LXL04_000638 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000638

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11669373-11670698 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1137 bp · LXL04_000638|LXL04_000638|OH1004|cDNA

ATGTGTACCGTTGCGATCTCAAACTCGCCGGTGTTCTCACCGTCGTCAAGAGTTGCCTCTTCAATCTTCTGCAAATCGTCACCTGAATCTTTGACTTTGACCCACTCGCCGTCGGCGTCTTCCTCATCCCCAAAGTCGTCGTTCACGTTTCGACTTCAGAAACCATTGCCGCCTGCCAGTGGACTTATCAGAGCTTCCAACGACGATGGACCCACTTCTTGCTCTTCTACTTCTCCGACGATATTGAAGAGAAAACGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1137 bp · LXL04_000638|LXL04_000638|OH1004|CDS

ATGTGTACCGTTGCGATCTCAAACTCGCCGGTGTTCTCACCGTCGTCAAGAGTTGCCTCTTCAATCTTCTGCAAATCGTCACCTGAATCTTTGACTTTGACCCACTCGCCGTCGGCGTCTTCCTCATCCCCAAAGTCGTCGTTCACGTTTCGACTTCAGAAACCATTGCCGCCTGCCAGTGGACTTATCAGAGCTTCCAACGACGATGGACCCACTTCTTGCTCTTCTACTTCTCCGACGATATTGAAGAGAAAACGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

378 aa · LXL04_000638|LXL04_000638|OH1004|PROTEIN

MCTVAISNSPVFSPSSRVASSIFCKSSPESLTLTHSPSASSSSPKSSFTFRLQKPLPPASGLIRASNDDGPTSCSSTSPTILKRKRPTRLAIPVAPLSFSADQSTPCVAAEDRWKEVEVEGDGYSVYCKRGKREVMEDRFKAMVDFNGENKQAFFGVFDGHGGSKAAEFAAENLGNNIQNEVEKSGEVEIVEAIKQSYLNTDAEFLKQEERGGTCCVTAVITSGNLVVSNAGDCRAVVSRGGAAEALTSDHRPSRADEKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000638`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000638

位置 Chr01:11669373-11670698 (+)

描述 Similar to At2g30020: Probable protein phosphatase 2C 25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g30020`	蛋白磷酸酶，可负向调节防御反应。	暂无已核实直接文献
`At1g07160`	可能的蛋白磷酸酶 2C 2。	暂无已核实直接文献
`At2g40180`	推测的蛋白磷酸酶2C 30。	暂无已核实直接文献
`At1g67820`	可能的蛋白磷酸酶2C 14。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0292100`	可能的蛋白磷酸酶2C 32。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000638 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07160

ath:AT1G67820

ath:AT2G30020

ath:AT2G40180

dosa:Os03g0292100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.440

排名 1 · LXL04_000638 · OH-1004

细胞核0.406

排名 2 · LXL04_000638 · OH-1004

细胞质0.160

排名 3 · LXL04_000638 · OH-1004

线粒体0.063

排名 4 · LXL04_000638 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_000638 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481.27PP2C124-367 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000638	`PF00481.27`	PP2C	124	367	1.2e-56	192.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80871`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 25	58.500%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RX37`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 2	58.355%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9XEE8`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 30	60.256%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FXE4`	拟南芥	Probable protein phosphatase 2C 14	50.196%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10MX1`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 32	48.329%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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