LXL04_003523 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003523

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 82015738-82021474 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3339 bp · LXL04_003523|LXL04_003523|OH1004|cDNA

ATGGCATTTTCTTCTCAATTGTTATCACCAAACGCCGATAACAAACAGAGAGAAAACGACGACGAAGAAGCACCGCTAGAGGAGCAGAAAGTACTGGCTCAATCGGAAGAAGATCATCGTCATAATCATCGTGAGGCGAGGTACGTCGCCCTTGACCTCGTCTACTCAGCAACATCCCCCTGCAGTGGTTACGCGTATGTCATGTCTAAGAAGGTGAAAGCTAGGAAATACGGCGTGCTAGGGGTTCATAAAGACGGCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

3339 bp · LXL04_003523|LXL04_003523|OH1004|CDS

ATGGCATTTTCTTCTCAATTGTTATCACCAAACGCCGATAACAAACAGAGAGAAAACGACGACGAAGAAGCACCGCTAGAGGAGCAGAAAGTACTGGCTCAATCGGAAGAAGATCATCGTCATAATCATCGTGAGGCGAGGTACGTCGCCCTTGACCTCGTCTACTCAGCAACATCCCCCTGCAGTGGTTACGCGTATGTCATGTCTAAGAAGGTGAAAGCTAGGAAATACGGCGTGCTAGGGGTTCATAAAGACGGCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1112 aa · LXL04_003523|LXL04_003523|OH1004|PROTEIN

MAFSSQLLSPNADNKQRENDDEEAPLEEQKVLAQSEEDHRHNHREARYVALDLVYSATSPCSGYAYVMSKKVKARKYGVLGVHKDGISVDPKPTSPKPPVIYFYSRCRRRKRSDRFDNISGYDRFLLNSKAISAVRVKAEDVELNDVDGDVGSIGALVNCSNKKRKTSQELINLGLNSVSLDAPRLRESSRKPNRTDDTSASSGRRRSKNKDNKNVCQKNTGDAIEATEIDDTNKPTTNASRTKRWVRLTFDGVDPQKFL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003523`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003523

位置 Chr01:82015738-82021474 (-)

描述 Similar to ATX2: Histone-lysine N-methyltransferase ATX2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05830`	组蛋白甲基转移酶。	The highly similar Arabidopsis homologs of trithorax ATX1 and ATX2 encode proteins with divergent biochemical functions.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.056614 Combinatorial functions of diverse histone methylations in Arabidopsis thaliana flowering time regulation.2014 · DOI: 10.1111/nph.12493
`At2g31650`	可能参与靶基因转录调控及相关组蛋白甲基化。	Combinatorial functions of diverse histone methylations in Arabidopsis thaliana flowering time regulation.2014 · DOI: 10.1111/nph.12493 Arabidopsis homolog of trithorax1 (ATX1) is required for cell production, patterning, and morphogenesis in root development.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru355
`At5g53430`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献
`At4g27910`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0134500`	体外具有组蛋白H3甲基转移酶活性。	Trithorax group protein Oryza sativa Trithorax1 controls flowering time in rice via interaction with early heading date3.2014 · DOI: 10.1104/pp.113.228049

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003523 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05830

ath:AT2G31650

ath:AT4G27910

ath:AT5G53430

dosa:Os09g0134500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.920

排名 1 · LXL04_003523 · OH-1004

细胞质0.111

排名 2 · LXL04_003523 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 3 · LXL04_003523 · OH-1004

质体0.019

排名 4 · LXL04_003523 · OH-1004

内质网0.018

排名 5 · LXL04_003523 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21743.4PTM_DIR17_Tudor273-299 aa

PF00855.24PWWP355-442 aa

PF05964.20FYRN492-549 aa

PF05965.20FYRC556-630 aa

PF13831.13PHD_2666-699 aa

PF13832.13zf-HC5HC2H_2709-831 aa

PF13771.13zf-HC5HC2H730-832 aa

PF00856.34SET961-1067 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003523	`PF21743.4`	PTM_DIR17_Tudor	273	299	9.2e-07	29.3
LXL04_003523	`PF00855.24`	PWWP	355	442	1.4e-16	61.4
LXL04_003523	`PF05964.20`	FYRN	492	549	3.7e-16	59.2
LXL04_003523	`PF05965.20`	FYRC	556	630	6.6e-12	46.1
LXL04_003523	`PF13831.13`	PHD_2	666	699	4.1e-07	30.1
LXL04_003523	`PF13832.13`	zf-HC5HC2H_2	709	831	1.5e-30	106.3
LXL04_003523	`PF13771.13`	zf-HC5HC2H	730	832	3.3e-20	72.8
LXL04_003523	`PF00856.34`	SET	961	1067	3.4e-25	89.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P0CB22`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase ATX2	57.028%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C5X4`	拟南芥	Histone H3-lysine(4) N-trimethyltransferase ATX1	56.144%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GZ42`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase ATX5	34.583%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SUE7`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase ATX4	35.282%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6K431`	水稻	Histone-lysine N-methyltransferase TRX1	57.579%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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