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基因概览

LXL04_000887

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 16266561-16269220 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2018 bp · LXL04_000887|LXL04_000887|OH1004|cDNA

ATTTTACAAAATTGATTCGACGTAAATTGCAAAAATAGAACCCCCGTCGGGGACGGCGACATCGATATTGCTTTGAGAAAGAAGAACGAAGTCACACGCACAAATCAATGGAGGGTGATTCAGGATACGACGACGAAATTAGGGCTCATTTTCCCCTTTCTTTCGGCAAAAAATCCAAATCACAAACCCCAGTTGAATCAATTCACAACGCCACTCGCCGCCCCACCACCGGCGCCGACGGCTCACCATCTTCTACTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1911 bp · LXL04_000887|LXL04_000887|OH1004|CDS

ATGGAGGGTGATTCAGGATACGACGACGAAATTAGGGCTCATTTTCCCCTTTCTTTCGGCAAAAAATCCAAATCACAAACCCCAGTTGAATCAATTCACAACGCCACTCGCCGCCCCACCACCGGCGCCGACGGCTCACCATCTTCTACTAACAACAAGAACAAAGACAGCCCCTTTCCATCATTATCCTCATCCTCCAAGTCATGGTTAAATTCCCTCCAAAAAAACCCTAAACCCAGTACTGTTTCTGCGGGTGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

636 aa · LXL04_000887|LXL04_000887|OH1004|PROTEIN

MEGDSGYDDEIRAHFPLSFGKKSKSQTPVESIHNATRRPTTGADGSPSSTNNKNKDSPFPSLSSSSKSWLNSLQKNPKPSTVSAGDVVIGPPRPPPSSESVDEEDDAMIGPPRPMPTEDDDDDDDDDEPIIGPPRPPVASDSDDDFPGSEPGIQHRIPLSNEIVLKGHTKVVSTLAIDHSGSRVLSGSFDYTIRMYDFQGMNARLESFRQLEPSEGHQVRSLSWSPSADRFLCVTGSATAKIFDRDGLTLGEFVKGDMYI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000887`
TK1151 ID	TkA01G578730
OH-1004 ID	LXL04_000887
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_000887`
位置	Chr01:16266561-16269220 (-)
描述	Similar to Wdr70: WD repeat-containing protein 70
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000887` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0035861 site of double-strand break 细胞组分 GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分 GO:0019899 enzyme binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:540724 hsa:55100 mmu:545085 rno:294783 xtr:780253 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.948

排名 1 · LXL04_000887 · OH-1004

细胞质0.142

排名 2 · LXL04_000887 · OH-1004

细胞膜0.016

排名 3 · LXL04_000887 · OH-1004

线粒体0.016

排名 4 · LXL04_000887 · OH-1004

内质网0.009

排名 5 · LXL04_000887 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24817.2WD40_WDHD1_1st160-246 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st161-200 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz162-239 aa

PF00400.39WD40164-197 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5164-244 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st165-245 aa

PF24814.2WD40_Prp19165-244 aa

PF24805.2EIF3I165-308 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000887	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	160	246	1e-21	78.1
LXL04_000887	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	161	200	1.2e-25	91.0
LXL04_000887	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	162	239	1.8e-22	80.8
LXL04_000887	`PF00400.39`	WD40	164	197	1.1e-31	108.7
LXL04_000887	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	164	244	1.3e-30	107.4
LXL04_000887	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	165	245	2.3e-26	93.5
LXL04_000887	`PF24814.2`	WD40_Prp19	165	244	4e-24	85.9
LXL04_000887	`PF24805.2`	EIF3I	165	308	2.9e-12	47.1
LXL04_000887	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	167	430	6.5e-13	49.5
LXL04_000887	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	168	244	2.9e-32	112.5
LXL04_000887	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	217	308	2.9e-32	112.5
LXL04_000887	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	220	415	3.8e-22	79.4
LXL04_000887	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	263	348	1.8e-22	80.8
LXL04_000887	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	264	429	1.3e-30	107.4
LXL04_000887	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	265	427	9.4e-15	55.4
LXL04_000887	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	267	430	1.2e-25	91.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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