LXL04_003474 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003474

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 80571264-80573671 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1339 bp · LXL04_003474|LXL04_003474|OH1004|cDNA

ATGCTTCATCACTTCAGCTCCAGCGGAGCTTCATTTATTCGCAATGCCGATCTAAGATGTCATTTGCTTCATCAGGGCTTTACAGAGGTTGCTGATGAACTTGATTATAGGAACGAATTTAGACAGATGACATCGGAAAAAACTCTTTCTATAAACCTTGGTGTAGAAGCTCAGGTTGTGACCATTGAACAAGCAAGTGTTGAAGCTAAGGAATCTGCAGTACGCGAGGTTGCGAAGCTCTTGCCGCTTTCTGAGCTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1167 bp · LXL04_003474|LXL04_003474|OH1004|CDS

ATGCTTCATCACTTCAGCTCCAGCGGAGCTTCATTTATTCGCAATGCCGATCTAAGATGTCATTTGCTTCATCAGGGCTTTACAGAGGTTGCTGATGAACTTGATTATAGGAACGAATTTAGACAGATGACATCGGAAAAAACTCTTTCTATAAACCTTGGTGTAGAAGCTCAGGTTGTGACCATTGAACAAGCAAGTGTTGAAGCTAAGGAATCTGCAGTACGCGAGGTTGCGAAGCTCTTGCCGCTTTCTGAGCTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

388 aa · LXL04_003474|LXL04_003474|OH1004|PROTEIN

MLHHFSSSGASFIRNADLRCHLLHQGFTEVADELDYRNEFRQMTSEKTLSINLGVEAQVVTIEQASVEAKESAVREVAKLLPLSELLLSISSIKAEMSIKLTYFFTLNRATDAQLSTMVAEQVKQAQAGLKALGSSEENVNQLRQNFVNIERLCQECQTLIENHDQIKLLSNARNNLNTTLKYASKSADHFLYFISFLLYFFFPFFNKLLKDVEGMMSISSEAAAAHDSLSDDEELINTYDRLTALDGKRRFALAAASTH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003474`
TK1151 ID	TkA08G145190
OH-1004 ID	LXL04_003474
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.895 / OH-1004 46.134 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003474

位置 Chr01:80571264-80573671 (+)

描述 Similar to SEC6: Exocyst complex component SEC6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71820`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	The Arabidopsis exocyst complex is involved in cytokinesis and cell plate maturation.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.074351 Visualization of the exocyst complex dynamics at the plasma membrane of Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1091/mbc.e12-06-0492 Regulation of cytokinesis by exocyst subunit SEC6 and KEULE in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1093/mp/sst082
`At2g44350`	柠檬酸合酶 4，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003474 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006101 citrate metabolic process 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0051601 exocyst localization 生物过程

GO:0060321 acceptance of pollen 生物过程

GO:0000145 exocyst 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71820

ath:AT2G44350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.480

排名 1 · LXL04_003474 · OH-1004

细胞核0.391

排名 2 · LXL04_003474 · OH-1004

线粒体0.136

排名 3 · LXL04_003474 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 4 · LXL04_003474 · OH-1004

内质网0.063

排名 5 · LXL04_003474 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06046.20Sec6271-308 aa

PF00285.27Citrate_synt313-384 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003474	`PF06046.20`	Sec6	271	308	7.6e-06	25.5
LXL04_003474	`PF00285.27`	Citrate_synt	313	384	1.8e-17	64.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94AI6`	拟南芥	Exocyst complex component SEC6	64.400%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P20115`	拟南芥	Citrate synthase 4, mitochondrial	73.684%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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