCGNDGVDLARKVFDEMTIRDTVSWNTMIGIHMDCQEVESAIKLFESMPKRSVVTWNSVITGLAKNGNMQSARSLFDKMPEKNEVSWNCLISGYVKSGDLKNAEIMFNNMP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004538
TK1151 IDTkA01G136720
OH-1004 IDLXL04_004538
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)78.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 92.683 / OH-1004 32.085
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004538
位置Chr01:139675338-139677182 (-)
描述Similar to PCMP-E28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献
At3g15930 推定的含五聚肽重复的蛋白 At3g15930。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At2g45350 在叶绿体 RNA 编辑中发挥重要作用。
A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m608184200
Two interacting proteins are necessary for the editing of the NdhD-1 site in Arabidopsis plastids.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.099507

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004538 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G22410
ath:AT2G29760
ath:AT2G45350
ath:AT3G15930
ath:AT3G29230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.652
排名 1 · LXL04_004538 · OH-1004
质体0.159
排名 2 · LXL04_004538 · OH-1004
细胞核0.056
排名 3 · LXL04_004538 · OH-1004
细胞质0.038
排名 4 · LXL04_004538 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_004538 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_263-115 aa
PF13041.13PPR_2169-202 aa
PF13041.13PPR_2201-232 aa
PF12854.14PPR_1201-228 aa
PF01535.27PPR203-232 aa
PF13041.13PPR_2232-259 aa
PF12854.14PPR_1232-259 aa
PF01535.27PPR234-259 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_004538PF13041.13PPR_2631153.3e-72239.1
LXL04_004538PF13041.13PPR_21692023.3e-72239.1
LXL04_004538PF13041.13PPR_22012323.3e-72239.1
LXL04_004538PF12854.14PPR_12012285e-47158.0
LXL04_004538PF01535.27PPR2032324e-63206.1
LXL04_004538PF13041.13PPR_22322593.3e-72239.1
LXL04_004538PF12854.14PPR_12322595e-47158.0
LXL04_004538PF01535.27PPR2342594e-63206.1
LXL04_004538PF13812.13PPR_32653111.7e-2692.8
LXL04_004538PF12854.14PPR_12953245e-47158.0
LXL04_004538PF13041.13PPR_22963453.3e-72239.1
LXL04_004538PF01535.27PPR2993254e-63206.1
LXL04_004538PF13041.13PPR_23994453.3e-72239.1
LXL04_004538PF01535.27PPR4014304e-63206.1
LXL04_004538PF20431.5E_motif5165786.6e-1349.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJZ3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial37.903%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LS72拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923034.711%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LSB8拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1593035.818%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic34.309%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O22137拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g45350, chloroplastic36.789%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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