LXL04_002397 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002397

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 47883151-47885648 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1149 bp · LXL04_002397|LXL04_002397|OH1004|cDNA

ATGAAAATGACGGCGGCGGAGGGAGACTGCAGACAGTGGGACGAAGACGCTTACAGAGACAGCATACTGGAGGAGAGGGAATCGCATTCTCTCACCATCTTCCGAACTGCCTTCTCCCCGTCACCTACCTGCCAAAACCCTAAATTCATCGTCGCTGCCGCTAGCGATGGTTCCATCGCTACATACTCTTTATCCTCTCAAATCTCCTCCACCCCTTTAGGTTTTGGAAATTCAAAGACTCAAAATTTATCTGTAGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1149 bp · LXL04_002397|LXL04_002397|OH1004|CDS

ATGAAAATGACGGCGGCGGAGGGAGACTGCAGACAGTGGGACGAAGACGCTTACAGAGACAGCATACTGGAGGAGAGGGAATCGCATTCTCTCACCATCTTCCGAACTGCCTTCTCCCCGTCACCTACCTGCCAAAACCCTAAATTCATCGTCGCTGCCGCTAGCGATGGTTCCATCGCTACATACTCTTTATCCTCTCAAATCTCCTCCACCCCTTTAGGTTTTGGAAATTCAAAGACTCAAAATTTATCTGTAGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

382 aa · LXL04_002397|LXL04_002397|OH1004|PROTEIN

MKMTAAEGDCRQWDEDAYRDSILEERESHSLTIFRTAFSPSPTCQNPKFIVAAASDGSIATYSLSSQISSTPLGFGNSKTQNLSVAEPNCLLHGHDGPAYDVKFYGDDEDSLLLSCGDDGRIRGWKWTDVLEADKDSLSQSEGQKPKLELANPQHKGPWGALSPIPETNAIAVDTQGGSIYAAAGDSCAYCWDVEESKIKMTFKGHAGYLHSIVARNSCNQIITGSEDGTARIWDCRSGKCSNVIEPWKDKKSKDFFSYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002397`
TK1151 ID	TkAUNG043760
OH-1004 ID	LXL04_002397
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002397

位置 Chr01:47883151-47885648 (+)

描述 Similar to THO6: THO complex subunit 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g19430`	作为 TREX 复合体的 THO 子复合体的组成部分，被认为耦合 mRNA 转录、加工和核输出。	DWA1 and DWA2, two Arabidopsis DWD protein components of CUL4-based E3 ligases, act together as negative regulators in ABA signal transduction.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.073783

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002397 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010267 ta-siRNA processing 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0000346 transcription export complex 细胞组分

GO:0000347 THO complex 细胞组分

GO:0000445 THO complex part of transcription export complex 细胞组分

GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G19430

dre:100004014

hsa:79228

mmu:386612

rno:79227

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.602

排名 1 · LXL04_002397 · OH-1004

细胞质0.348

排名 2 · LXL04_002397 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 3 · LXL04_002397 · OH-1004

溶酶体／液泡0.048

排名 4 · LXL04_002397 · OH-1004

内质网0.041

排名 5 · LXL04_002397 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1100-246 aa

PF25178.1Beta-prop_WDR41146-286 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st168-276 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st169-284 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5169-251 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3169-246 aa

PF24796.2WDR55170-289 aa

PF24805.2EIF3I171-246 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002397	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	100	246	8.9e-08	32.2
LXL04_002397	`PF25178.1`	Beta-prop_WDR41	146	286	6.8e-11	42.3
LXL04_002397	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	168	276	1e-13	51.9
LXL04_002397	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	169	284	1.3e-17	64.8
LXL04_002397	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	169	251	3.3e-17	63.4
LXL04_002397	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	169	246	1.7e-15	57.5
LXL04_002397	`PF24796.2`	WDR55	170	289	2.9e-12	47.0
LXL04_002397	`PF24805.2`	EIF3I	171	246	1.6e-10	41.3
LXL04_002397	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	174	241	2.7e-16	60.4
LXL04_002397	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	176	307	1.5e-07	31.7
LXL04_002397	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	177	327	4.4e-07	30.3
LXL04_002397	`PF24814.2`	WD40_Prp19	178	308	9.4e-16	58.4
LXL04_002397	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	179	245	1.2e-07	31.8
LXL04_002397	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	181	238	1.1e-07	32.0
LXL04_002397	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	183	299	6.7e-09	36.2
LXL04_002397	`PF00400.39`	WD40	199	235	1.6e-16	60.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L4M1`	拟南芥	THO complex subunit 6	60.109%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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