LXL04_002075 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002075

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 41382481-41387566 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2787 bp · LXL04_002075|LXL04_002075|OH1004|cDNA

ATGTTGGAACTTCAATTGTTGGTGTTTGTTTTTCGCTCTGGGACAGCCTCTCAGACTCGATATCAAGAGGAAGCTTGCTCAAAGATCAGAAAGAGTAAAATCGGTGGACCTGCATCCAACGGAACCATGGTAATGATGCACATGTCATATGACTCATATCTCATAGGGATCCTCACAAGTTTGTATTCAGGAACAGTCTGCATATGGGATTACCAGTCTCAGACTATGGCAAAATCATTTGAGGTTACTGAGTTACCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

2787 bp · LXL04_002075|LXL04_002075|OH1004|CDS

ATGTTGGAACTTCAATTGTTGGTGTTTGTTTTTCGCTCTGGGACAGCCTCTCAGACTCGATATCAAGAGGAAGCTTGCTCAAAGATCAGAAAGAGTAAAATCGGTGGACCTGCATCCAACGGAACCATGGTAATGATGCACATGTCATATGACTCATATCTCATAGGGATCCTCACAAGTTTGTATTCAGGAACAGTCTGCATATGGGATTACCAGTCTCAGACTATGGCAAAATCATTTGAGGTTACTGAGTTACCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

928 aa · LXL04_002075|LXL04_002075|OH1004|PROTEIN

MLELQLLVFVFRSGTASQTRYQEEACSKIRKSKIGGPASNGTMVMMHMSYDSYLIGILTSLYSGTVCIWDYQSQTMAKSFEVTELPVRSAKFIARKQWVVAGADDMYIRVYNYNTMDKVKVYEAHTDYIRCVAVHPTLPYVLSSSDDMLIKLWDWEKSWLCTQIFEGHSHYVMQVTINPKDTNTFASASLDRTIKIWNLGSPDPNFTLDAHLKGVNCVDYFTGGDKPYLITGSDDHTAKVWDYQTKSCVQTLEGHTHNIS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002075`
TK1151 ID	TkA01G484650
OH-1004 ID	LXL04_002075
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.121 / OH-1004 85.453 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002075

位置 Chr01:41382481-41387566 (-)

描述 Similar to At1g52360: Coatomer subunit beta'-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52360`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At1g79990`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`At3g15980`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0143900`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os02g0209100`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002075 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0030126 COPI vesicle coat 细胞组分

GO:0005198 structural molecule activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52360

ath:AT1G79990

ath:AT3G15980

dosa:Os02g0209100

dosa:Os06g0143900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.489

排名 1 · LXL04_002075 · OH-1004

高尔基体0.262

排名 2 · LXL04_002075 · OH-1004

细胞核0.250

排名 3 · LXL04_002075 · OH-1004

溶酶体／液泡0.198

排名 4 · LXL04_002075 · OH-1004

细胞膜0.099

排名 5 · LXL04_002075 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25171.2Beta-prop_WDR36-Utp21_1st39-197 aa

PF24805.2EIF3I43-141 aa

PF25391.2WD40_Gbeta44-238 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd50-166 aa

PF24814.2WD40_Prp1957-211 aa

PF24796.2WDR5557-225 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC358-218 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st58-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002075	`PF25171.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	39	197	2.7e-14	54.0
LXL04_002075	`PF24805.2`	EIF3I	43	141	2.7e-14	53.7
LXL04_002075	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	44	238	5.2e-24	85.6
LXL04_002075	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	50	166	2.4e-20	73.8
LXL04_002075	`PF24814.2`	WD40_Prp19	57	211	1.1e-36	127.1
LXL04_002075	`PF24796.2`	WDR55	57	225	5e-24	85.6
LXL04_002075	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	58	218	3.3e-39	135.3
LXL04_002075	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	58	157	3.1e-38	132.4
LXL04_002075	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	58	156	3.2e-25	89.7
LXL04_002075	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	58	199	1.5e-24	87.5
LXL04_002075	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	60	198	2.5e-52	178.7
LXL04_002075	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	63	184	4.6e-41	141.3
LXL04_002075	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	63	157	3.3e-34	119.1
LXL04_002075	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	63	201	2.4e-20	73.8
LXL04_002075	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	64	253	1.7e-31	110.4
LXL04_002075	`PF24780.2`	WD40_MABP1-WDR62_1st	68	200	6.4e-10	39.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C827`	拟南芥	Coatomer subunit beta'-2	79.819%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9CAA0`	拟南芥	Coatomer subunit beta'-1	79.213%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8L828`	拟南芥	Coatomer subunit beta'-3	81.796%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5VQ78`	水稻	Coatomer subunit beta'-1	80.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H8D5`	水稻	Coatomer subunit beta'-2	78.851%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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