LXL04_003570 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003570

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 86313202-86321762 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5049 bp · LXL04_003570|LXL04_003570|OH1004|cDNA

ATGGCCTTTTTTAGAAACTATACTAACGGGACAGTTTCAGAGGATGTTTTGAATGATAAGAGTCAGGGTAGAACTATAGAAAGAGCCGAAAGCCTTGTAGGAGGCGTTGATTTGGAAACAACTTCGAGTATTAATAAAGGGTTTGCAACAAGGATGGAAGATGGACAGTATCGTGGTGATGGTGCAGCTGAGGATGATGATAGCTTATTGAACTTAACTGCTTCTAATGCTACTACAAGGAAACCAACCGGGAGATGGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5049 bp · LXL04_003570|LXL04_003570|OH1004|CDS

ATGGCCTTTTTTAGAAACTATACTAACGGGACAGTTTCAGAGGATGTTTTGAATGATAAGAGTCAGGGTAGAACTATAGAAAGAGCCGAAAGCCTTGTAGGAGGCGTTGATTTGGAAACAACTTCGAGTATTAATAAAGGGTTTGCAACAAGGATGGAAGATGGACAGTATCGTGGTGATGGTGCAGCTGAGGATGATGATAGCTTATTGAACTTAACTGCTTCTAATGCTACTACAAGGAAACCAACCGGGAGATGGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1682 aa · LXL04_003570|LXL04_003570|OH1004|PROTEIN

MAFFRNYTNGTVSEDVLNDKSQGRTIERAESLVGGVDLETTSSINKGFATRMEDGQYRGDGAAEDDDSLLNLTASNATTRKPTGRWGSTFWKDCQPMHQKQGSESGQESKSSSAYNNEDGSGNDLSEVDKANKGQNVDEMLSDDYYELDGDDQSDSKHHKLLNNAAGYNSIPQQGVSANNFVSRKNLKNSSRGAYVEDADFEDDDEEEEDEDDPADADFDPDLVTTSVGRGKKVNDDDWDGEDLEEEDNSEDDELDISDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003570`
TK1151 ID	TkA01G334950
OH-1004 ID	LXL04_003570
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003570

位置 Chr01:86313202-86321762 (+)

描述 Similar to CHR5: Protein CHROMATIN REMODELING 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g13370`	DNA结合解旋酶，特异性结合靶基因的启动子，导致染色质重塑，可能通过促进组蛋白H3.3的沉积（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003570 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0010467 gene expression 生物过程

GO:0034728 nucleosome organization 生物过程

GO:0043923 host-mediated activation of viral transcription 生物过程

GO:0000228 nuclear chromosome 细胞组分

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G13370

hsa:1106

mmu:12648

mmu:244059

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.966

排名 1 · LXL04_003570 · OH-1004

细胞质0.085

排名 2 · LXL04_003570 · OH-1004

细胞膜0.020

排名 3 · LXL04_003570 · OH-1004

内质网0.011

排名 4 · LXL04_003570 · OH-1004

线粒体0.010

排名 5 · LXL04_003570 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00385.31Chromo433-463 aa

PF00385.31Chromo505-545 aa

PF04851.22ResIII587-754 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom591-875 aa

PF00270.36DEAD602-760 aa

PF11496.15HDA2-3826-1050 aa

PF00271.38Helicase_C905-1018 aa

PF23588.3HTH_CHD1_Hrp31336-1419 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003570	`PF00385.31`	Chromo	433	463	6e-18	65.2
LXL04_003570	`PF00385.31`	Chromo	505	545	6e-18	65.2
LXL04_003570	`PF04851.22`	ResIII	587	754	3.2e-12	47.4
LXL04_003570	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	591	875	2.7e-87	293.2
LXL04_003570	`PF00270.36`	DEAD	602	760	1.9e-07	31.7
LXL04_003570	`PF11496.15`	HDA2-3	826	1050	6.1e-14	52.6
LXL04_003570	`PF00271.38`	Helicase_C	905	1018	1.8e-27	96.5
LXL04_003570	`PF23588.3`	HTH_CHD1_Hrp3	1336	1419	2.6e-23	82.5
LXL04_003570	`PF13907.12`	CHD1-like_C	1506	1598	1.5e-16	61.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4IV99`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 5	65.025%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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