LXL04_001149 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001149

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 21127930-21130337 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

939 bp · LXL04_001149|LXL04_001149|OH1004|cDNA

ATGGAGGTCGAGTATCAACAGGAGTACATAAGGAATTCAAGAGGAGTGGAGCTCTTCACTTGCAGATGGCTGCCTCTTTCTTCTCCTAAAGCTCTTGTCTTCCTCTGCCACGGTTATGGCATGGAATGTGGCGACTTCATGAAAGGATGTGGGATGAAGCTAGCAAGTCACGGATATGCGGTGTTTGGTATAGATTATGAAGGGCATGGGCGATCCAAGGGTGCACGATGTTACATCAGCAAGTTTGATGATATTGTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

939 bp · LXL04_001149|LXL04_001149|OH1004|CDS

ATGGAGGTCGAGTATCAACAGGAGTACATAAGGAATTCAAGAGGAGTGGAGCTCTTCACTTGCAGATGGCTGCCTCTTTCTTCTCCTAAAGCTCTTGTCTTCCTCTGCCACGGTTATGGCATGGAATGTGGCGACTTCATGAAAGGATGTGGGATGAAGCTAGCAAGTCACGGATATGCGGTGTTTGGTATAGATTATGAAGGGCATGGGCGATCCAAGGGTGCACGATGTTACATCAGCAAGTTTGATGATATTGTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

312 aa · LXL04_001149|LXL04_001149|OH1004|PROTEIN

MEVEYQQEYIRNSRGVELFTCRWLPLSSPKALVFLCHGYGMECGDFMKGCGMKLASHGYAVFGIDYEGHGRSKGARCYISKFDDIVDDCCHYFKSMSEKDEYRKKKRFLYGESMGGAVALVAHKKQPHFWHGAVLVAPMCKISEKVKPHQVVISVLTRVEDLIPRWKIVPTKDVIDAAFKDPVKREEVRGNKLIYQQKPRLKTALELLRTSMALEQTLNQVRFPFLVLHGEADTVTDPEVSKALYNEASSRDKTIKLYAG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001149`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001149

位置 Chr01:21127930-21130337 (-)

描述 Similar to CSE: Caffeoylshikimate esterase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52760`	酯酶参与木质素的生物合成。	Acyl-CoA-binding protein 2 binds lysophospholipase 2 and lysoPC to promote tolerance to cadmium-induced oxidative stress in transgenic Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04209.x A bifunctional enzyme that has both monoacylglycerol acyltransferase and acyl hydrolase activities.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.202135

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001149 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程

GO:0006633 fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009809 lignin biosynthetic process 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010043 response to zinc ion 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0019369 arachidonate metabolic process 生物过程

GO:0019433 triglyceride catabolic process 生物过程

GO:0042542 response to hydrogen peroxide 生物过程

GO:0045471 response to ethanol 生物过程

GO:0045907 positive regulation of vasoconstriction 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52760

hsa:11343

mmu:23945

msg:MSMEI_0213

msm:MSMEG_0220

rno:29254

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.365

排名 1 · LXL04_001149 · OH-1004

线粒体0.275

排名 2 · LXL04_001149 · OH-1004

内质网0.195

排名 3 · LXL04_001149 · OH-1004

细胞膜0.156

排名 4 · LXL04_001149 · OH-1004

细胞核0.152

排名 5 · LXL04_001149 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12146.16Hydrolase_428-269 aa

PF20408.5Abhydrolase_1130-126 aa

PF00561.27Abhydrolase_132-238 aa

PF12697.14Abhydrolase_633-243 aa

PF00326.28Peptidase_S954-142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001149	`PF12146.16`	Hydrolase_4	28	269	1.5e-64	218.3
LXL04_001149	`PF20408.5`	Abhydrolase_11	30	126	7.7e-07	29.7
LXL04_001149	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	32	238	1.7e-13	51.5
LXL04_001149	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	33	243	2.3e-08	35.6
LXL04_001149	`PF00326.28`	Peptidase_S9	54	142	1.2e-09	38.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C942`	拟南芥	Caffeoylshikimate esterase	36.949%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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