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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001284
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23423862-23426126 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2265 bp · LXL04_001284|LXL04_001284|OH1004|cDNA

ATGAGAAAGATCAAACCTCAGTTACCCAACCCCTCTCCACCGTCACTTTCCACCAGCTCCACCAAGTCCTACAATGCTCTGATCAACCGTCACTCAATCGCTTGTTCTCACCGCAAAGTCCTCCTCCTCTACTTCTCCATGCTCAAAACCAACACTCCGCCGGACCCCTACACATACCCAAGTATGCTCAAAGCTTGTACTTCTCTAAACCTCTTCTCACACGGCCTTTCTTTCCACCAACATTCCATCGTCAATGGTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2265 bp · LXL04_001284|LXL04_001284|OH1004|CDS

ATGAGAAAGATCAAACCTCAGTTACCCAACCCCTCTCCACCGTCACTTTCCACCAGCTCCACCAAGTCCTACAATGCTCTGATCAACCGTCACTCAATCGCTTGTTCTCACCGCAAAGTCCTCCTCCTCTACTTCTCCATGCTCAAAACCAACACTCCGCCGGACCCCTACACATACCCAAGTATGCTCAAAGCTTGTACTTCTCTAAACCTCTTCTCACACGGCCTTTCTTTCCACCAACATTCCATCGTCAATGGTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

754 aa · LXL04_001284|LXL04_001284|OH1004|PROTEIN

MRKIKPQLPNPSPPSLSTSSTKSYNALINRHSIACSHRKVLLLYFSMLKTNTPPDPYTYPSMLKACTSLNLFSHGLSFHQHSIVNGYSSDAYISASLINLYAKFGYTDVASKVFDNMPERNVVPWTAIIGCYIQSRKVTTAFQMYKQMQCEGIKPSSVTILAMLLGVSENTHVQSFHASAIQYGFDHHLSLANCLLNLYGKYGRITEAKTLFESMDNQDIVSWNSLLSAYALNDNVKEISQLFSRMRSSGLEPDQQTFGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001284
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001284
位置Chr01:23423862-23426126 (+)
描述Similar to PCMP-E99: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g04370
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g04370 含五肽重复序列的蛋白 At4g04370。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At4g21300 含五肽重复的蛋白 At4g21300。 暂无已核实直接文献
At3g63370 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001284 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT3G63370
ath:AT4G04370
ath:AT4G21300
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.606
排名 1 · LXL04_001284 · OH-1004
质体0.217
排名 2 · LXL04_001284 · OH-1004
细胞核0.047
排名 3 · LXL04_001284 · OH-1004
细胞质0.032
排名 4 · LXL04_001284 · OH-1004
细胞膜0.005
排名 5 · LXL04_001284 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_221-66 aa
PF17177.11PPR_long38-168 aa
PF13041.13PPR_2120-165 aa
PF13041.13PPR_2219-263 aa
PF13812.13PPR_3219-263 aa
PF01535.27PPR221-251 aa
PF13041.13PPR_2320-367 aa
PF01535.27PPR323-350 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001284PF13041.13PPR_221662e-81268.7
LXL04_001284PF17177.11PPR_long381689.9e-2071.5
LXL04_001284PF13041.13PPR_21201652e-81268.7
LXL04_001284PF13041.13PPR_22192632e-81268.7
LXL04_001284PF13812.13PPR_32192637.4e-31106.7
LXL04_001284PF01535.27PPR2212519.9e-70226.8
LXL04_001284PF13041.13PPR_23203672e-81268.7
LXL04_001284PF01535.27PPR3233509.9e-70226.8
LXL04_001284PF17177.11PPR_long3764759.9e-2071.5
LXL04_001284PF13041.13PPR_24204682e-81268.7
LXL04_001284PF12854.14PPR_14214493.2e-39133.0
LXL04_001284PF01535.27PPR4234509.9e-70226.8
LXL04_001284PF13041.13PPR_25265732e-81268.7
LXL04_001284PF29070.1MSC6_N5446233.6e-2383.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9XE98拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0437050.355%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic32.038%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9STE1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g2130032.821%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M1V3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic32.068%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic31.646%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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