LXL04_000730 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000730

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 13432881-13443222 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2751 bp · LXL04_000730|LXL04_000730|OH1004|cDNA

ATGTCTTATTCTCGGGTAAACCTTACAAATTATCTTATTCCACTGTATGAGATCATCAGTGCCACCGAAAACTTCAGTCAGGAAAGATGTATCGGAGGCGGTGGATTTGGTTTAGTCTACAGAGGGCAACTCTCTGAAAGCTGGAAAAGCCAATCAGTTGCTGTCAAACGGCTAGCTGCAGACAGCCATCAAGGAGAGCATGAGTTCCGCAACGAGCTTGACATTATTTCCAGTTTCCAGCATGAAAACATCATCGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2751 bp · LXL04_000730|LXL04_000730|OH1004|CDS

ATGTCTTATTCTCGGGTAAACCTTACAAATTATCTTATTCCACTGTATGAGATCATCAGTGCCACCGAAAACTTCAGTCAGGAAAGATGTATCGGAGGCGGTGGATTTGGTTTAGTCTACAGAGGGCAACTCTCTGAAAGCTGGAAAAGCCAATCAGTTGCTGTCAAACGGCTAGCTGCAGACAGCCATCAAGGAGAGCATGAGTTCCGCAACGAGCTTGACATTATTTCCAGTTTCCAGCATGAAAACATCATCGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

916 aa · LXL04_000730|LXL04_000730|OH1004|PROTEIN

MSYSRVNLTNYLIPLYEIISATENFSQERCIGGGGFGLVYRGQLSESWKSQSVAVKRLAADSHQGEHEFRNELDIISSFQHENIIAFIGYCDEGDEMIIVYEYALNGSLNYHLEHRDKISRITWAQRLEICIGAARGLHYLHSGLGEKNKVIHRDIKSANILLDDNMVAKISDFGLSKLHTRNQLDTRFNTKVAGSRYYLDPTYGESGILQKESDIYSFGVVLFEIMSGMLVYRERRTGNEPQLLMNMVRRMERDNIIDP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000730`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000730

位置 Chr01:13432881-13443222 (+)

描述 Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g46510`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At3g46290`	营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇独立的方式进行。	Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
`At5g59700`	可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。	暂无已核实直接文献
`At2g28830`	起E3泛素连接酶的作用。	暂无已核实直接文献
`At2g39360`	可能的受体样蛋白激酶 At2g39360。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000730 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程

GO:0010483 pollen tube reception 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程

GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46290

ath:AT3G46510

ath:AT5G59700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.454

排名 1 · LXL04_000730 · OH-1004

细胞膜0.333

排名 2 · LXL04_000730 · OH-1004

细胞核0.294

排名 3 · LXL04_000730 · OH-1004

内质网0.058

排名 4 · LXL04_000730 · OH-1004

线粒体0.048

排名 5 · LXL04_000730 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase26-297 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr27-299 aa

PF25598.2ARM_PUB321-579 aa

PF24768.2ARM_ARMC5321-497 aa

PF00514.30Arm351-390 aa

PF24768.2ARM_ARMC5467-569 aa

PF24768.2ARM_ARMC5707-803 aa

PF25598.2ARM_PUB715-877 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000730	`PF00069.32`	Pkinase	26	297	7.4e-44	150.8
LXL04_000730	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	27	299	5.2e-46	157.8
LXL04_000730	`PF25598.2`	ARM_PUB	321	579	1.2e-37	130.7
LXL04_000730	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	321	497	1.1e-25	91.3
LXL04_000730	`PF00514.30`	Arm	351	390	7.5e-33	112.2
LXL04_000730	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	467	569	1.1e-25	91.3
LXL04_000730	`PF24768.2`	ARM_ARMC5	707	803	1.1e-25	91.3
LXL04_000730	`PF25598.2`	ARM_PUB	715	877	1.2e-37	130.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SNC6`	拟南芥	U-box domain-containing protein 13	51.064%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LX66`	拟南芥	Receptor-like protein kinase HERK 1	45.482%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FN92`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At5g59700	44.880%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZV31`	拟南芥	U-box domain-containing protein 12	50.368%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O80623`	拟南芥	Probable receptor-like protein kinase At2g39360	45.333%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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