LXL04_002009 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002009

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 39492885-39494923 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1152 bp · LXL04_002009|LXL04_002009|OH1004|cDNA

ATGGGGTTTTCCATACCATCACTTCGACTGATCGTCCTTTTCTTCACCATCTTTACATACGTTATAGTAACCAGTGCATTCACGGGGACATATGGAGTCAACTACGGGCGGATAGCCGACAACATCCCCTCTCCGGAAAGCGTCGTCACCCTCATGAAAGCAGCaaaaatcaagaacacaagaaTCTACGACGCCGACCATGAAGTTCTCAAGGCATTCAAAGGATCTGGAATCGAGATCATCATCGGAGTAGGAAACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · LXL04_002009|LXL04_002009|OH1004|CDS

ATGGGGTTTTCCATACCATCACTTCGACTGATCGTCCTTTTCTTCACCATCTTTACATACGTTATAGTAACCAGTGCATTCACGGGGACATATGGAGTCAACTACGGGCGGATAGCCGACAACATCCCCTCTCCGGAAAGCGTCGTCACCCTCATGAAAGCAGCAAAAATCAAGAACACAAGAATCTACGACGCCGACCATGAAGTTCTCAAGGCATTCAAAGGATCTGGAATCGAGATCATCATCGGAGTAGGAAACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · LXL04_002009|LXL04_002009|OH1004|PROTEIN

MGFSIPSLRLIVLFFTIFTYVIVTSAFTGTYGVNYGRIADNIPSPESVVTLMKAAKIKNTRIYDADHEVLKAFKGSGIEIIIGVGNEFLKDIGASQDRAMDWVKNNVEPFVPGTHISGIAVGNEVLGGGNQELWEVLLPAVKNIHTALDLLHLADRVEVSSPHSAGVFASSFPPSAGAFKETLVPYMKPLLEFFSQIKSPFYINTYPFLAYISDPEHIDVNYAIFKKNPGIEDAKTKLHYDNMFEAQIDAAYAALEKAGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002009`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002009

位置 Chr01:39492885-39494923 (+)

描述 Similar to At1g32860: Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32860`	葡聚糖内切 1,3-β-葡聚糖酶 11。	暂无已核实直接文献
`At2g27500`	葡聚糖内切-1,3-β-葡萄糖苷酶14。	暂无已核实直接文献
`At5g42100`	与胞间连丝相关的膜β-1,3-葡聚糖酶，参与胞间连丝胼胝质降解并在胞间连丝的门控中发挥功能。	暂无已核实直接文献
`At4g34480`	β-1,3-葡聚糖内切酶7。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002009 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006076 (1->3)-beta-D-glucan catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007154 cell communication 生物过程

GO:0034407 cell wall (1->3)-beta-D-glucan metabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32860

ath:AT2G27500

ath:AT4G34480

ath:AT5G42100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.467

排名 1 · LXL04_002009 · OH-1004

细胞外0.252

排名 2 · LXL04_002009 · OH-1004

内质网0.094

排名 3 · LXL04_002009 · OH-1004

细胞质0.085

排名 4 · LXL04_002009 · OH-1004

溶酶体／液泡0.074

排名 5 · LXL04_002009 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00332.25Glyco_hydro_1732-350 aa

PF29664.1BtgE-BtgC_glyc-hydro49-148 aa

PF29664.1BtgE-BtgC_glyc-hydro248-336 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002009	`PF00332.25`	Glyco_hydro_17	32	350	3.2e-80	270.8
LXL04_002009	`PF29664.1`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	49	148	2.7e-12	47.2
LXL04_002009	`PF29664.1`	BtgE-BtgC_glyc-hydro	248	336	2.7e-12	47.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L868`	拟南芥	Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 11	48.235%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZQG9`	拟南芥	Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 14	44.350%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FHX5`	拟南芥	Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 10	44.548%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M069`	拟南芥	Glucan endo-1,3-beta-glucosidase 7	43.895%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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