LXL04_002461 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002461

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 49204704-49206382 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1378 bp · LXL04_002461|LXL04_002461|OH1004|cDNA

ATGGCAATAAAGATCGTAAAAGCACAACCACCTGTTGAGTTATCAAAGATTGCAGTTTCAGAAACCCATGGAGAAAACTCTCCATATTTTGCTGGATGGAAAGCCTATGATGAAAACCCGTATCATGAAAAACATAACCCTCATGGGGTTATACAAATGGGGTTAGCAGAAAATCAAGTTTCATTCGATTTGCTTGAAGAATACTTGGCTTCTAATCAAGAAGCAGCAAGTTGGGGCAAAAAGGTTTCTGGTTTTAGAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1341 bp · LXL04_002461|LXL04_002461|OH1004|CDS

ATGGCAATAAAGATCGTAAAAGCACAACCACCTGTTGAGTTATCAAAGATTGCAGTTTCAGAAACCCATGGAGAAAACTCTCCATATTTTGCTGGATGGAAAGCCTATGATGAAAACCCGTATCATGAAAAACATAACCCTCATGGGGTTATACAAATGGGGTTAGCAGAAAATCAAGTTTCATTCGATTTGCTTGAAGAATACTTGGCTTCTAATCAAGAAGCAGCAAGTTGGGGCAAAAAGGTTTCTGGTTTTAGAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

446 aa · LXL04_002461|LXL04_002461|OH1004|PROTEIN

MAIKIVKAQPPVELSKIAVSETHGENSPYFAGWKAYDENPYHEKHNPHGVIQMGLAENQVSFDLLEEYLASNQEAASWGKKVSGFRENALFQDYHGLLTFRKAMASFMEQVRGGKAKFDPERVVLTAGATAANELLTFILANPGDALLVPTPYYPGFDRDLRWRTGVEIVPIHCESSNKFQITPEALESAYDHARSMNMKVRGVLITNPSNPLGATIQRKFLEQILDFVTRKNIHLVSDEIYSGSVFHSDEFVSIAEILE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002461`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002461

位置 Chr01:49204704-49206382 (+)

描述 Similar to ACS7: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g26200`	1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶（ACS）酶催化 S-腺苷-L-蛋氨酸（SAM）转化为 1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC），乙烯的直接前体。	暂无已核实直接文献
`At4g37770`	1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶（ACS）酶催化 S-腺苷-L-蛋氨酸（SAM）转化为 1-氨基环丙烷-1-羧酸（ACC），乙烯的直接前体。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0196600`	催化1-氨基环丙烷-1-羧酸的形成，该物质是高等植物中乙烯的直接前体。	暂无已核实直接文献
`Os01g0192900`	催化1-氨基环丙烷-1-羧酸的形成，该物质是高等植物中乙烯的直接前体。	暂无已核实直接文献
`Os05g0319200`	催化1-氨基环丙烷-1-羧酸的形成，该物质是高等植物中乙烯的直接前体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002461 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0009693 ethylene biosynthetic process 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0008483 transaminase activity 分子功能

GO:0016847 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase activity 分子功能

GO:0030170 pyridoxal phosphate binding 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G26200

ath:AT4G37770

dosa:Os01g0192900

osa:107275635

osa:107275928

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.637

排名 1 · LXL04_002461 · OH-1004

细胞核0.235

排名 2 · LXL04_002461 · OH-1004

过氧化物酶体0.100

排名 3 · LXL04_002461 · OH-1004

线粒体0.081

排名 4 · LXL04_002461 · OH-1004

质体0.078

排名 5 · LXL04_002461 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00155.28Aminotran_1_251-430 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002461	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	51	430	3.6e-98	329.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STR4`	拟南芥	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 7	77.726%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T065`	拟南芥	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 8	61.502%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0A0P0WIY3`	水稻	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 3	64.430%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A0A0P0UZP7`	水稻	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 5	65.986%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5W6F9`	水稻	1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase 4	62.092%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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