LXL04_003233 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003233

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 71523678-71525514 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1255 bp · LXL04_003233|LXL04_003233|OH1004|cDNA

ATGAACGAATCCGGCGTGAGGAAAGCATCGAAACATGAAGATGGGGCCGATCTGATCAGCAAATTGCCAGATCCTATTCTTCGTTTGATTCTCTCGCGTGCTCCATCCACCGAAGAAATAATCCGAACTAGCATTTTGTCCACACGATGGAGGTATTTGTGGACTTCAATTCCCTCTCTCGACTTGCGATATCGCGCCAAGGACAACTCAGAAGTAAGCCAGTTCAATGAATTTGTTGATCGAATTTTGTTAAACAGATC...

CDS

下载 CDS FASTA

1251 bp · LXL04_003233|LXL04_003233|OH1004|CDS

ATGAACGAATCCGGCGTGAGGAAAGCATCGAAACATGAAGATGGGGCCGATCTGATCAGCAAATTGCCAGATCCTATTCTTCGTTTGATTCTCTCGCGTGCTCCATCCACCGAAGAAATAATCCGAACTAGCATTTTGTCCACACGATGGAGGTATTTGTGGACTTCAATTCCCTCTCTCGACTTGCGATATCGCGCCAAGGACAACTCAGAAGTAAGCCAGTTCAATGAATTTGTTGATCGAATTTTGTTAAACAGATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

416 aa · LXL04_003233|LXL04_003233|OH1004|PROTEIN

MNESGVRKASKHEDGADLISKLPDPILRLILSRAPSTEEIIRTSILSTRWRYLWTSIPSLDLRYRAKDNSEVSQFNEFVDRILLNRSVDLDRVRLSCSDYYSMSTVERWIHATVMRNVKQLDLSFSPKEKSENVVMPDCLVTCASLEVLKLDSSRRGLILPKVMGFPALRVLYLGYIELFDSDSIEDFLENCPLLEDLTLDEVILHEKIDFLRISCSKLKRFRFDSYYKGCLMISSPELMCLALTGFVATDIICEGLSSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003233`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003233

位置 Chr01:71523678-71525514 (+)

描述 Similar to At4g10400: FBD-associated F-box protein At4g10400

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10400`	与FBD相关的F-box蛋白At4g10400。	暂无已核实直接文献
`At1g66290`	预测的F-box/FBD/LRR重复蛋白 At1g66290。	暂无已核实直接文献
`At1g69630`	F-box/LRR重复蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At1g66310`	FBD相关的F-box蛋白 At1g66310。	暂无已核实直接文献
`At1g66320`	FBD相关的F-box蛋白 At1g66320。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003233 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G66290

ath:AT1G66310

ath:AT1G66320

ath:AT1G69630

ath:AT4G10400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.808

排名 1 · LXL04_003233 · OH-1004

细胞质0.207

排名 2 · LXL04_003233 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 3 · LXL04_003233 · OH-1004

内质网0.047

排名 4 · LXL04_003233 · OH-1004

质体0.021

排名 5 · LXL04_003233 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF190-356 aa

PF24758.2LRR_At5g56370106-221 aa

PF24758.2LRR_At5g56370279-342 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003233	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	90	356	8.2e-12	45.9
LXL04_003233	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	106	221	1.5e-19	71.3
LXL04_003233	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	279	342	1.5e-19	71.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SV82`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At4g10400	30.686%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8Y8`	拟南芥	Putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At1g66290	29.041%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FWZ1`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 13	30.667%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C8Y6`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At1g66310	29.348%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C8Y5`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At1g66320	26.975%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情