LXL04_004398 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004398

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 134647630-134650176 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1248 bp · LXL04_004398|LXL04_004398|OH1004|cDNA

ATGGCCGGCCACCGTGCCCCGGTCAACTCCAACGACGTTTTGGAAACTCCGGTGTTAGACGTTGTGGCACACAGCCTCCTCCAAAGCATATCTGAAGAAGGTGGTTATGCATATGTGAGTATGTCAACACGCGCCGCTGCTGGAGACATACGAGCCGCGGAGGCGGCGCGTGAGGTGGCGTGGGAGCAGCTTCACTCCGGTCCATGGCACTCTGTGTTGCCAGTGTGGAGAGACGCGTACTCGATGGCGTGTTTGCACGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1248 bp · LXL04_004398|LXL04_004398|OH1004|CDS

ATGGCCGGCCACCGTGCCCCGGTCAACTCCAACGACGTTTTGGAAACTCCGGTGTTAGACGTTGTGGCACACAGCCTCCTCCAAAGCATATCTGAAGAAGGTGGTTATGCATATGTGAGTATGTCAACACGCGCCGCTGCTGGAGACATACGAGCCGCGGAGGCGGCGCGTGAGGTGGCGTGGGAGCAGCTTCACTCCGGTCCATGGCACTCTGTGTTGCCAGTGTGGAGAGACGCGTACTCGATGGCGTGTTTGCACGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

415 aa · LXL04_004398|LXL04_004398|OH1004|PROTEIN

MAGHRAPVNSNDVLETPVLDVVAHSLLQSISEEGGYAYVSMSTRAAAGDIRAAEAAREVAWEQLHSGPWHSVLPVWRDAYSMACLHVAKFQYANGEFKEALRVLDMGLIMGGMVLRKDLESAVEKATERANALLRVSEESDNGSANANLVTNQNAINLIETLQILPKNSLSSKHVGKRSSLSLEGFMNDHFLPGSPVLLTDSMTHWPAITKWNDLNYLKKVAGYRTVPVEVGKNYLCNDWKQEMLTFSDFLERIESNSCD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004398`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004398

位置 Chr01:134647630-134650176 (+)

描述 Similar to JMJ30: Lysine-specific demethylase JMJ30

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20810`	组蛋白去甲基化酶，可对组蛋白 H3 的“Lys-36” 进行去甲基化，对 H3K36me3 和 H3K36me2 具有特定活性。	Jumonji domain protein JMJD5 functions in both the plant and human circadian systems.2010 · DOI: 10.1073/pnas.1014204108 The Jumonji C domain-containing protein JMJ30 regulates period length in the Arabidopsis circadian clock.2011 · DOI: 10.1104/pp.110.167015 JMJD5 Functions in concert with TOC1 in the arabidopsis circadian system.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.3.14654 A MYB-domain protein EFM mediates flowering responses to environmental cues in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1016/j.devcel.2014.07.004 Jumonji demethylases moderate precocious flowering at elevated temperature via regulation of FLC in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/ncomms6098 JMJ30-mediated demethylation of H3K9me3 drives tissue identity changes to promote callus formation in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1111/tpj.14002 Arabidopsis JMJD5/JMJ30 Acts Independently of LUX ARRHYTHMO Within the Plant Circadian Clock to Enable Temperature Compensation.2019 · DOI: 10.3389/fpls.2019.00057 Abscisic acid-dependent histone demethylation during postgermination growth arrest in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1111/pce.13547 Histone demethylases control root elongation in response to stress-signaling hormone abscisic acid.2019 · DOI: 10.1080/15592324.2019.1604019 Histone Demethylases Coordinate the Antagonistic Interaction Between Abscisic Acid and Brassinosteroid Signaling in Arabidopsis .2020 · DOI: 10.3389/fpls.2020.596835

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000086 G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009742 brassinosteroid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010378 temperature compensation of the circadian clock 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20810

hsa:79831

mmu:77035

rno:308976

xtr:100158649

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.589

排名 1 · LXL04_004398 · OH-1004

细胞质0.583

排名 2 · LXL04_004398 · OH-1004

线粒体0.055

排名 3 · LXL04_004398 · OH-1004

内质网0.046

排名 4 · LXL04_004398 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 5 · LXL04_004398 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24472.2ARM_KDM8_N16-137 aa

PF13621.13Cupin_8186-413 aa

PF08007.19JmjC_2303-410 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004398	`PF24472.2`	ARM_KDM8_N	16	137	2.6e-64	215.5
LXL04_004398	`PF13621.13`	Cupin_8	186	413	5.3e-47	161.6
LXL04_004398	`PF08007.19`	JmjC_2	303	410	1.1e-10	41.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RWR1`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ30	65.707%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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