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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_004460
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 136731422-136733254 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1833 bp · LXL04_004460|LXL04_004460|OH1004|cDNA

ATGACCCAAATGAAGCAAATCCAGACGCAAATGATCATAACGGGATTAATCTCAGATGGTTTAGCTGCAAGTCGATTAATTGCCTTTTGTGCCATCTCAGAATCAAGAAATCTTGATTATTGTACAAGAATCTTAAACAATTCACAAAATTTAAACGTGTTTTCATGGAACGTAACGATTAAGGGTTACTGTGAGAGCGGAAAACCGAAAGAAAGTCTGTTATTGTATAGGGAGCTGTTGACAAGGAGCAAAAGATTGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1833 bp · LXL04_004460|LXL04_004460|OH1004|CDS

ATGACCCAAATGAAGCAAATCCAGACGCAAATGATCATAACGGGATTAATCTCAGATGGTTTAGCTGCAAGTCGATTAATTGCCTTTTGTGCCATCTCAGAATCAAGAAATCTTGATTATTGTACAAGAATCTTAAACAATTCACAAAATTTAAACGTGTTTTCATGGAACGTAACGATTAAGGGTTACTGTGAGAGCGGAAAACCGAAAGAAAGTCTGTTATTGTATAGGGAGCTGTTGACAAGGAGCAAAAGATTGCG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

610 aa · LXL04_004460|LXL04_004460|OH1004|PROTEIN

MTQMKQIQTQMIITGLISDGLAASRLIAFCAISESRNLDYCTRILNNSQNLNVFSWNVTIKGYCESGKPKESLLLYRELLTRSKRLRPDNYTYPLLLRCCTNLPSIRMGLGVIGHVIHFGFDSDMYVNNSVIHFLLSCGELDHAHKVFDESFSRDLVSWNSIINGYVRNGKPWEALRLYGQMKEEGTKPDEVTMIGVISSCAQLENLNLGKEFHQLIQRNQIKMTVPLINALMDMYVKCGVMDSAESLFNKMPKKTIVSY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_004460
TK1151 IDTkA01G147370
OH-1004 IDLXL04_004460
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)96.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 90.909 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_004460
位置Chr01:136731422-136733254 (-)
描述Similar to PCMP-E28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At1g31430 含五肽重复的蛋白At1g31430。 暂无已核实直接文献
At3g15930 推定的含五聚肽重复的蛋白 At3g15930。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004460 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31430
ath:AT2G22410
ath:AT2G29760
ath:AT3G15930
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.615
排名 1 · LXL04_004460 · OH-1004
质体0.217
排名 2 · LXL04_004460 · OH-1004
细胞核0.051
排名 3 · LXL04_004460 · OH-1004
细胞质0.034
排名 4 · LXL04_004460 · OH-1004
过氧化物酶体0.006
排名 5 · LXL04_004460 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_252-101 aa
PF12854.14PPR_1153-183 aa
PF13041.13PPR_2155-202 aa
PF01535.27PPR157-186 aa
PF29070.1MSC6_N178-257 aa
PF13041.13PPR_2229-256 aa
PF01535.27PPR230-255 aa
PF13041.13PPR_2256-290 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_004460PF13041.13PPR_2521016.9e-69228.5
LXL04_004460PF12854.14PPR_11531831.3e-42144.0
LXL04_004460PF13041.13PPR_21552026.9e-69228.5
LXL04_004460PF01535.27PPR1571865.6e-69224.4
LXL04_004460PF29070.1MSC6_N1782571.8e-1660.9
LXL04_004460PF13041.13PPR_22292566.9e-69228.5
LXL04_004460PF01535.27PPR2302555.6e-69224.4
LXL04_004460PF13041.13PPR_22562906.9e-69228.5
LXL04_004460PF12854.14PPR_12562831.3e-42144.0
LXL04_004460PF01535.27PPR2582885.6e-69224.4
LXL04_004460PF13041.13PPR_22863336.9e-69228.5
LXL04_004460PF01535.27PPR3623865.6e-69224.4
LXL04_004460PF13041.13PPR_23894366.9e-69228.5
LXL04_004460PF20431.5E_motif5055671.5e-1351.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJZ3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial57.641%Swiss-Prot强数据库同源证据
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic39.369%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9C866拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g3143041.176%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LSB8拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g1593036.181%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SIT7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360037.018%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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