LXL04_003527 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003527

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 82366648-82382606 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6102 bp · LXL04_003527|LXL04_003527|OH1004|cDNA

ATGGAGGCGGCGTCGGGTGGCGCTGAACAGGAAGATCGAACAGGAAGATCGAACAGGAAGATCGAACAGGAAGAAGGTGGTCCGGTGGTCGAGAACAGGCGCAATGGTCGAGACAGTCGCGAAAGTCTTCAATCAGAAATAGATATTTCATTATATGGAAATTGGGAAGAATGGACGAGTTTTTATGATGGAACTTACTACGAGATGAGTGATATTCCCACAATGAACCTAAATGAAGGAGGTGTTCAATTCACGTCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

6102 bp · LXL04_003527|LXL04_003527|OH1004|CDS

ATGGAGGCGGCGTCGGGTGGCGCTGAACAGGAAGATCGAACAGGAAGATCGAACAGGAAGATCGAACAGGAAGAAGGTGGTCCGGTGGTCGAGAACAGGCGCAATGGTCGAGACAGTCGCGAAAGTCTTCAATCAGAAATAGATATTTCATTATATGGAAATTGGGAAGAATGGACGAGTTTTTATGATGGAACTTACTACGAGATGAGTGATATTCCCACAATGAACCTAAATGAAGGAGGTGTTCAATTCACGTCAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2033 aa · LXL04_003527|LXL04_003527|OH1004|PROTEIN

MEAASGGAEQEDRTGRSNRKIEQEEGGPVVENRRNGRDSRESLQSEIDISLYGNWEEWTSFYDGTYYEMSDIPTMNLNEGGVQFTSRFNRLGTKCGPGIGYVIVIKNSRRNYNVVFQCDRDEKIRRTKRGDKSQMQVVMEFLEHNGFVHESRANASTNELEDLFFAHPKSLEIWRSFPHVVLMDATYNTNRSSWCIIYPLWTKLVESTTEETYNITLAELEQLTGYPGALLYLNTVWLTPCKEMFVSVWTDKYLNFGNHT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003527`
TK1151 ID	TkA01G345960
OH-1004 ID	LXL04_003527
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	91.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.805 / OH-1004 25.184 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_003527`
位置	Chr01:82366648-82382606 (-)
描述	Similar to ubq-1: Polyubiquitin-A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_003527` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0010623 programmed cell death involved in cell development 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0019941 modification-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分 GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能 GO:0031386 protein tag activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_F25B5.4 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.471

排名 1 · LXL04_003527 · OH-1004

细胞质0.445

排名 2 · LXL04_003527 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 3 · LXL04_003527 · OH-1004

线粒体0.068

排名 4 · LXL04_003527 · OH-1004

细胞外0.053

排名 5 · LXL04_003527 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11976.15Rad60-SLD487-557 aa

PF00240.30ubiquitin489-560 aa

PF11976.15Rad60-SLD563-623 aa

PF00240.30ubiquitin565-636 aa

PF11976.15Rad60-SLD641-709 aa

PF00240.30ubiquitin643-712 aa

PF11976.15Rad60-SLD718-792 aa

PF00240.30ubiquitin720-795 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	487	557	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	489	560	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	563	623	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	565	636	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	641	709	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	643	712	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	718	792	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	720	795	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	818	871	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	876	926	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	877	947	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	1569	1639	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	1571	1642	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	1645	1707	2.5e-101	332.3
LXL04_003527	`PF00240.30`	ubiquitin	1647	1718	6.1e-233	753.9
LXL04_003527	`PF11976.15`	Rad60-SLD	1723	1791	2.5e-101	332.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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