LXL04_002379 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002379

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 47543502-47545145 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1644 bp · LXL04_002379|LXL04_002379|OH1004|cDNA

ATGCTCATACCCTTGCTAGCATCACTTTCTCACTTTTGTTCTTCAAACCCAATTCAAGATAGCTTCCATCAATGTCTTTCCACCAATACAAACTCTTTTACTAACCTTCCCAACATATTTTTCACCCCAAAAAACACTTCTTTCACACCCCTTCTAAACTCAACCGCCCAAAATCTCCGTTGCATCGCATCTTATGCAGCAAAACCCGAGGTTATTTTAACCCCGTTACACGAAACCCACATCCAAACCGCAGTTATTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1644 bp · LXL04_002379|LXL04_002379|OH1004|CDS

ATGCTCATACCCTTGCTAGCATCACTTTCTCACTTTTGTTCTTCAAACCCAATTCAAGATAGCTTCCATCAATGTCTTTCCACCAATACAAACTCTTTTACTAACCTTCCCAACATATTTTTCACCCCAAAAAACACTTCTTTCACACCCCTTCTAAACTCAACCGCCCAAAATCTCCGTTGCATCGCATCTTATGCAGCAAAACCCGAGGTTATTTTAACCCCGTTACACGAAACCCACATCCAAACCGCAGTTATTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

547 aa · LXL04_002379|LXL04_002379|OH1004|PROTEIN

MLIPLLASLSHFCSSNPIQDSFHQCLSTNTNSFTNLPNIFFTPKNTSFTPLLNSTAQNLRCIASYAAKPEVILTPLHETHIQTAVICAKKLGIQLRVRSGGHDYEGASYTSVMDPPYVVIDLAKLRGINVDIADGSVWVEAGATVGELYYRVAEKSKTHGVPSGLCTSLGVGGHIVGGAYGSMMRKYGLGADNALDAKIIDPNGKILDRKAMGEDVFWALRGGGGGSFGIILSWKLKLVPVPETVTVFNVGRTLEQGATK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002379`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002379

位置 Chr01:47543502-47545145 (+)

描述 Similar to MEE23: Berberine bridge enzyme-like 15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g34790`	对胚乳发育和极核融合必需。	暂无已核实直接文献
`At1g30760`	催化肉桂醇的对位羟基化衍生物，即木质素单体对香豆醇、松柏醇和芥子醇的氧化，生成相应醛类。	暂无已核实直接文献
`At5g44400`	小檗碱桥酶样蛋白 26。	暂无已核实直接文献
`At5g44390`	小檗碱桥酶样蛋白 25。	暂无已核实直接文献
`At5g44380`	小檗碱桥酶样蛋白 24。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002379 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0045551 cinnamyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0050268 coniferyl-alcohol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G30760

ath:AT2G34790

ath:AT5G44380

ath:AT5G44390

ath:AT5G44400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.373

排名 1 · LXL04_002379 · OH-1004

溶酶体／液泡0.208

排名 2 · LXL04_002379 · OH-1004

内质网0.189

排名 3 · LXL04_002379 · OH-1004

细胞质0.141

排名 4 · LXL04_002379 · OH-1004

细胞膜0.110

排名 5 · LXL04_002379 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01565.29FAD_binding_469-207 aa

PF08031.18BBE461-520 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002379	`PF01565.29`	FAD_binding_4	69	207	2e-26	93.1
LXL04_002379	`PF08031.18`	BBE	461	520	3.4e-21	75.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O64743`	拟南芥	Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 15	62.840%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q93ZA3`	拟南芥	Monolignol oxidoreductase AtBBE-like 13	61.811%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKU8`	拟南芥	Berberine bridge enzyme-like 26	60.461%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKU9`	拟南芥	Berberine bridge enzyme-like 25	58.462%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKV0`	拟南芥	Berberine bridge enzyme-like 24	54.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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