LXL04_004000 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_004000

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 121294480-121297563 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1530 bp · LXL04_004000|LXL04_004000|OH1004|cDNA

CGACACCGCCATACCACGCATCAAACGATAAGTATCACACATCCCAATGTTCAACCTTTACACGCTCTAAATAATTTCTCCTTCTATATATATCAAGATCGCTGCTGCACATCGTTGCTTCTACGGTTAACCAATCCATACGCTCAAGCAATCTTTATTTTTTTCCTAGAGAAAATGGATAGAGCAATTGAGAGACAACGAGTTCTGCTGGAACATCTTCGTCCATCTTCCACCTCTTCATCCTTGGAAAATCTCGATTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1416 bp · LXL04_004000|LXL04_004000|OH1004|CDS

TTGCTTCTACGGTTAACCAATCCATACGCTCAAGCAATCTTTATTTTTTTCCTAGAGAAAATGGATAGAGCAATTGAGAGACAACGAGTTCTGCTGGAACATCTTCGTCCATCTTCCACCTCTTCATCCTTGGAAAATCTCGATTCTTCAATTTCCGCTTCAGTGTGCGCAGCTGGCGATAGTGCTGCTTATCAAAGGAGCTCTGTTTTTGGGGACGATGTCGTAATTGTCGCTGCATACCGATCTCCCCTTTGCAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

471 aa · LXL04_004000|LXL04_004000|OH1004|PROTEIN

MLLRLTNPYAQAIFIFFLEKMDRAIERQRVLLEHLRPSSTSSSLENLDSSISASVCAAGDSAAYQRSSVFGDDVVIVAAYRSPLCKSKRGGFKDTYPDDILAPVLKALIEKTNVNPAEVGDIVVGSVLGPGSQRASECRMAAFYAGFPETVPIRTVNRQCSSGLQAVADVAAAIKAGFYDIGIGAGLESMTANPMAWEGSVNPKVKTMAQAQDCLLPMGITSENVAQQFSVTRQEQDQAAVDSHRKAAAATAAGRFKDEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_004000`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_004000

位置 Chr01:121294480-121297563 (+)

描述 Similar to PED1: 3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g33150`	在发芽和随后的幼苗生长过程中的糖异生之前参与长链脂肪酸β-氧化。	Evidence supporting a role of jasmonic acid in Arabidopsis leaf senescence.2002 · DOI: 10.1104/pp.010843 Gene-specific involvement of beta-oxidation in wound-activated responses in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039925 Arabidopsis 3-ketoacyl-CoA thiolase-2 (KAT2), an enzyme of fatty acid β-oxidation, is involved in ABA signal transduction.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr008 2,4-Dichlorophenoxybutyric acid-resistant mutants of Arabidopsis have defects in glyoxysomal fatty acid beta-oxidation.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.2.183
`At1g04710`	在发芽及后续幼苗生长期间，胚胎糖异生前参与脂肪酸β-氧化。	暂无已核实直接文献
`At5g48880`	可能参与萌发期间及随后幼苗生长前的新陈糖异生中的长链脂肪酸 β-氧化。	Requirement for 3-ketoacyl-CoA thiolase-2 in peroxisome development, fatty acid beta-oxidation and breakdown of triacylglycerol in lipid bodies of Arabidopsis seedlings.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01095.x Gene-specific involvement of beta-oxidation in wound-activated responses in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.039925

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004000 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009695 jasmonic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010111 glyoxysome organization 生物过程

GO:0010124 phenylacetate catabolic process 生物过程

GO:0010597 green leaf volatile biosynthetic process 生物过程

GO:0031408 oxylipin biosynthetic process 生物过程

GO:0033540 fatty acid beta-oxidation using acyl-CoA oxidase 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04710

ath:AT2G33150

ath:AT5G48880

rno:501072

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.508

排名 1 · LXL04_004000 · OH-1004

线粒体0.281

排名 2 · LXL04_004000 · OH-1004

细胞质0.172

排名 3 · LXL04_004000 · OH-1004

细胞核0.060

排名 4 · LXL04_004000 · OH-1004

内质网0.055

排名 5 · LXL04_004000 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00108.30Thiolase_N74-329 aa

PF02803.25Thiolase_C338-460 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_004000	`PF00108.30`	Thiolase_N	74	329	1.9e-75	254.3
LXL04_004000	`PF02803.25`	Thiolase_C	338	460	3e-49	166.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56WD9`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA thiolase 2, peroxisomal	85.366%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LF48`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA thiolase 1, peroxisomal	79.911%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q570C8`	拟南芥	3-ketoacyl-CoA thiolase 5, peroxisomal	69.011%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情