LXL04_003216 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_003216

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 71110699-71133356 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5143 bp · LXL04_003216|LXL04_003216|OH1004|cDNA

TACTTTTTCTTATTCACATGTAGGCATGTAGAACACCAAACGACCAAAGGCATCAAAACGGGAAGATGGGGTCGATTTGATCAGTAACATGCCGGATGCTATTCTTGTTTTGATTCTTTCACGTCTTTCATCCACTGAAGAACAAATCCGAAGCAGCATTTTGTCCCGGCGATGGAGGTATTTGTGGACTGCAATTCCCTCAGTAGATATGGAATTTGTATCTgaaggaaaattcaaaaaatgCGAATTTAAAGAGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

5067 bp · LXL04_003216|LXL04_003216|OH1004|CDS

TTGATCAGTAACATGCCGGATGCTATTCTTGTTTTGATTCTTTCACGTCTTTCATCCACTGAAGAACAAATCCGAAGCAGCATTTTGTCCCGGCGATGGAGGTATTTGTGGACTGCAATTCCCTCAGTAGATATGGAATTTGTATCTGAAGGAAAATTCAAAAAATGCGAATTTAAAGAGTTTGTTTATTGGGTTTTAGCAAGTAAAACCGTAGATTTGGATAGATTTCGTCTATTTTTAAATGATTCCGACATTATGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1688 aa · LXL04_003216|LXL04_003216|OH1004|PROTEIN

MISNMPDAILVLILSRLSSTEEQIRSSILSRRWRYLWTAIPSVDMEFVSEGKFKKCEFKEFVYWVLASKTVDLDRFRLFLNDSDIMSTVWWWVHLAVTRNTKQIDLSFGSEEETEAMELPHYLVSCGSLEVLRLDLMSSNLRLPRFVGFPVLRVLDLTCVDLPEDGDLVKDFLKSCPLLEDLSLSCCFIGELVCISCPKLKRLSIVNWDDVGPHGSKISCPKLVDLELGGCIMYGIRDSVVFHGNYHFKWAHLYFSFEDF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_003216`
TK1151 ID	TkA01G384790
OH-1004 ID	LXL04_003216
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	94.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.315 / OH-1004 12.085 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_003216

位置 Chr01:71110699-71133356 (+)

描述 Similar to FBL13: F-box/LRR-repeat protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g69630`	F-box/LRR重复蛋白13。	暂无已核实直接文献
`At3g52680`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At3g52680。	暂无已核实直接文献
`At2g04230`	F-box/FBD/LRR重复蛋白 At2g04230。	暂无已核实直接文献
`At5g56370`	与 FBD 相关的 F-box 蛋白 At5g56370。	暂无已核实直接文献
`At3g52670`	FBD相关的 F-box 蛋白 At3g52670。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003216 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G69630

ath:AT3G52680

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.513

排名 1 · LXL04_003216 · OH-1004

细胞核0.501

排名 2 · LXL04_003216 · OH-1004

细胞膜0.087

排名 3 · LXL04_003216 · OH-1004

内质网0.070

排名 4 · LXL04_003216 · OH-1004

线粒体0.037

排名 5 · LXL04_003216 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box2-38 aa

PF23622.2LRR_At1g61320_AtMIF169-207 aa

PF24758.2LRR_At5g5637092-206 aa

PF00646.39F-box378-418 aa

PF24758.2LRR_At5g56370468-562 aa

PF00646.39F-box817-855 aa

PF24758.2LRR_At5g56370906-1001 aa

PF00646.39F-box1243-1281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_003216	`PF00646.39`	F-box	2	38	3.7e-21	74.8
LXL04_003216	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	69	207	1.1e-20	75.1
LXL04_003216	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	92	206	1.5e-43	149.8
LXL04_003216	`PF00646.39`	F-box	378	418	3.7e-21	74.8
LXL04_003216	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	468	562	1.5e-43	149.8
LXL04_003216	`PF00646.39`	F-box	817	855	3.7e-21	74.8
LXL04_003216	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	906	1001	1.5e-43	149.8
LXL04_003216	`PF00646.39`	F-box	1243	1281	3.7e-21	74.8
LXL04_003216	`PF24758.2`	LRR_At5g56370	1379	1462	1.5e-43	149.8
LXL04_003216	`PF23622.2`	LRR_At1g61320_AtMIF1	1402	1534	1.1e-20	75.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWZ1`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 13	33.023%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LXJ6`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At3g52680	33.043%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6NKX3`	拟南芥	F-box/FBD/LRR-repeat protein At2g04230	34.211%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FM94`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At5g56370	35.326%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LXJ7`	拟南芥	FBD-associated F-box protein At3g52670	31.944%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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