LXL04_001278 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001278

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23380093-23385170 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3153 bp · LXL04_001278|LXL04_001278|OH1004|cDNA

ATGTCGACGGAGCGTCTAATTTCGAAAGGTTCTTTGCAATCGCACCATGGGGCTCAGTCGCACCACTCTTCCCCTGAATCGATCCGTATCTTCGATGAACTCCCCACGGGTACCATTCTATCGGTATCCCGACCCGACGTCAGTGATATTGGACCCCTGCGTCTCTCTTACACCATTCAACTCGAATACAAACAGTTCAAATGGTGCTTGGTAAAGAAGGCGTCACAAGTTATCTACTTACATTTTGCATTAAAGAAACG...

CDS

下载 CDS FASTA

3153 bp · LXL04_001278|LXL04_001278|OH1004|CDS

ATGTCGACGGAGCGTCTAATTTCGAAAGGTTCTTTGCAATCGCACCATGGGGCTCAGTCGCACCACTCTTCCCCTGAATCGATCCGTATCTTCGATGAACTCCCCACGGGTACCATTCTATCGGTATCCCGACCCGACGTCAGTGATATTGGACCCCTGCGTCTCTCTTACACCATTCAACTCGAATACAAACAGTTCAAATGGTGCTTGGTAAAGAAGGCGTCACAAGTTATCTACTTACATTTTGCATTAAAGAAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1050 aa · LXL04_001278|LXL04_001278|OH1004|PROTEIN

MSTERLISKGSLQSHHGAQSHHSSPESIRIFDELPTGTILSVSRPDVSDIGPLRLSYTIQLEYKQFKWCLVKKASQVIYLHFALKKRAIVEEFHEKQEQVKDWLQHIGIGDQTAIEHDNDEPDDGAIPIHNDDSIKKRSVPTRAALSIIRPSIGRSTISERAKVAMQNYLNHFLGNIDIVNSREVCKFLEVSKLSFSPEYGPKLKEDYVLVQHLSHIQRDDEGADTGCFLCCCCRNNWQKVWAVLKPGFLGLLADPFGTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001278`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001278

位置 Chr01:23380093-23385170 (-)

描述 Similar to PLPZETA2: Phospholipase D zeta 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05630`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸 (PA)。	暂无已核实直接文献
`At3g16785`	在末端磷酸二酯键处水解甘油磷脂，生成磷脂酸。	Modulation of phospholipid signaling by GLABRA2 in root-hair pattern formation.2003 · DOI: 10.1126/science.1083695 Double knockouts of phospholipases Dzeta1 and Dzeta2 in Arabidopsis affect root elongation during phosphate-limited growth but do not affect root hair patterning.2006 · DOI: 10.1104/pp.105.070995

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001278 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006654 phosphatidic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0008610 lipid biosynthetic process 生物过程

GO:0008654 phospholipid biosynthetic process 生物过程

GO:0009395 phospholipid catabolic process 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0019375 galactolipid biosynthetic process 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0031670 cellular response to nutrient 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0043434 response to peptide hormone 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05630

ath:AT3G16785

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.564

排名 1 · LXL04_001278 · OH-1004

细胞膜0.225

排名 2 · LXL04_001278 · OH-1004

细胞核0.184

排名 3 · LXL04_001278 · OH-1004

溶酶体／液泡0.172

排名 4 · LXL04_001278 · OH-1004

高尔基体0.163

排名 5 · LXL04_001278 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00614.30PLDc377-572 aa

PF00614.30PLDc714-837 aa

PF13091.13PLDc_2836-899 aa

PF00614.30PLDc852-933 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001278	`PF00614.30`	PLDc	377	572	6.8e-58	197.1
LXL04_001278	`PF00614.30`	PLDc	714	837	6.8e-58	197.1
LXL04_001278	`PF13091.13`	PLDc_2	836	899	2.7e-15	57.0
LXL04_001278	`PF00614.30`	PLDc	852	933	6.8e-58	197.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9W8`	拟南芥	Phospholipase D zeta 2	65.326%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LRZ5`	拟南芥	Phospholipase D zeta 1	63.286%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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