LXL04_002210 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002210

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 43822292-43825429 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1269 bp · LXL04_002210|LXL04_002210|OH1004|cDNA

ATGCAACATCAACATCAGAGGTtgaaacaacaacaacagcaagCTCTGATGCAGCAAGCTCTCCTTCAACAACAATCTCTATATCATCCTGGCCTCTTAGCACCTCCACAGATTGAGCCAATCCCAAGTGGAAATCTGCCTCCTGGGTTTGATCCAAATACATGCCGCAGTGTGTATGTAGGGAATATTCACATGCAAGTGACCGAACCACTTCTTCAAGAGGTTTTTGCAAGTACTGGTCCTGTTGAAGGCTGCAAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1269 bp · LXL04_002210|LXL04_002210|OH1004|CDS

ATGCAACATCAACATCAGAGGTTGAAACAACAACAACAGCAAGCTCTGATGCAGCAAGCTCTCCTTCAACAACAATCTCTATATCATCCTGGCCTCTTAGCACCTCCACAGATTGAGCCAATCCCAAGTGGAAATCTGCCTCCTGGGTTTGATCCAAATACATGCCGCAGTGTGTATGTAGGGAATATTCACATGCAAGTGACCGAACCACTTCTTCAAGAGGTTTTTGCAAGTACTGGTCCTGTTGAAGGCTGCAAACT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

422 aa · LXL04_002210|LXL04_002210|OH1004|PROTEIN

MQHQHQRLKQQQQQALMQQALLQQQSLYHPGLLAPPQIEPIPSGNLPPGFDPNTCRSVYVGNIHMQVTEPLLQEVFASTGPVEGCKLIRKEKSSYGFIHYFDRRSAALAIVSLNGRHLFGQPIKVNWAYASGQREDTSGHYNIFVGDLSPEVTDAMLFACFSVYASCSDARVMWDQKTGRSRGFGFVSFRNQQDAQSAINDLTGKWLGSRQIRCNWATKGAGTSDEKQGSDSKSVVELTNGTSEDGKEPVNSDAPENNPQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002210`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002210

位置 Chr01:43822292-43825429 (+)

描述 Similar to UBP1B: Oligouridylate-binding protein 1B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g17370`	异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为前 mRNA 加工机制的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At3g14100`	异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为前 mRNA 加工机制的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At1g54080`	异质核核糖核蛋白 (hnRNP) 样蛋白，作为前 mRNA 加工机制的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0520300`	RNA 结合蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002210 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0034063 stress granule assembly 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17370

ath:AT1G54080

ath:AT3G14100

dosa:Os08g0520300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · LXL04_002210 · OH-1004

细胞核0.502

排名 2 · LXL04_002210 · OH-1004

细胞膜0.059

排名 3 · LXL04_002210 · OH-1004

溶酶体／液泡0.045

排名 4 · LXL04_002210 · OH-1004

高尔基体0.030

排名 5 · LXL04_002210 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_158-124 aa

PF00076.29RRM_1143-213 aa

PF00076.29RRM_1264-330 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002210	`PF00076.29`	RRM_1	58	124	2.1e-47	159.6
LXL04_002210	`PF00076.29`	RRM_1	143	213	2.1e-47	159.6
LXL04_002210	`PF00076.29`	RRM_1	264	330	2.1e-47	159.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LQI9`	拟南芥	Oligouridylate-binding protein 1B	80.296%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJH8`	拟南芥	Oligouridylate-binding protein 1C	77.531%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SYG4`	拟南芥	Oligouridylate-binding protein 1A	73.219%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6YZW2`	水稻	RNA-binding protein 208	62.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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