LXL04_004384 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004384

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 134021293-134034806 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1266 bp · LXL04_004384|LXL04_004384|OH1004|cDNA

ATGTCTTCTTCTCCATTTAACCTTGCTGATTTTACAGGTCACAATCTACTTGAATCAAAGGCTAAGGTGAAGTGTAGGTTACAACTTGGATTAAATTCACTAACCAATGGCGTCGTCAGAGGATTGCCAACAGGCAGTCCGTTAGACCTCTCCCCGTTAAAGTCGTGTTTTAGGATCTTCAGGGGTTTCGAAACACCTTCAGTGGTATTTGCAGCTTTTGATAAACTAGTTGCACTGGAACTAGAAGCTTGCGAAAATAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1266 bp · LXL04_004384|LXL04_004384|OH1004|CDS

ATGTCTTCTTCTCCATTTAACCTTGCTGATTTTACAGGTCACAATCTACTTGAATCAAAGGCTAAGGTGAAGTGTAGGTTACAACTTGGATTAAATTCACTAACCAATGGCGTCGTCAGAGGATTGCCAACAGGCAGTCCGTTAGACCTCTCCCCGTTAAAGTCGTGTTTTAGGATCTTCAGGGGTTTCGAAACACCTTCAGTGGTATTTGCAGCTTTTGATAAACTAGTTGCACTGGAACTAGAAGCTTGCGAAAATAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

421 aa · LXL04_004384|LXL04_004384|OH1004|PROTEIN

MSSSPFNLADFTGHNLLESKAKVKCRLQLGLNSLTNGVVRGLPTGSPLDLSPLKSCFRIFRGFETPSVVFAAFDKLVALELEACENIGLDVYECKDRVLVIRKLYNPWVKKSKLNKHNIMLRPQIHRSHSVNLPLVGTPLIIGHSTYSPAILRQPLLEKKRYITGITHSFSNIKAAYSNSVGKSPTVKGVITIQPTISGSLTNVTLGLLKNVVDGVKDHLGRSFLLELVAANLDSSGKEKDTVQAHASYTGLDDENKLYK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004384`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004384

位置 Chr01:134021293-134034806 (-)

描述 Similar to LOX2: Lipoxygenase 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45140`	13S-脂氧合酶，可以使用亚麻酸作为底物。	A chloroplast lipoxygenase is required for wound-induced jasmonic acid accumulation in Arabidopsis.1995 · DOI: 10.1073/pnas.92.19.8675

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0508800`	植物脂氧合酶可能参与植物生理的多种不同方面，包括生长发育、抗虫性以及衰老或对伤害的响应。	暂无已核实直接文献
`Os08g0509100`	植物脂氧合酶可能参与植物生理的多种不同方面，包括生长发育、抗虫性以及衰老或对伤害的响应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004384 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0031408 oxylipin biosynthetic process 生物过程

GO:0034440 lipid oxidation 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0080027 response to herbivore 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G45140

dosa:Os08g0509100

sot:102596122

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.268

排名 1 · LXL04_004384 · OH-1004

细胞核0.230

排名 2 · LXL04_004384 · OH-1004

细胞膜0.203

排名 3 · LXL04_004384 · OH-1004

内质网0.184

排名 4 · LXL04_004384 · OH-1004

线粒体0.157

排名 5 · LXL04_004384 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01477.29PLAT254-321 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004384	`PF01477.29`	PLAT	254	321	1.2e-09	39.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P38418`	拟南芥	Lipoxygenase 2, chloroplastic	37.805%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P38419`	水稻	Lipoxygenase 7, chloroplastic	42.424%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84YK8`	水稻	Probable lipoxygenase 8, chloroplastic	35.915%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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