RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000723
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 13364560-13367174 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1985 bp · LXL04_000723|LXL04_000723|OH1004|cDNA

ATGTCTTCTTCTGGGGTAAACCTTGAAAGGTATCTAATTCCACTGGATGAGATCATCCGTGCCACCGAAAACTTCAGTCAGGAAAGATATGTCGGCGGTGGTGGATTTGGTGCTGTCTACAAAGGACAACTCTCTAAACGCTGGCAAAACCACACAGTTGCTGTCAAACGGCTAGATGCAGACAGCCATCAAGGAGATCGCGAGTTCCGCAACGAGCTTGAGGTTATTTCCAGTTTCCACCATGAAAACATCATCGCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1980 bp · LXL04_000723|LXL04_000723|OH1004|CDS

ATGTCTTCTTCTGGGGTAAACCTTGAAAGGTATCTAATTCCACTGGATGAGATCATCCGTGCCACCGAAAACTTCAGTCAGGAAAGATATGTCGGCGGTGGTGGATTTGGTGCTGTCTACAAAGGACAACTCTCTAAACGCTGGCAAAACCACACAGTTGCTGTCAAACGGCTAGATGCAGACAGCCATCAAGGAGATCGCGAGTTCCGCAACGAGCTTGAGGTTATTTCCAGTTTCCACCATGAAAACATCATCGCTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

659 aa · LXL04_000723|LXL04_000723|OH1004|PROTEIN

MSSSGVNLERYLIPLDEIIRATENFSQERYVGGGGFGAVYKGQLSKRWQNHTVAVKRLDADSHQGDREFRNELEVISSFHHENIIAFIGYCDEGGEMIIVYEYASNESLDHHLQHPNKIRCITWAQRLEICIGVARGIHYLHSGLGEKKRVIHRDIKSANILLDGNMVPKICDFGLSKLRTRNQQDTRFYTKVAGTQFYLDPTYLESSILQKESDIYSFGVVLFEILSGMLVYRERRIGDERQSLMNIVRRNHGMELDKV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000723
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000723
位置Chr01:13364560-13367174 (-)
描述Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g46510 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At2g28830 起E3泛素连接酶的作用。 暂无已核实直接文献
At3g46290 营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇 独立的方式进行。
Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os12g0570000 E3 泛素蛋白连接酶，负向调节程序性细胞死亡和抗病性。
Spotted leaf11, a negative regulator of plant cell death and defense, encodes a U-box/armadillo repeat protein endowed with E3 ubiquitin ligase activity.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025171
SPIN1, a K homology domain protein negatively regulated and ubiquitinated by the E3 ubiquitin ligase SPL11, is involved in flowering time control in rice.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058610
UniProt: A2ZLU6 与防御相关的蛋白，可负向调控程序性细胞死亡。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000723 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0010183 pollen tube guidance 生物过程
GO:0010483 pollen tube reception 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0043069 negative regulation of programmed cell death 生物过程
GO:0048586 regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46290
ath:AT3G46510
dosa:Os12g0570000
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.452
排名 1 · LXL04_000723 · OH-1004
细胞质0.422
排名 2 · LXL04_000723 · OH-1004
细胞核0.281
排名 3 · LXL04_000723 · OH-1004
内质网0.041
排名 4 · LXL04_000723 · OH-1004
高尔基体0.038
排名 5 · LXL04_000723 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase26-300 aa
PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr27-302 aa
PF24768.2ARM_ARMC5322-500 aa
PF25598.2ARM_PUB324-580 aa
PF00514.30Arm353-393 aa
PF00514.30Arm442-474 aa
PF24768.2ARM_ARMC5470-571 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000723PF00069.32Pkinase263004.3e-47161.4
LXL04_000723PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr273021.7e-45156.1
LXL04_000723PF24768.2ARM_ARMC53225002.6e-1867.2
LXL04_000723PF25598.2ARM_PUB3245804.9e-2486.0
LXL04_000723PF00514.30Arm3533932.2e-2588.5
LXL04_000723PF00514.30Arm4424742.2e-2588.5
LXL04_000723PF24768.2ARM_ARMC54705712.6e-1867.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SNC6拟南芥U-box domain-containing protein 1351.930%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9ZV31拟南芥U-box domain-containing protein 1250.526%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LX66拟南芥Receptor-like protein kinase HERK 142.560%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q0IMG9水稻E3 ubiquitin-protein ligase SPL1150.347%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
A2ZLU6水稻Protein spotted leaf 1150.347%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看